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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】有没有做土壤微生物群落多样性的 可以进来交流一下
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】有没有做土壤微生物群落多样性的 可以进来交流一下 已有10人参与

RT土壤中微生物多样性，
用细菌 或者真菌 16s RNA基因通用引物做PCR之后做多样性分析
在PCR这步试验中，从土壤中提取基因组后作PCR,真菌很容易能P出来 但是细菌却很难  往往条带弥散~~如图


1 如果说 震荡剧烈使得基因组破碎，但是在做真菌PCR的时候 一半是用涡旋振荡仪混匀的 但是也能够P出来 而且很亮
2 如果说 模板量多少，这个我已经做了很多 梯度，不稀释，稀释10倍 稀释50倍，100倍都做了
3 如果说引物不对，用的是 通用引物，而且合成的公司也是做生物很专业的 公司
4 退火温度，这个不好说 我觉得退货温度上下差几度 就算效果不好 也不可能一点都没有
5 PCR 仪器，两台 bio-rad 都用了 结果还是那样
6 杂质的问题，从纯细菌中提取的基因组 杂质蛋白很多 如图
但是P出来时这样

就这么多了 各位帮忙分析一下吧 ！！！
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1楼 2010-05-21 16:23:51
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
怎么没有人来帮忙解析一下呢 ？
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2楼2010-05-21 21:02:03
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
哎 继续求助啊
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3楼2010-05-21 21:26:24
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
帮忙啊 还没有解决 做了快一个月了
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4楼2010-05-26 19:53:15
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tdong06

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
退火温度。多设几个提度试下。。。
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5楼2010-05-26 20:30:59
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j2

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
先把退火温度设低吧
赞一下(1人) 回复此楼
修炼ｉｎｇ，当虫仙……
6楼2010-05-27 13:14:49
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木木人

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
我也打算做微生物多样性 用DGGE方法 请问你用的通用引物是什么 能分享一下吗？ 谢谢
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7楼2012-02-14 15:18:45
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沁荃

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
确实是这样的，PCR条带很弥散，原来我也试过不同退火温度，效果也不好~可能是通用引物的匹配性不好吧~有文献是这么说的~你用的通用引物是27f和1492r吗？
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8楼2012-04-07 22:48:34
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
1264204楼: Originally posted by 木木人 at 2012-02-14 15:18:45:
我也打算做微生物多样性 用DGGE方法 请问你用的通用引物是什么 能分享一下吗？ 谢谢

16s V3  经典的引物   341F  518R
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9楼2012-04-08 01:30:22
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木子勇夏

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by 老夏853 at 2012-04-08 01:30:22
16s V3  经典的引物   341F  518R...

这个很好P的啊，细菌真菌的都能P出来，但是真菌的DGGE条件我做的不好，跑的胶不好看
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10楼2013-04-11 09:15:09
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