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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 小鼠肝脏基因组DNA提取大部分降解为300-500bp了
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athenawj

新虫 (初入文坛)

[交流] 小鼠肝脏基因组DNA提取大部分降解为300-500bp了

出现降解很严重，大部分都在300-500bp左右。也就蛋白酶Ｋ多加了点，还有别的原因吗？
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1楼 2011-11-11 21:24:26
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athenawj

新虫 (初入文坛)
顶顶啊，好久不做琼脂糖电泳了，可以看出来样品有没有杂质啊？
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2楼2011-11-11 21:32:42
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LIUZHIYONG0791

木虫 (正式写手)
★
athenawj(金币+1):谢谢参与
没看懂你的胶图,左边是MARK吧,接下来的三根泳道没见东西啊
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4楼2011-11-12 08:56:12
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longrna

新虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
athenawj(金币+1):谢谢参与
silicare(金币+6, BioEPI+1): 鼓励新虫发帖交流 2011-11-17 12:20:42
基因组DNA？跑电泳不是应该用Lambda/HIII DNA Marker（有23k条带）好一些吗？

1、东西要干净，高温灭菌处理，操作不宜过于剧烈。如需要非常完整的基因组，则枪头最好做钝化处理更好。
2、肝脏应该很容易裂解，裂解时间不宜过久，把组织块匀浆一下，加蛋白酶K 50-55度水浴消化上30-60min或直至无可见组织块即可。
3、肝脏同时会有很多RNA，有些电泳看起来“降解”可能是未完全消化彻底的RNA造成的，如希望得到无RNA污染的DNA，可适当增加RNase用量及消化时间。
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6楼2011-11-12 09:53:28
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athenawj

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by LIUZHIYONG0791 at 2011-11-12 08:56:12:
没看懂你的胶图,左边是MARK吧,接下来的三根泳道没见东西啊

每次只跑两个孔，左边是1KB marker,右边是LE2000做marker的
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7楼2011-11-13 15:16:09
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linyingjia

至尊木虫 (职业作家)
试剂盒做的嘛
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8楼2011-11-13 22:28:19
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cyz20050505

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
右边的图，基因组DNA虽有降解，但在远大于2K的地方还是有明显的主带，这个拿去扩扩普通的PCR还可以的。
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9楼2011-11-17 10:32:54
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NDA提取

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
有机会可以用下俺家高通量组织研磨器. 可以在DNA RNA提取过程中代替液氮手动研磨, 只需把物料和研磨球加入1.5/2ml离心管中，离心管放入我们提供的耐低温适配器上，把适配器和夹具放入液氮中，冷冻3-5分钟，取出，加裂解液（也可不加），即可进行研磨。每台研磨仪配2个适配器，每个适配器可以放的1.5/2ml离心管的数量是24个，这样2个适配器同时工作， 即可一次研磨48个样品，这些样品的研磨在2-3min内即可研磨完成，时间短，效率高。
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10楼2011-11-17 15:16:35
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liugangpk545

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by longrna at 2011-11-12 09:53:28:
基因组DNA？跑电泳不是应该用Lambda/HIII DNA Marker（有23k条带）好一些吗？

1、东西要干净，高温灭菌处理，操作不宜过于剧烈。如需要非常完整的基因组，则枪头最好做钝化处理更好。
2、肝脏应该很容易裂解， ...

受教了   谢谢
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11楼2011-12-06 16:12:47
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lh0510

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
１.首先这东西不叫“降解”，更不是DNA降解那么简单，要非常清楚肝脏的物流中心作用以及DNA表达时谱的存在。
２.EB莹光代表的是什么？核酸，核酸不等于基因组，更不是等同于楼主所说的基因组DNA。
３.如图的方法中光斑定量上是不太好度量的，管理上说不可度量的东西是不存在的。你结论的根据是不是就不牢了？呵呵
总之，这个情况图谱基本上是正常的样本正常结果,我提取的小鼠肝脏DNA样本直接跑琼脂糖也是类似的情况，没有影响PCR和结果；楼上的１０条都是有道理，原因是多方面的；Try－ture、相信自己，持续追踪它。

[ Last edited by lh0510 on 2013-6-10 at 08:58 ]
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12楼2013-06-10 08:51:16
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athenawj3楼
2011-11-11 21:58   回复  
牛奶可乐5楼
2011-11-12 09:28   回复  
athenawj(金币+1):谢谢参与
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