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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » pdb文件打开二硫键
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

[求助] pdb文件打开二硫键

我想在gromacs模拟前打开二硫键，不知道什么方法可以？求助大家。
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1楼2013-04-08 19:20:40
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by spirte雷 at 2013-04-13 07:23:21
现在我知道的是两种方法，1.pdb2gmx命令的时候加 -ss,选择n即不保留二硫键。2.将形成二硫键半胱氨酸的进行点突变。
PS.你是不是科大的小王？

嗯嗯，
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3楼2013-04-13 12:26:11
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by spirte雷 at 2013-04-13 15:05:20
在这里又碰到你，好巧啊...

好人呀。
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5楼2013-04-15 10:04:54
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by spirte雷 at 2013-04-13 07:23:21
现在我知道的是两种方法，1.pdb2gmx命令的时候加 -ss,选择n即不保留二硫键。2.将形成二硫键半胱氨酸的进行点突变。
PS.你是不是科大的小王？

今天还想请教你一个问题：请题用-ss命令打开二硫键时，有六个二硫键，但是出来的只有四个连接与否选择，其他两个二硫键怎么没有选择呀？？这个是什么原因？
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6楼2013-05-02 12:53:11
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