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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 多孔芳香框架（PAF）的模型构建
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 多孔芳香框架（PAF）的模型构建

最近看到一篇文献是做多孔芳香框架（PAF）的CO2吸附模拟的，在文献中提到了PAF-1模型构建的方法，感觉这种方法可能用处还是很大的，但是自己尝试的时候在第一步就卡住了，所以向大家求助一下。下面简单叙述一下PAF-1构建过程，并将自己的问题一并提出。
1. 导入金刚石的晶胞，将晶胞中的C-C键取代为联苯，取代后的结构用MS中的forcite进行结构优化。（问题：怎么样才能将金刚石中的C取代成苯环，MS的modification只能将一种元素换成另一种元素，有没有什么操作是可以实现将元素取代成基团的？）
2. 通过逐步操作将有四面体碳相连的联苯环形成一个大的簇
3.利用MS中的AC模块构建出一个三维的无定形的PAF-1晶胞

[ Last edited by shiyiwenren on 2011-4-26 at 15:27 ]
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changlianze 王慧1021

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1楼2011-04-26 10:35:00
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-26 22:53:20
引用回帖:
Originally posted by shiyiwenren at 2011-04-26 10:35:00:
最近看到一篇文献是做多孔芳香框架（PAF）的CO2吸附模拟的，在文献中提到了PAF-1模型构建的方法，感觉这种方法可能用处还是很大的，但是自己尝试的时候在第一步就卡住了，所以向大家求助一下。下面简单叙述一下PA ...

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好好学习，天天向上。
2楼2011-04-26 22:08:13
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-04-26 22:08:13:

貌似和文献中的很像，怎么做的，明天到实验室问你
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3楼2011-04-26 22:40:24
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by shiyiwenren at 2011-04-26 22:40:24:
貌似和文献中的很像，怎么做的，明天到实验室问你

好，师兄弟，哈哈。。。
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好好学习，天天向上。
4楼2011-04-26 22:53:42
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dragon5061

至尊木虫 (正式写手)

学生
引用回帖:
Originally posted by shiyiwenren at 2011-04-26 10:35:00:
最近看到一篇文献是做多孔芳香框架（PAF）的CO2吸附模拟的，在文献中提到了PAF-1模型构建的方法，感觉这种方法可能用处还是很大的，但是自己尝试的时候在第一步就卡住了，所以向大家求助一下。下面简单叙述一下PA ...

请问你学会了吗，能否分享一下哈？？
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相信自己，努力拼搏！
5楼2011-05-03 21:07:04
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dragon5061

至尊木虫 (正式写手)

学生
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-04-26 22:08:13:

能否介绍一下怎么检出来的结构模型吗
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相信自己，努力拼搏！
6楼2011-05-03 21:18:10
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
Originally posted by dragon5061 at 2011-05-03 21:18:10:
能否介绍一下怎么检出来的结构模型吗

你要做这个结构？？？
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好好学习，天天向上。
7楼2011-05-04 11:07:57
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dragon5061

至尊木虫 (正式写手)

学生
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-05-04 11:07:57:
你要做这个结构？？？

我作的是很类似的结构，主要是想用这个结构作为参考，可是不知道如何建模才是最好。我自己建的结构用这篇文章中的方法优化不出同样的结果来，想知道如何正确建模。请不吝赐教
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相信自己，努力拼搏！
8楼2011-05-04 14:27:10
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dragon5061

至尊木虫 (正式写手)

学生
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-05-04 11:07:57:
你要做这个结构？？？

这个是我自己建的结构。
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相信自己，努力拼搏！
9楼2011-05-04 14:31:36
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-05-04 21:23:05
引用回帖:
Originally posted by dragon5061 at 2011-05-04 14:31:36:
这个是我自己建的结构。

我发邮件问了这篇论文的作者了，他给出的做法如下：

1. First convert the diamond structure into primitive cell using the Build module in Material Studio.
2. Change the lattice parameter to a/1.4 (here a is the lattice constant of PAF-1 structure i.e. a= 23.7195).
3. Replace the C-C with biphenyl in the primitive cell.
4. Finally redefine the lattice parameter under Build module as A = 1 1 -1 B= -1 1 -1 and C = -1 1 1
5. Then optimize the structure using the forcite module in MS.
但是我尝试了下，在第三步的将C-C代替为联苯基团还是无法完成，你可以试试看，如果成功的话还望能够和大家分享一下
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10楼2011-05-04 15:37:56
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