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buct2010

金虫 (正式写手)

[求助] 染料敏化太阳能电池中有机染料分子吸附建模求助

最近看到有计算染料分子在TiO2表面吸附的文献
(J. Phys. Chem. C 2010, 114, 6054-6061)自己也想算用VASP算一些。
我想知道,下图里面的染料分子(其他的染料有N791,钌配合物N3,罗丹明B等)的模型是怎么建立的?直接从MS导入?还是从哪个数据库查源自坐标?希望大家赐教,不胜感激!
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buct2010

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by huangll99 at 2012-03-29 10:22:21:
CCDC中可能有,没用过,不太清楚

谢谢你,这个CCDC我还没装过~
4楼2012-03-29 10:40:48
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查看全部 18 个回答

huangll99

木虫 (职业作家)


fzx2008: 金币+1, 谢谢交流! 2012-04-28 10:02:09
CCDC中可能有,没用过,不太清楚

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-03-29 10:22:21
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
buct2010: 金币+5, 有帮助, 我现在找到的结构只有文献中提到的,没有具体的结构信息。 2012-03-29 10:42:26
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-03-30 11:03:11
这种结构明确的分子,应该有结构数据吧。

查出来,自己手动建一个相近的分子,然后做结构优化,然后就放到TiO2上吸附。

你看这样怎么样?
3楼2012-03-29 10:28:31
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lgxyz

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
buct2010: 金币+5, 有帮助, 好的,我已经下载了CCDC,先试试看吧,里面没有的话就自己搭建吧,呵呵 2012-03-29 14:58:42
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-03-30 11:03:31
这种小分子是很容易建立,MS里也有相关的片段结构,或者用其他的分子构建软件搭建分子,然后将其坐标导入到MS中,最后拷到TiO2表面上就可以了。
这种吸附模型不可能有现成的坐标文件的,都是需要自己手动搭建。祝你好运!
5楼2012-03-29 12:17:39
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