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buct2010

金虫 (正式写手)

[求助] 染料敏化太阳能电池中有机染料分子吸附建模求助

最近看到有计算染料分子在TiO2表面吸附的文献
(J. Phys. Chem. C 2010, 114, 6054-6061)自己也想算用VASP算一些。
我想知道,下图里面的染料分子(其他的染料有N791,钌配合物N3,罗丹明B等)的模型是怎么建立的?直接从MS导入?还是从哪个数据库查源自坐标?希望大家赐教,不胜感激!
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
buct2010: 金币+5, 有帮助, 我现在找到的结构只有文献中提到的,没有具体的结构信息。 2012-03-29 10:42:26
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-03-30 11:03:11
这种结构明确的分子,应该有结构数据吧。

查出来,自己手动建一个相近的分子,然后做结构优化,然后就放到TiO2上吸附。

你看这样怎么样?
3楼2012-03-29 10:28:31
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lgxyz

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
buct2010: 金币+5, 有帮助, 好的,我已经下载了CCDC,先试试看吧,里面没有的话就自己搭建吧,呵呵 2012-03-29 14:58:42
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-03-30 11:03:31
这种小分子是很容易建立,MS里也有相关的片段结构,或者用其他的分子构建软件搭建分子,然后将其坐标导入到MS中,最后拷到TiO2表面上就可以了。
这种吸附模型不可能有现成的坐标文件的,都是需要自己手动搭建。祝你好运!
5楼2012-03-29 12:17:39
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souledge

专家顾问 (著名写手)


fzx2008: 金币+1, 专家考核, 谢谢回帖! 2012-04-28 13:11:02
刚刚没说清楚,用Gaussian或者dmol3先驰豫的原因是,Gaussian和dmol3都可以做无周期结构的计算,只要分子不是大的吓人的,计算速度是非常非常快的~

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思想重于技巧,内涵重于表象
10楼2012-04-28 12:53:40
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普通回帖

huangll99

木虫 (职业作家)


fzx2008: 金币+1, 谢谢交流! 2012-04-28 10:02:09
CCDC中可能有,没用过,不太清楚

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-03-29 10:22:21
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buct2010

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by huangll99 at 2012-03-29 10:22:21:
CCDC中可能有,没用过,不太清楚

谢谢你,这个CCDC我还没装过~
4楼2012-03-29 10:40:48
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xueht987

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流,表面没有媳妇哦~~~~~ 2012-03-30 11:04:31
buct2010: 金币+5, 有帮助, 是的,我一般是先优化表面,再优化分子。再把优化后的分子放在优化后的表面算吸附~ 2012-03-30 14:57:30
ms建这种模型还是可以的,看了一下不太复杂,主要是楼主真空层的设计,需要调试的,建议楼主先算表面在搞媳妇。
6楼2012-03-30 10:52:36
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xueht987

木虫 (正式写手)

,我错了楼主,是吸附
7楼2012-03-30 11:12:18
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chimegreen

木虫 (正式写手)

Dr.

引用回帖:
6楼: Originally posted by xueht987 at 2012-03-30 10:52:36:
ms建这种模型还是可以的,看了一下不太复杂,主要是楼主真空层的设计,需要调试的,建议楼主先算表面在搞媳妇。

拼音输入法伤不起啊。。。。。。。。
快乐科研,快乐生活。
8楼2012-04-28 09:48:36
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souledge

专家顾问 (著名写手)

★ ★
fzx2008: 金币+2, 谢谢回帖! 2012-04-28 13:10:49
对于分子模型,建议LZ使用Gaussian View或者MS建模,非常容易,并且建模后建议用Gaussian或者dmol3进行结构优化(这样就不用担心建模时要关注太多的键长和键角了),优化后,再放到盒子里用VASP优化,然后在给粘到表面上~
思想重于技巧,内涵重于表象
9楼2012-04-28 12:42:46
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