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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS分子建模求助
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xueyiran2007

铜虫 (小有名气)

[求助] MS分子建模求助已有3人参与

请各位高人指点，利用ms建模遇到困难，现在都快崩溃了

1. 如何建立球面或弧面模型？
    我的模型中需要建立弧面，我试了一个星期，始终没找到那个模块可以建立弧面

2. 如何将液体分子放到表面上？
    我要模拟液体在金属表面的现象，如何将建好的液体模型放到金属表面上？
    我用Amorphous cell模块建立液体模型，再用adsorption模块将其添加到金属表面时，提示液体模型是周期性的，需要非周期性才能添加上去，
    这个怎么解决？

请各位大神帮小弟一把！菜鸟初学。
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LiveandLearn
1楼2013-12-19 00:10:38
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-12-19 12:41:16
1、建立什么的弧面模型？最好是画出示意图
如果是模拟液体在不规则金属表面的吸附，你觉得在纳米尺度上，区分弧面和平面有意义吗？圆周长的一种计算就是无限细分以直线近似

2、参考创腾初级教程，CO在Pd100的吸附和聚合物在金属氧化物表面的相互作用
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xueyiran2007
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2013-12-19 09:33:47
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-12-19 12:41:22
xueyiran2007: 金币+3, ★有帮助 2013-12-21 08:37:14
液滴模型需要编程才能构建, 手动做累死人
去掉周期性就是了
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xueyiran2007
3楼2013-12-19 11:07:38
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xueyiran2007

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2013-12-19 09:33:47
1、建立什么的弧面模型？最好是画出示意图
如果是模拟液体在不规则金属表面的吸附，你觉得在纳米尺度上，区分弧面和平面有意义吗？圆周长的一种计算就是无限细分以直线近似

2、参考创腾初级教程，CO在Pd100的吸 ...

多谢大神指点！弧面是肯定要的，因为微观上就是一个弧面，宏观上是平面。
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LiveandLearn
4楼2013-12-20 04:09:01
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xueyiran2007

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jerkwin at 2013-12-19 11:07:38
液滴模型需要编程才能构建, 手动做累死人
去掉周期性就是了

多谢大神！

MS可以编程建模？哪个模块啊？

周期性怎么去掉？我试过了，没有找到周期性这个选项
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LiveandLearn
5楼2013-12-20 04:19:28
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xueyiran2007

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2013-12-19 09:33:47
1、建立什么的弧面模型？最好是画出示意图
如果是模拟液体在不规则金属表面的吸附，你觉得在纳米尺度上，区分弧面和平面有意义吗？圆周长的一种计算就是无限细分以直线近似

2、参考创腾初级教程，CO在Pd100的吸 ...

弧面模型如下图的凹槽

MS分子建模求助
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LiveandLearn
6楼2013-12-20 06:19:39
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xueyiran2007 at 2013-12-20 04:19:28
多谢大神！

MS可以编程建模？哪个模块啊？

周期性怎么去掉？我试过了，没有找到周期性这个选项...

MS不支持, 用其他的语言把坐标处理一下就是了
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7楼2013-12-20 07:15:25
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
这样的弧面……在MS里估计只能手动添加原子了，一个个加组成弧面……
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
8楼2013-12-20 09:15:52
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Tower.Tsu

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-12-20 16:01:58
xueyiran2007: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-12-20 23:50:19
引用回帖:
6楼: Originally posted by xueyiran2007 at 2013-12-20 06:19:39
弧面模型如下图的凹槽

...

如果只是图示的弧面还是很容易建模的，先建立一个长方体，在Atom Selection 里面选Radial Distance,设定好位置，半径，就基本可以将不需要的那些原子选定了，删除就好了，当面这样的面是球和长方体的交叉面，还需要手动的进行一些处理。
当然也可以直接用perl脚本处理一下，这个也比较简单
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不再是一个人，处处时时想着念着的都是我们...
9楼2013-12-20 09:51:31
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xueyiran2007

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by Tower.Tsu at 2013-12-20 09:51:31
如果只是图示的弧面还是很容易建模的，先建立一个长方体，在Atom Selection 里面选Radial Distance,设定好位置，半径，就基本可以将不需要的那些原子选定了，删除就好了，当面这样的面是球和长方体的交叉面，还需要 ...

多谢大神！弧面我已经建好了，如上图，怎么把其他分子模型放到弧面上？我用bulid layer对接弧面与其他分子模型，但两者直接由一个空间层，不能达到上图所示的接触效果；我用cleave surface建立平面，建立真空层，利用adsorption模块将分子添加到表面时，提示有周期性，不能添加。

这种情况怎么处理啊？
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LiveandLearn
10楼2013-12-21 08:27:52
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