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fddyn

金虫 (小有名气)

[求助] 土壤真菌PCR的问题

最近在P土壤真菌DNA,没条带,用的引物是ITS1F/ITS2
我是用周继中的方法提的DNA,测浓度(2g土差不多能提200~300 ng/ul)后稀释到 1 ng/ul 作为模板,同一份模板我在做细菌PCR时结果还行基本上都P的出来,但真菌是才开始摸索,望大家多提提建议
25ul 体系
模板   2
引物   1
水     9.5
ExTaq  12.5
PCR程序
94 ℃ for 4 min, 30 cycles of 30 s at 94 ℃, 50 ℃ for 1 min and 72 ℃ for 90 s, followed by 10 min at 72 ℃.
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fddyn

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ilyzp at 2012-10-14 17:27:10
你用的什么酶,我用的Promega的MIX,很好用,或者是东洋纺的KOD酶,对于P不好P的基因都很好用,因为土壤中提取的DNA有可能会有腐殖质之类的影响PCR,我用国产的MIX基本上都不怎么能P出来

师姐定的,一直也没留意,今天去看下,好像是国产的,但这个酶P细菌还行
谢谢,你的意见
3楼2012-10-15 08:46:43
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ilyzp

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励发帖交流问题。 2012-10-14 21:11:42
你用的什么酶,我用的Promega的MIX,很好用,或者是东洋纺的KOD酶,对于P不好P的基因都很好用,因为土壤中提取的DNA有可能会有腐殖质之类的影响PCR,我用国产的MIX基本上都不怎么能P出来
2楼2012-10-14 17:27:10
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fddyn

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ilyzp at 2012-10-14 17:27:10
你用的什么酶,我用的Promega的MIX,很好用,或者是东洋纺的KOD酶,对于P不好P的基因都很好用,因为土壤中提取的DNA有可能会有腐殖质之类的影响PCR,我用国产的MIX基本上都不怎么能P出来

刚看了下,是TAKARA Premix Ex Taq
4楼2012-10-15 12:46:37
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ilyzp

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小丹木木: 金币+3, 鼓励交流 2012-10-17 14:45:57
fddyn: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢啊,明天尝试提高模板浓度试试 2012-10-17 20:18:34
引用回帖:
4楼: Originally posted by fddyn at 2012-10-15 12:46:37
刚看了下,是TAKARA Premix Ex Taq...

因为这个酶我没用过,所以不好评定,如果你们实验室买东西比较自由,可以先买一只Promega的MIX试试,因为很多外文文献P土壤DNA都是用的Promega的GoTaq MIX,TAKARA的估计用于一般植物什么的基因的比较多,如果你不能换酶,把模版浓度提高,我们一般都是5——10ng/ul,然后循环增加到35——40循环,然后再试试
5楼2012-10-17 11:16:00
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