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shiyiwenren至尊木虫 (著名写手)
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[求助]
多孔芳香框架（PAF）的模型构建
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最近看到一篇文献是做多孔芳香框架（PAF）的CO2吸附模拟的，在文献中提到了PAF-1模型构建的方法，感觉这种方法可能用处还是很大的，但是自己尝试的时候在第一步就卡住了，所以向大家求助一下。下面简单叙述一下PAF-1构建过程，并将自己的问题一并提出。 1. 导入金刚石的晶胞，将晶胞中的C-C键取代为联苯，取代后的结构用MS中的forcite进行结构优化。（问题：怎么样才能将金刚石中的C取代成苯环，MS的modification只能将一种元素换成另一种元素，有没有什么操作是可以实现将元素取代成基团的？） 2. 通过逐步操作将有四面体碳相连的联苯环形成一个大的簇 3.利用MS中的AC模块构建出一个三维的无定形的PAF-1晶胞 [ Last edited by shiyiwenren on 2011-4-26 at 15:27 ] |
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【答案】应助回帖
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御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-05-04 21:23:05
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-05-04 21:23:05
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我发邮件问了这篇论文的作者了，他给出的做法如下： 1. First convert the diamond structure into primitive cell using the Build module in Material Studio. 2. Change the lattice parameter to a/1.4 (here a is the lattice constant of PAF-1 structure i.e. a= 23.7195). 3. Replace the C-C with biphenyl in the primitive cell. 4. Finally redefine the lattice parameter under Build module as A = 1 1 -1 B= -1 1 -1 and C = -1 1 1 5. Then optimize the structure using the forcite module in MS. 但是我尝试了下，在第三步的将C-C代替为联苯基团还是无法完成，你可以试试看，如果成功的话还望能够和大家分享一下 |
10楼2011-05-04 15:37:56
2楼2011-04-26 22:08:13
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