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shiyiwenren至尊木虫 (著名写手)
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[求助]
多孔芳香框架（PAF）的模型构建
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最近看到一篇文献是做多孔芳香框架（PAF）的CO2吸附模拟的，在文献中提到了PAF-1模型构建的方法，感觉这种方法可能用处还是很大的，但是自己尝试的时候在第一步就卡住了，所以向大家求助一下。下面简单叙述一下PAF-1构建过程，并将自己的问题一并提出。 1. 导入金刚石的晶胞，将晶胞中的C-C键取代为联苯，取代后的结构用MS中的forcite进行结构优化。（问题：怎么样才能将金刚石中的C取代成苯环，MS的modification只能将一种元素换成另一种元素，有没有什么操作是可以实现将元素取代成基团的？） 2. 通过逐步操作将有四面体碳相连的联苯环形成一个大的簇 3.利用MS中的AC模块构建出一个三维的无定形的PAF-1晶胞 [ Last edited by shiyiwenren on 2011-4-26 at 15:27 ] |
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shiyiwenren
至尊木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+5): 谢谢分享你的问题 2011-08-29 18:15:40
ghcacj(金币+5): 谢谢分享你的问题 2011-08-29 18:15:40
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我也还没有做出来，我尝试用这种方法来将联苯基团取代C-C键，但是中间碰到一个小问题，现在把我的做法贴出来，希望有人能帮忙解决。 1. 按照之前所说将diamond的晶胞转化成原胞，并将原胞的晶胞长度改成a=16.9425  2.新建一个xsd文件，在文件中画出联苯基团，两端各连有一个甲基，如下图所示  并将整个大的基团中的两端甲基之间的距离测量出来，与原胞中C-C键的长度做对比，C（CH3）-C(phenyl)，C(phenyl)-C(phenyl)的长度也测量出来。 3.将原胞中的C-C键删除，计算C-C键的长度以及大基团中甲基间的距离的比值，将插入C（CH3）-C(phenyl)，C(phenyl)-C(phenyl)的长度按照该比值计算出实际各键的长度 4.根据各键的长度，以及原胞中C-C键两头C原子的分数坐标（我尝试是选择的两个C原子的坐标为（0,0,0）和（0.25,0.25,0.25））计算出插入联苯基团时各原子的分数坐标。但是我现在只做到将一条线上的C原子插入，对于不在一条线上的C和H原子我无法计算出它们的分数坐标所以还没有插入。  我在计算各个原子的分数坐标的时候，对于与原胞中两个C原子在一条直线上的C原子的分数坐标的计算，用的方法是向量的共线原理和它们的长度比，但是对于与它们不在一条线上的其他原子，我现在只想到用向量的夹角，向量的长度来计算，但是这样的话对于x,y,z三个空间坐标来说只得到三个方程，还缺少一个才能确定，我在这一步中卡住了，希望有人能给予指点。 |
15楼2011-05-12 09:32:54
2楼2011-04-26 22:08:13
shiyiwenren
至尊木虫 (著名写手)
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