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甜酒慢品

金虫 (初入文坛)

小木虫

[求助] 基因组提取

我用了老板从国外带回来的一种光合细菌提取基因组,菌名为chloroflexus,但是用CTAB法提的时候发现它出现一种黏黏的东西,以至于提不出基因组。由于资料显示该菌是革兰氏阴性的,所以我尚未用溶菌酶处理,大家有谁有过相似经历,或者有好的解决办法,帮我解决一下,好吗?不甚感激!
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还是那个我,简单,哀愁,幸福,疲惫。。。
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xulanzzz

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

甜酒慢品(金币+1): 谢谢,我今天就试试! 2011-05-30 11:08:38
引用回帖:
Originally posted by 甜酒慢品 at 2011-05-30 09:40:58:
我用了老板从国外带回来的一种光合细菌提取基因组,菌名为chloroflexus,但是用CTAB法提的时候发现它出现一种黏黏的东西,以至于提不出基因组。由于资料显示该菌是革兰氏阴性的,所以我尚未用溶菌酶处理,大家有谁 ...

即使是革兰氏阴性菌,还是需要溶菌酶处理一下的。。
DOBEST
2楼2011-05-30 10:46:22
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墨香若水

木虫 (著名写手)

小小囧虫

正纳闷G-为什么就不用溶菌酶~
仕不可不弘毅,任重而道远
3楼2011-05-30 12:02:50
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甜酒慢品

金虫 (初入文坛)

小木虫

引用回帖:
Originally posted by 墨香若水 at 2011-05-30 12:02:50:
正纳闷G-为什么就不用溶菌酶~

我感觉这个菌还含有其他类似于荚膜之类的东西,那团黏黏的东西应该有不少多糖之类的成分,当然这还只是推测,还有待下一步验证。
还是那个我,简单,哀愁,幸福,疲惫。。。
4楼2011-05-30 13:07:23
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smiled001

禁虫 (小有名气)

甜酒慢品(金币+5): 2011-06-02 10:04:05
甜酒慢品(金币+2): 2011-06-04 20:37:40
本帖内容被屏蔽

5楼2011-05-30 23:51:32
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hyy229

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

甜酒慢品(金币+1): 2011-06-02 10:04:16
甜酒慢品(金币+1): 2011-06-04 20:37:48
细菌不知道 真菌基因组提取出来就是那种黏黏的透明状东东啊 纯化一下就OK了
6楼2011-06-01 11:47:08
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xl_yang1987

新虫 (初入文坛)

加点蛋白酶k,因为光合细菌有60~80%的菌体为蛋白质,你看到的粘稠的白色状的东西是未除尽的蛋白质。
7楼2011-08-24 11:02:10
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清水一杯

新虫 (初入文坛)

1. 粘稠物质为多糖;可以加溶菌酶,但对G-菌而言,效果并不明显,CTAB就已经够了;
2. 发酵液离心后收集菌体,再用STE悬浮菌体,再离心收集;
3. 减少菌体的用量或加大裂解液的用量;
4. CTAB温浴后最好冷却至室温或4度再抽提;酚/氯仿至少抽提2次,建议加入酚/氯仿后横握离心管,以平放的8字形摇动离心管,这样既可充分使有机相/无机相混匀,又不至于使DNA断裂成小片段,持续不短于5min;
5. 吸取水相时要注意不吸上沉淀,这个你懂的;
6. 最后沉淀时加入异丙醇,混匀后室温静置10min,吸/捞出絮状沉淀,溶于TE或水,OD260/280应该在1.9左右。
8楼2011-08-24 17:42:02
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