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fengyunqb

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[求助] 引物设计区域选择问题

我设计兼并引物。多序列比对发现三个保守区。一个在中上游，一个在中游，一个在下游末。我准备选中上游和下游末分别设计上下游引物。但老师说选中游设计简并引物就可以了。有经验的朋友能告诉我我该选哪个保守区设计引物吗？设计多少对比较好？用来扩增未知基因保守区。

[ Last edited by 1949stone on 2012-8-20 at 07:49 ]

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1楼 2012-08-13 10:08:46

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fengyunqb

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引用回帖:

2楼: Originally posted by 心强我强 at 2012-08-19 14:44:22
不懂，也想知道答案，帮顶。

设计简并引物至少需要上下游各有一个保守区域，且两个保守区域相距50～ 400个aa为宜，使得pcr产物在150~1200bp之间，最重要的是每一个保守区域至少有6个aa残基，因为每条引物至少18bp左右。若比对结果保守性不是很强很可能找不到6个aa的保守区域，这时可以根据物种的亲缘关系，选择亲缘相近的物种进行二次比对，若保守性仍达不到要求，则需进行三次比对。总之，究竟要选多少序列来比对，要根据前一次比对的结果反复调整。最终目的就是有两个6个aa且两者间距离合适的保守区域。