24小时热门版块排行榜    

查看: 1181  |  回复: 0

无踪无影

金虫 (小有名气)

[交流] TA克隆测序之后经过blast比对,中间有一段与数据库中的序列不一样,求教高手啊

>ref|XM_002371901.1|  Toxoplasma gondii ME49 hypothetical protein, mRNA
Length=4182

GENE ID: 7895856 TGME49_075470 | hypothetical protein [Toxoplasma gondii ME49]


                                                         Sort alignments for this subject sequence by:
                                                           E value  Score  Percent identity
                                                           Query start position  Subject start position
Score = 2717 bits (3012),  Expect = 0.0
Identities = 1536/1555 (99%), Gaps = 3/1555 (0%)
Strand=Plus/Plus

Query  18    ATGGTGACAACAACCACGCCAACGCCTCCACCCGGTGCGCCGGCAGTGGTGCCCATCTTC  77
             ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  480   ATGGTGACAACAACCACGCCAACGCC---ACCCGGTGCGCCGGCAGTGGTGCCCATCTTC  536

Query  78    GACGTTGTCTATCAACTGAATCCGCACGTGTTTAGAAGTCGCTTTTCCAGGAGGAATCGC  137
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  537   GACGTTGTCTATCAACTGAATCCGCACGTGTTTAGAAGTCGCTTTTCCAGGAGGAATCGC  596

Query  138   GCCAGGCGTGTTGTGAGCAGCAAGTCACGCTCAATAATTCGGTGGCTTGGGTATCTTACG  197
             ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  597   GCCAGGCGTGTTGCGAGCAGCAAGTCACGCTCGATAATTCGGTGGCTTGGGTATCTTACG  656

Query  198   GTGCTCGCTGCCGTCATTTTGCTAGGAGCGTATGCAGTAAGGCGTCTATCGCGCGATCTG  257
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct  657   GTGCTCGCTGCCGTCATTTTGCTAGGAGCGTATGCAGTAAGGCGTGTATCGCGCGATCTG  716

Query  258   TCCGACTCAGTGCGGGAAACACGGCGAGGCAGGAGAATTACAGGCAGCGTACCTCCCGGG  317
             ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  717   TCCGACTCAGTGCGGGAAACACGACGAGGCAGGAGAATTACAGGCAGCGTACCTCCCGGG  776

Query  318   ACTACCCGTCCCCGTTCAGAGTCTTGTACTGGCACACAAGTGGACGGCGGCTGCGGCGCT  377
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  777   ACTACCCGTCCCCGTTCAGAGTCTTGTACTGGCACACAAGTGGACGGCGGCTGCGGCGCT  836

Query  378   GACACGTCAACCGATGGAAAGTCTGAGAGTGAAGAGACCGAAAACGGGGAGGACTCACGC  437
             ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  837   GACACGTCAACCGATGGAAAGTCTGAGAGTGAACAGACCGAAAACGGGGAGGACTCACGC  896

Query  438   TTTTCCACCCGGACCCCTATTCATGTTTCTGCATCGACTTCCCCATTCGCGACGCGCAAG  497
             ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  897   TTTTCCACCCGGACCCCTATTCATGTCACTGCATCGACTTCCCCATTCGCGACGCGCAAG  956

Query  498   GCGGCGGAAGAACGCTCTTCGAGTCCGAGAGACAGAAAAGTTCCGGAGGGTGCCCAACTC  557
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  957   GCGGCGGAAGAACGCTCTTCGAGTCCGAGAGACAGAAAAGTTCCGGAGGGTGCCCAACTC  1016

Query  558   CCCACGTCGTCGACACCTCATGCACAAAGAAAGGACTCAGGTAGTGATAGCCGGAACCCA  617
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1017  CCCACGTCGTCGACACCTCATGCACAAAGAAAGGACTCAGGTAGTGATAGCCGGAACCCA  1076

Query  618   TCTACACTCATACCTTCACCAGGTACCAACACGTTTAACATGAACTTTTATATTATCGGA  677
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1077  TCTACACTCATACCTTCACCAGGTACCAACACGTTTAACATGAACTTTTATATTATCGGA  1136

Query  678   GCAGGCTCTTCAGCGCTCGATTTTATTTTCCCGCACACTCCGGATGCTCAGGCTACAGTC  737
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1137  GCAGGCTCTTCAGCGCTCGATTTTATTTTCCCGCACACTCCGGATGCTCAGGCTACAGTC  1196

Query  738   GTCTCCCCCCCCCGCAGCGCGGCGGCCGCACCAACTGTCGAAACAGTTCCAAGGGTTCGC  797
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1197  GTCTCCCCCCCCCGCAGCGCGGCGGCCGCACCAACTGTCGAAACAGTTCCAAGGGTTCGC  1256

