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vivian26

银虫 (小有名气)

[求助] 关于RNA电泳的一些疑惑

作为分子生物学的初学者,我最近准备做RNA电泳,有一些疑惑,在这里向各位大人们请教,希望得到解答。:
1、RNA电泳是否可以直接使用琼脂糖胶?我看到很多人说应该使用变性胶。
2、RNA电泳的loading buffer与Marker是否是专有的?可不可以直接使用DNA电泳的呢?
3、电泳之后很多人说会出现三条带。是三条带一起出现吗?有没有亮度的区别呢?
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qiaoxianying

银虫 (初入文坛)

回答:1.用百分之一的琼脂糖凝胶就可以,但要DEPC过夜处理的1*TAE,并高压灭菌
        2.buffer和DL2000是通用的,但使用前也要DEPC处理
        3.如果提取成功的话是有三条带
6楼2012-08-11 23:13:21
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涌动的泉

铜虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励交流经验 2012-08-10 13:49:38
我提的是总RNA
第一个问题:我用的就是1%~1.5%的琼脂糖凝胶
第二个问题:我用的loading buffer 是通用的,Marker是用的DNAmaker2000
第三个问题:的确是三条带,理论上说是28s与18s比较亮,5s较淡时就是比较好的,如果5s很亮的话说明RNA降解了
我们的过去,成就了如今的我们,无需悔恨
2楼2012-08-10 09:16:32
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tiani_tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
vivian26: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-08-12 00:00:18
主要看你的目的是什么。(以下内容仅限于普通的rt-pcr及qPCR)
1:电泳,用琼脂糖就行,1%即可,至于变性,如果质量要求高的话可以试试,但比较麻烦。
2:loadingbuffer可以用DNA电泳的,但若使用marker的话,有RNA电泳专用的,DNA marker毕竟和RNA结构不一样。也有说28S rRNA在2000bp的上方,不知道准不准。不用marker也行,毕竟你不需要知道大小,只要提出出总RNA,质量没问题就行。
3:理论上时三条带,28S是18S的2倍,质量好的话5S看不到,一般都会有点降解,所以都会看见5S。
PS:质量和浓度还可以通过紫外分光光度计测量A230,A260,A280看比值
3楼2012-08-10 20:47:36
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zhangby2002

银虫 (小有名气)

回答以上问题:
1:可以用琼脂糖电泳(1-2%),主要是检测提起RNA的量,看看有否降解,假如后续要做RT-PCR,还需要进行RNA处理,取出DNA污染。
2:一般跑RNA电泳时最好换新鲜的电泳液,电泳槽最好清洗一下,DNAMarker2000就够了,主要检测3条带。
3:电泳后出现3条带,说明提取的RNA质量高,28S:18S=2:1
业精于勤,荒于嬉;行成于思,毁于随。
4楼2012-08-10 21:13:49
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