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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 染料敏化太阳能电池中有机染料分子吸附建模求助
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buct2010

金虫 (正式写手)

[求助] 染料敏化太阳能电池中有机染料分子吸附建模求助

最近看到有计算染料分子在TiO2表面吸附的文献
（J. Phys. Chem. C 2010, 114, 6054-6061）自己也想算用VASP算一些。
我想知道，下图里面的染料分子（其他的染料有N791，钌配合物N3，罗丹明B等）的模型是怎么建立的？直接从MS导入？还是从哪个数据库查源自坐标？希望大家赐教，不胜感激！
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1楼 2012-03-29 10:13:47
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
buct2010: 金币+5, ★有帮助, 我现在找到的结构只有文献中提到的，没有具体的结构信息。 2012-03-29 10:42:26
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-03-30 11:03:11
这种结构明确的分子，应该有结构数据吧。

查出来，自己手动建一个相近的分子，然后做结构优化，然后就放到TiO2上吸附。

你看这样怎么样？
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3楼2012-03-29 10:28:31
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lgxyz

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
buct2010: 金币+5, ★有帮助, 好的，我已经下载了CCDC，先试试看吧，里面没有的话就自己搭建吧，呵呵 2012-03-29 14:58:42
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-03-30 11:03:31
这种小分子是很容易建立，MS里也有相关的片段结构，或者用其他的分子构建软件搭建分子，然后将其坐标导入到MS中，最后拷到TiO2表面上就可以了。
这种吸附模型不可能有现成的坐标文件的，都是需要自己手动搭建。祝你好运！
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5楼2012-03-29 12:17:39
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★
fzx2008: 金币+1, 专家考核, 谢谢回帖！ 2012-04-28 13:11:02
刚刚没说清楚，用Gaussian或者dmol3先驰豫的原因是，Gaussian和dmol3都可以做无周期结构的计算，只要分子不是大的吓人的，计算速度是非常非常快的～
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

buct2010
思想重于技巧，内涵重于表象
10楼2012-04-28 12:53:40
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普通回帖

huangll99

木虫 (职业作家)
★
fzx2008: 金币+1, 谢谢交流！ 2012-04-28 10:02:09
CCDC中可能有，没用过，不太清楚
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buct2010
2楼2012-03-29 10:22:21
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buct2010

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by huangll99 at 2012-03-29 10:22:21:
CCDC中可能有，没用过，不太清楚

谢谢你，这个CCDC我还没装过~
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4楼2012-03-29 10:40:48
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xueht987

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流，表面没有媳妇哦~~~~~ 2012-03-30 11:04:31
buct2010: 金币+5, ★有帮助, 是的，我一般是先优化表面，再优化分子。再把优化后的分子放在优化后的表面算吸附~ 2012-03-30 14:57:30
ms建这种模型还是可以的，看了一下不太复杂，主要是楼主真空层的设计，需要调试的，建议楼主先算表面在搞媳妇。
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6楼2012-03-30 10:52:36
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xueht987

木虫 (正式写手)
，我错了楼主，是吸附
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7楼2012-03-30 11:12:18
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chimegreen

木虫 (正式写手)

Dr.
引用回帖:
6楼: Originally posted by xueht987 at 2012-03-30 10:52:36:
ms建这种模型还是可以的，看了一下不太复杂，主要是楼主真空层的设计，需要调试的，建议楼主先算表面在搞媳妇。

拼音输入法伤不起啊。。。。。。。。
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快乐科研，快乐生活。
8楼2012-04-28 09:48:36
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★
fzx2008: 金币+2, 谢谢回帖！ 2012-04-28 13:10:49
对于分子模型，建议LZ使用Gaussian View或者MS建模，非常容易，并且建模后建议用Gaussian或者dmol3进行结构优化（这样就不用担心建模时要关注太多的键长和键角了），优化后，再放到盒子里用VASP优化，然后在给粘到表面上～
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思想重于技巧，内涵重于表象
9楼2012-04-28 12:42:46
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