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leon198418029

金虫 (小有名气)

[交流] 基因组DNA提取结果

从一开始做分子生物学实验，心中就有一个疑问：按照PROTOCOL提取出的DNA，电泳后呈现的条带数量，会不会正好就是染色体的数量。后来知道，DNA提取受到很多方面影响，提取出的DNA已经受到一定程度损伤，因此条带数目不确定。如图，图一显示的两种不同微藻的DNA提取结果。一般情况下，按照我实验室现有PROTOCOL提取出的DNA如右泳道所示，有一条几KB的条带同时带有拖尾。左边泳道未见条带，仅有拖尾，属于此次实验的特殊情况，该微藻之前DNA提取结果亦同右泳道。然而，用通用引物对其进行PCR，结果如图二，都得到了较好的结果。
    我不是在此讨论我的实验结果，只是想和大家研究讨论下DNA提取结果是什么样子，其受什么条件影响。在以前的实验室，用另一份PROTOCOL，电泳结果往往是几条几百BP和一两条上千BP的条带；而现在的PROTOCOL却带来了图示结果。我想知道，到底是否是PROTOCOL影响了DNA的提取结果。如果是，为什么有图一这样的结果；如果不是，为什么用不同PROTOCOL，同一种微藻提取出的电泳结果不同？是否还有其他影响因素？
    欢迎大家讨论交流，同时希望把你们的电泳结果发到这里来给各位看一下。
    PS:为什么好的RNA提取结果往往是电泳时看到三条清楚的条带？无论什么方法都这样吗？

gDNA



PCR
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1楼 2013-01-13 17:10:44
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leon198418029

金虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by zjl2011115 at 2013-01-17 20:32:28
虫友们好！初来咋到，还请多多关照。
我正用CTAB法提取柳杉的dna，但是最后用70%酒精洗涤俩次后仍然量很多，但是用去跑PCR时，没结果。
我的方法是：1，油液氮研磨成粉末，转到加油STE的离心管中，充分摇匀，离心 ...

你好，请问“但是最后用70%酒精洗涤俩次后仍然量很多”，这是什么的量很多？DNA吗？是不是有明显的小块白色物质？那也许是DNA，也许是为除净的蛋白质。另外，STE是什么？
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13楼2013-01-18 08:48:34
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cory0931

至尊木虫 (文坛精英)
★
leon198418029(金币+1): 谢谢参与
图一右边的比较认同；
我们实验室做细菌的同学跑出来只有一条带，拖尾也不明显；
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5楼2013-01-13 19:24:49
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)
★
leon198418029(金币+1): 谢谢参与
基因组DNA提取的时候即使很小心，也是被shear成十几K-几十K的片段的。不可能提出几M或者几十M大小的完整分子。你说的不同的方法不知道是哪里不同。我觉得主要的区别是操作中的机械力和杂质清除是否完全。一般提出来比较干净的DNA是会看到一条大于10K的带。你说的几百bp可能是没有完全降解掉的RNA。至于PCR的结果，因为机械力作用下DNA的断裂是随机的，如果DNA不是弄得太碎了，都应该可以P出来，所以你的两个样品都有扩增。当然断裂少的样品效果会更好一些。
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leon198418029
6楼2013-01-14 03:00:37
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leon198418029

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-01-14 03:00:37
基因组DNA提取的时候即使很小心，也是被shear成十几K-几十K的片段的。不可能提出几M或者几十M大小的完整分子。你说的不同的方法不知道是哪里不同。我觉得主要的区别是操作中的机械力和杂质清除是否完全。一般提出来 ...

感谢你提供的信息。如果提取过程对DNA的破坏是随机的，那么应该有很多片段才对啊，为什么会都聚集在几K的位置上呢？那些小一些的片段都变成SMEAR了嘛？有没有可能产生很多几K的片段，在电泳中形成若干条带？
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7楼2013-01-14 08:54:07
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