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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】关于表面建模
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zhang668

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于表面建模

关于MS表面建模的两种方法，一个是 由build>Surfaces>cleave Surfaces.
在对话框中输入要建立的晶面（hkl），选择position。build>Crystals>build vaccum slab。优点是可以自由设置真空层厚度，缺点是cleave Surfaces时切出的表面那层原子总是没掉，这样出现两个表面终端层不一样，即原子层没有镜面对称。
第二个是直接建超胞，然后删掉几层原子作为真空层。这种方法建模快，可以保持原子层为几个晶胞。缺点就是真空层厚度（与原子层比例）固定。
    对于第二种来说，测试原子层和真空层厚度时候比较简单，第一种稍微复杂点。
想问下大家常用的是哪种方法？还有测试厚度和K点的时候，一般以总能为收敛标准还是功函数？
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1楼 2011-04-08 21:43:17
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phys

木虫 (正式写手)
★ ★
zhang668(金币+1):谢谢参与
bingmou(金币+1): 感谢交流！ 2011-04-08 22:57:44
个人认为这两种方法是一样的，不果一个是人为的，一个是机器帮你切，实际上自己切也一样
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2楼2011-04-08 22:40:35
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susie8642

铜虫 (小有名气)
★
zhang668(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by phys at 2011-04-08 22:40:35:
个人认为这两种方法是一样的，不果一个是人为的，一个是机器帮你切，实际上自己切也一样

这种建立表面，如果体系较大，怎么进行收敛性测试呢？会不会需要测试超久时间呢？
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3楼2011-04-09 11:44:22
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liusanbing

铜虫 (正式写手)
★
zhang668(金币+1):谢谢参与
先用精度低的测试看看
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4楼2011-04-09 12:20:14
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susie8642

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by liusanbing at 2011-04-09 12:20:14:
先用精度低的测试看看

非常感谢，不过不是特别明白，什么叫精度低的测试呢？
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5楼2011-04-09 14:59:16
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
★
zhang668(金币+1):谢谢参与
zhang668(金币+1): 多谢交流 2011-04-09 18:08:05
引用回帖:
Originally posted by susie8642 at 2011-04-09 14:59:16:
非常感谢，不过不是特别明白，什么叫精度低的测试呢？

降低encut，降低K点密度，降低傅里叶网格密度
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6楼2011-04-09 17:03:51
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susie8642

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by sunyang1988 at 2011-04-09 17:03:51:
降低encut，降低K点密度，降低傅里叶网格密度

非常感谢您！但是这样的话，是否能达到收敛性测试的目的呢？收敛性测试不就是想得到最优e-cut和k-point值吗？
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7楼2011-04-09 17:08:51
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
★
zhang668(金币+1): 多谢交流 2011-04-09 18:08:14
引用回帖:
Originally posted by susie8642 at 2011-04-09 17:08:51:
非常感谢您！但是这样的话，是否能达到收敛性测试的目的呢？收敛性测试不就是想得到最优e-cut和k-point值吗？

先用低精度优化到一定程度再用优化后的结构作为测试的输入结构
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8楼2011-04-09 17:12:31
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susie8642

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by sunyang1988 at 2011-04-09 17:12:31:
先用低精度优化到一定程度再用优化后的结构作为测试的输入结构

非常感谢！这样就可以在进一步测试中节省时间了吧？但是还是需要进行精密收敛测试的，是吗？
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9楼2011-04-09 18:51:58
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by susie8642 at 2011-04-09 18:51:58:
非常感谢！这样就可以在进一步测试中节省时间了吧？但是还是需要进行精密收敛测试的，是吗？

是的，这样只是使初始结构更加接近最终基态，可以在为高精度的弛豫节省好多步
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10楼2011-04-09 20:04:15
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susie8642

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by sunyang1988 at 2011-04-09 20:04:15:
是的，这样只是使初始结构更加接近最终基态，可以在为高精度的弛豫节省好多步

非常感谢呢！那么请问高精度弛豫之前是不是还是需要进行e-cut和k-point的收敛测试呢？这一步是不是需要较长的时间呢？
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11楼2011-04-09 20:12:27
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-05-23 15:26:37
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Originally posted by susie8642 at 2011-04-09 20:12:27:
非常感谢呢！那么请问高精度弛豫之前是不是还是需要进行e-cut和k-point的收敛测试呢？这一步是不是需要较长的时间呢？

条件允许的话最好是做收敛测试，以后有了经验就可以少做这样的测试了
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12楼2011-04-09 20:31:39
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susie8642

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by sunyang1988 at 2011-04-09 20:31:39:
条件允许的话最好是做收敛测试，以后有了经验就可以少做这样的测试了

非常感谢您！我现在想建立一个单晶硅的表面，但是需要建立的比较大，60个原子左右，这样子的话，收敛测试就会非常耗时，我想请教一下，这种情况，单个晶胞的收敛性测试可以拿来用吗？
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13楼2011-04-09 21:10:06
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lixiao85

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-05-23 15:27:04
引用回帖:
Originally posted by susie8642 at 2011-04-09 21:10:06:
非常感谢您！我现在想建立一个单晶硅的表面，但是需要建立的比较大，60个原子左右，这样子的话，收敛测试就会非常耗时，我想请教一下，这种情况，单个晶胞的收敛性测试可以拿来用吗？

这个好像不可以吧
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14楼2011-05-23 09:24:15
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by susie8642 at 2011-04-09 21:10:06:
非常感谢您！我现在想建立一个单晶硅的表面，但是需要建立的比较大，60个原子左右，这样子的话，收敛测试就会非常耗时，我想请教一下，这种情况，单个晶胞的收敛性测试可以拿来用吗？

计算表面要单独做真空层厚度的收敛测试，一般10Angstrom就可以
截断能量与K点密度(垂直于表面方向一个K点就可以)可以用体相的，不过要求在这个条件下体相能量可以收敛到非常高的标准，具体可以看手册
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15楼2011-05-23 18:54:40
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wife332020

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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495933楼: Originally posted by susie8642 at 2011-04-09 11:44:22
这种建立表面，如果体系较大，怎么进行收敛性测试呢？会不会需要测试超久时间呢？...

你好，请问下我的切面模型是极性表面，最小原子层数的收敛性确定要根据极性表面的原子层间距会随着原子层数的增加而收敛的特点来确定，我想问下具体怎么操作的啊，收敛前后这个原子层间距的数据变化是在哪里看到的？谢谢！castep的输出结果文件中很多数据也没找到有用的数据
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16楼2012-07-11 21:10:42
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913824

新虫 (初入文坛)
同问啊
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17楼2012-10-17 15:44:10
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lx123ppp

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
怎么测试原子层，我测试的就没稳定过！
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18楼2014-04-12 10:24:35
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