Query  798   ACTTACTCGACACCAACAACATTAACCCTACCAACGGCACCAGCGACCGCCACTAGCAAC  857
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1257  ACTTACTCGACACCAACAACATTAACCCTACCAACGGCACCAGCGACCGCCACTAGCAAC  1316

Query  858   CACATGCATGCCTCAGCGACTCCCTCGCCACCGGAACGTCCTCAAAACTTCCGTGGGGGA  917
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1317  CACATGCATGCCTCAGCGACTCCCTCGCCACCGGAACGTCCTCAAAACTTCCGTGGGGGA  1376

Query  918   CTCATGCGGCAAAACGGCATGGTTGAGGGGACATCGTTAACAACTACCGAGGCTGGGATG  977
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct  1377  CTCATGCGGCAAAACGGCATGGTTGAGGGGACATCGTTAACGACTACCGAGGCTGGGATG  1436

Query  978   CCAGCGCCGTTACAAAGCCCTCAACACATTGAGACGGAGGCGAGGTTAACGTACTCAAAT  1037
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1437  CCAGCGCCGTTACAAAGCCCTCAACACATTGAGACGGAGGCGAGGTTAACGTACTCAAAT  1496

Query  1038  CATCTCAAGAGCCCGCATACACCAGAAACTCCAACTGTCCACTCAATAGACCCCGTTGTC  1097
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1497  CATCTCAAGAGCCCGCATACACCAGAAACTCCAACTGTCCACTCAATAGACCCCGTTGTC  1556

Query  1098  GGCACCAGTGGCCATTCCGTAGCGGTGGGATCGCAGTCTCCAGCTGGTGGACCTCCTACA  1157
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct  1557  GGCACCAGTGGCCATTCCGTAGCGGTGGGATCGCAGTCTCCAGCCGGTGGACCTCCTACA  1616

Query  1158  GATAGCCGCACCCCAGCGGCACTGACTCCCACAAGTTCTTCTTTCTCACATGCAGATTCT  1217
             |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1617  GATAGCCGCACCCCAGCGGCACTGACCCCCACAAGTTCTTCTTTCTCACATGCAGATTCT  1676

Query  1218  CTTGAAACCTCTGAGCATCCGCAAAGTGGACCGTCGCTTCATCCATTAATCTCTGGGATA  1277
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct  1677  CTTGAAACCTCTGAGCATCCGCAAAGTGGACCGTCGCTTCATCCATTAATCTCCGGGATA  1736

Query  1278  CAAGATGCCGTGCAAAGCCAACTTCCACTATCACGACAGGAGACTCTCCCTGTGGTAGAA  1337
             |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1737  CAAGATGCCGTGCAAAGCCAACTTCCACTATCACAACAGGAGACTCTCCCTGTGGTAGAA  1796

Query  1338  AATGCGACTTTCTTCGGGCCGCAACAGACTCCACCGTGGATGGACGAAACTGCAGCTGCT  1397
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1797  AATGCGACTTTCTTCGGGCCGCAACAGACTCCACCGTGGATGGACGAAACTGCAGCTGCT  1856

Query  1398  GCAATTCCACTCGCTCCCTCACAACCAGGGTCACGTACACAACCCATCTCGTCTCCGCAT  1457
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1857  GCAATTCCACTCGCTCCCTCACAACCAGGGTCACGTACACAACCCATCTCGTCTCCGCAT  1916

Query  1458  ACTCTACTTCCCCTTAGTGGCGGTGTGTCAGCTGTGCCAGGACCACCCAGAACAGAAAAC  1517
             ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1917  ACTCTACTTTCCCGTAGCGGCGGTGTGTCAGCTGTGCCAGGACCACCCAGAACAGAAAAC  1976

Query  1518  CCTCGGCAGCCACAAGTTCCAGGCGAAAACTCTTACTACTCTGTACCAACTGAGC  1572
             |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1977  CCTCGGCAACCACAAGTTCCAGGCGAAAACTCTTACTACTCTGTACCAACTGAGC  2031


Score =  185 bits (204),  Expect = 1e-42
Identities = 104/105 (99%), Gaps = 0/105 (0%)
Strand=Plus/Plus

Query  1822  AGCGGACGATCTCTGATCCAGGTCCCCAAAGGGCGGGTGCGACTCAGGCTGATGGTATCG  1881
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct  2029  AGCGGACGATCTCTGATCCAGGTCCCCAAAGGGCGGGTGCGGCTCAGGCTGATGGTATCG  2088

Query  1882  GGGCTGGAGGCCCACGGGACACACAATCAGCGGTAACTCCATGAC  1926
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2089  GGGCTGGAGGCCCACGGGACACACAATCAGCGGTAACTCCATGAC  2133
回复此楼
一切皆有可能
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

相关版块跳转 我要订阅楼主 无踪无影 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见