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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 基因组提取
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甜酒慢品

金虫 (初入文坛)

小木虫

[求助] 基因组提取

我用了老板从国外带回来的一种光合细菌提取基因组，菌名为chloroflexus，但是用CTAB法提的时候发现它出现一种黏黏的东西，以至于提不出基因组。由于资料显示该菌是革兰氏阴性的，所以我尚未用溶菌酶处理，大家有谁有过相似经历，或者有好的解决办法，帮我解决一下，好吗？不甚感激！
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还是那个我，简单，哀愁，幸福，疲惫。。。
1楼 2011-05-30 09:40:58
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xulanzzz

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

甜酒慢品(金币+1): 谢谢，我今天就试试！ 2011-05-30 11:08:38
引用回帖:
Originally posted by 甜酒慢品 at 2011-05-30 09:40:58:
我用了老板从国外带回来的一种光合细菌提取基因组，菌名为chloroflexus，但是用CTAB法提的时候发现它出现一种黏黏的东西，以至于提不出基因组。由于资料显示该菌是革兰氏阴性的，所以我尚未用溶菌酶处理，大家有谁 ...

即使是革兰氏阴性菌，还是需要溶菌酶处理一下的。。
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DOBEST
2楼2011-05-30 10:46:22
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墨香若水

木虫 (著名写手)

小小囧虫
正纳闷G-为什么就不用溶菌酶~
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仕不可不弘毅，任重而道远
3楼2011-05-30 12:02:50
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甜酒慢品

金虫 (初入文坛)

小木虫
引用回帖:
Originally posted by 墨香若水 at 2011-05-30 12:02:50:
正纳闷G-为什么就不用溶菌酶~

我感觉这个菌还含有其他类似于荚膜之类的东西，那团黏黏的东西应该有不少多糖之类的成分，当然这还只是推测，还有待下一步验证。
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还是那个我，简单，哀愁，幸福，疲惫。。。
4楼2011-05-30 13:07:23
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smiled001

禁虫 (小有名气)
甜酒慢品(金币+5): 2011-06-02 10:04:05
甜酒慢品(金币+2): 2011-06-04 20:37:40
本帖内容被屏蔽
5楼2011-05-30 23:51:32
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hyy229

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

甜酒慢品(金币+1): 2011-06-02 10:04:16
甜酒慢品(金币+1): 2011-06-04 20:37:48
细菌不知道 真菌基因组提取出来就是那种黏黏的透明状东东啊 纯化一下就OK了
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6楼2011-06-01 11:47:08
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xl_yang1987

新虫 (初入文坛)
加点蛋白酶k，因为光合细菌有60~80%的菌体为蛋白质，你看到的粘稠的白色状的东西是未除尽的蛋白质。
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7楼2011-08-24 11:02:10
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清水一杯

新虫 (初入文坛)
1. 粘稠物质为多糖；可以加溶菌酶，但对G-菌而言，效果并不明显，CTAB就已经够了；
2. 发酵液离心后收集菌体，再用STE悬浮菌体，再离心收集；
3. 减少菌体的用量或加大裂解液的用量；
4. CTAB温浴后最好冷却至室温或4度再抽提；酚/氯仿至少抽提2次，建议加入酚/氯仿后横握离心管，以平放的8字形摇动离心管，这样既可充分使有机相/无机相混匀，又不至于使DNA断裂成小片段，持续不短于5min；
5. 吸取水相时要注意不吸上沉淀，这个你懂的；
6. 最后沉淀时加入异丙醇，混匀后室温静置10min，吸/捞出絮状沉淀，溶于TE或水，OD260/280应该在1.9左右。
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8楼2011-08-24 17:42:02
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