24小时热门版块排行榜    

查看: 3731  |  回复: 17

buct2010

金虫 (正式写手)

[求助] 染料敏化太阳能电池中有机染料分子吸附建模求助

最近看到有计算染料分子在TiO2表面吸附的文献
(J. Phys. Chem. C 2010, 114, 6054-6061)自己也想算用VASP算一些。
我想知道,下图里面的染料分子(其他的染料有N791,钌配合物N3,罗丹明B等)的模型是怎么建立的?直接从MS导入?还是从哪个数据库查源自坐标?希望大家赐教,不胜感激!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

VASP 资源1 计算化学-辅助工具

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
buct2010: 金币+5, 有帮助, 我现在找到的结构只有文献中提到的,没有具体的结构信息。 2012-03-29 10:42:26
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-03-30 11:03:11
这种结构明确的分子,应该有结构数据吧。

查出来,自己手动建一个相近的分子,然后做结构优化,然后就放到TiO2上吸附。

你看这样怎么样?
3楼2012-03-29 10:28:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lgxyz

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
buct2010: 金币+5, 有帮助, 好的,我已经下载了CCDC,先试试看吧,里面没有的话就自己搭建吧,呵呵 2012-03-29 14:58:42
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-03-30 11:03:31
这种小分子是很容易建立,MS里也有相关的片段结构,或者用其他的分子构建软件搭建分子,然后将其坐标导入到MS中,最后拷到TiO2表面上就可以了。
这种吸附模型不可能有现成的坐标文件的,都是需要自己手动搭建。祝你好运!
5楼2012-03-29 12:17:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

souledge

专家顾问 (著名写手)


fzx2008: 金币+1, 专家考核, 谢谢回帖! 2012-04-28 13:11:02
刚刚没说清楚,用Gaussian或者dmol3先驰豫的原因是,Gaussian和dmol3都可以做无周期结构的计算,只要分子不是大的吓人的,计算速度是非常非常快的~

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

思想重于技巧,内涵重于表象
10楼2012-04-28 12:53:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

huangll99

木虫 (职业作家)


fzx2008: 金币+1, 谢谢交流! 2012-04-28 10:02:09
CCDC中可能有,没用过,不太清楚

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-03-29 10:22:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

buct2010

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by huangll99 at 2012-03-29 10:22:21:
CCDC中可能有,没用过,不太清楚

谢谢你,这个CCDC我还没装过~
4楼2012-03-29 10:40:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xueht987

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流,表面没有媳妇哦~~~~~ 2012-03-30 11:04:31
buct2010: 金币+5, 有帮助, 是的,我一般是先优化表面,再优化分子。再把优化后的分子放在优化后的表面算吸附~ 2012-03-30 14:57:30
ms建这种模型还是可以的,看了一下不太复杂,主要是楼主真空层的设计,需要调试的,建议楼主先算表面在搞媳妇。
6楼2012-03-30 10:52:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xueht987

木虫 (正式写手)

,我错了楼主,是吸附
7楼2012-03-30 11:12:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chimegreen

木虫 (正式写手)

Dr.

引用回帖:
6楼: Originally posted by xueht987 at 2012-03-30 10:52:36:
ms建这种模型还是可以的,看了一下不太复杂,主要是楼主真空层的设计,需要调试的,建议楼主先算表面在搞媳妇。

拼音输入法伤不起啊。。。。。。。。
快乐科研,快乐生活。
8楼2012-04-28 09:48:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

souledge

专家顾问 (著名写手)

★ ★
fzx2008: 金币+2, 谢谢回帖! 2012-04-28 13:10:49
对于分子模型,建议LZ使用Gaussian View或者MS建模,非常容易,并且建模后建议用Gaussian或者dmol3进行结构优化(这样就不用担心建模时要关注太多的键长和键角了),优化后,再放到盒子里用VASP优化,然后在给粘到表面上~
思想重于技巧,内涵重于表象
9楼2012-04-28 12:42:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 buct2010 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上函评意见出来了,像什么等级? 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +5 bjdxyxy 2026-08-26 5/250 2026-09-01 17:54 by 小伟大博士
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗? +4 瞬息宇宙 2026-08-31 4/200 2026-09-01 14:58 by jiaoxg
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
信息提示
请填处理意见