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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 多孔芳香框架（PAF）的模型构建
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dragon5061

至尊木虫 (正式写手)

学生
引用回帖:
Originally posted by shiyiwenren at 2011-05-04 15:37:56:
我发邮件问了这篇论文的作者了，他给出的做法如下：

1. First convert the diamond structure into primitive cell using the Build module in Material Studio.
2. Change the lattice parameter to a/1. ...

谢谢了哈，我试试吧，可以的话告诉你哈！
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相信自己，努力拼搏！
11楼2011-05-04 20:38:30
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-05-05 12:05:43
引用回帖:
Originally posted by dragon5061 at 2011-05-04 20:38:30:
谢谢了哈，我试试吧，可以的话告诉你哈！

做出来的话，可以把此帖UPDATE下。。。。
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好好学习，天天向上。
12楼2011-05-05 10:42:32
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dragon5061

至尊木虫 (正式写手)

学生
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-05-05 10:42:32:
做出来的话，可以把此帖UPDATE下。。。。

好的，没得问题。
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相信自己，努力拼搏！
13楼2011-05-05 20:02:31
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dragon5061

至尊木虫 (正式写手)

学生
真是惭愧，折腾了一天，还是没弄出来，不知道楼主进展如何？
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相信自己，努力拼搏！
14楼2011-05-06 09:03:36
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5): 谢谢分享你的问题 2011-08-29 18:15:40
引用回帖:
Originally posted by dragon5061 at 2011-05-06 09:03:36:
真是惭愧，折腾了一天，还是没弄出来，不知道楼主进展如何？

我也还没有做出来，我尝试用这种方法来将联苯基团取代C-C键，但是中间碰到一个小问题，现在把我的做法贴出来，希望有人能帮忙解决。
1. 按照之前所说将diamond的晶胞转化成原胞，并将原胞的晶胞长度改成a=16.9425

2.新建一个xsd文件，在文件中画出联苯基团，两端各连有一个甲基，如下图所示

并将整个大的基团中的两端甲基之间的距离测量出来，与原胞中C-C键的长度做对比，C（CH3）-C(phenyl)，C(phenyl)-C(phenyl)的长度也测量出来。
3.将原胞中的C-C键删除，计算C-C键的长度以及大基团中甲基间的距离的比值，将插入C（CH3）-C(phenyl)，C(phenyl)-C(phenyl)的长度按照该比值计算出实际各键的长度
4.根据各键的长度，以及原胞中C-C键两头C原子的分数坐标（我尝试是选择的两个C原子的坐标为（0,0,0）和（0.25,0.25,0.25））计算出插入联苯基团时各原子的分数坐标。但是我现在只做到将一条线上的C原子插入，对于不在一条线上的C和H原子我无法计算出它们的分数坐标所以还没有插入。

我在计算各个原子的分数坐标的时候，对于与原胞中两个C原子在一条直线上的C原子的分数坐标的计算，用的方法是向量的共线原理和它们的长度比，但是对于与它们不在一条线上的其他原子，我现在只想到用向量的夹角，向量的长度来计算，但是这样的话对于x,y,z三个空间坐标来说只得到三个方程，还缺少一个才能确定，我在这一步中卡住了，希望有人能给予指点。
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15楼2011-05-12 09:32:54
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changlianze

木虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by shiyiwenren at 2011-05-12 09:32:54:
我也还没有做出来，我尝试用这种方法来将联苯基团取代C-C键，但是中间碰到一个小问题，现在把我的做法贴出来，希望有人能帮忙解决。
1. 按照之前所说将diamond的晶胞转化成原胞，并将原胞的晶胞长度改成a=16.94 ...

有一个问题请教：金刚石网络应该是立方晶系的，但看你所用的晶胞貌似是三斜的，这个没有影响吗？
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16楼2011-08-29 11:10:02
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-08-29 18:15:46
引用回帖:
16楼: Originally posted by changlianze at 2011-08-29 11:10:02:
有一个问题请教：金刚石网络应该是立方晶系的，但看你所用的晶胞貌似是三斜的，这个没有影响吗？

上图中显示的是金刚石的原胞，你将金刚石的晶胞转化成原胞就是这样的
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17楼2011-08-29 13:53:56
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changlianze

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
谢谢回答。那楼主的建模最后成功没？
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18楼2011-08-29 15:53:47
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by changlianze at 2011-08-29 15:53:47:
谢谢回答。那楼主的建模最后成功没？

没有，就卡在那一步了
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changlianze
19楼2011-08-29 16:55:08
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changlianze

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
19楼: Originally posted by shiyiwenren at 2011-08-29 16:55:08:
没有，就卡在那一步了

能不能不指定原子坐标，或大致放在一个位置，因为后面不是还要结构优化吗？在优化过程中进行苯环结构限定可以吗？
我不是做计算的，是做COF合成的，刚刚开始关注建模，还请多多指教！
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20楼2011-08-29 18:12:38
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