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593318518

新虫 (小有名气)

[求助] 载体酶切连接

这个问题已经要把握折磨死了,已经第四次失败了....
载体5.4Kb, 使用XhoI酶切(50ul 体系,5ul 酶,3ug DNA, 5小时 37度,NEB 新购的酶),插入片段大小为1k。最初我使用1%的gel来cut片段,后来怕线性的未切割的和supercoil不能分离冲锋而造成割胶时候的误差后来换成0.6%的gel。我特意使用从gel上割下的载体直接电转移TOP 10 Electrocompetent cell, 来验证载体是否酶切完全。神啊,每次都是超多的克隆。结果我的载体酶连control自然也是很多克隆。我特意还将酶连产物进行了跑胶,只有两条带:载体和插入物。我也跑了载体切割前后的样品,线性载体快于supercoil,但蛮近。而且线性载体那条lane只有一条带,所以应该没有污染啊。
烦死了,求助啊...即使告诉我怎么让supercoil和线性载体跑的很开的办法也好。
顺便说下我的载体无论是用CIP还是antarctic phosphatase都试过

[ Last edited by 593318518 on 2012-5-3 at 09:17 ]
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-05-03 13:50:26
单酶切载体回收后转化感受态验证是否酶切完全,意义不大,细胞都有修复功能,转化后可以重新环化的。个人认为载体想要酶切完全,可以每个酶切体系少加载体量(ug级以下),酶切时间长点更好。
另外不知道你去磷酸化是怎么做的?
另外没连上,酶连体系也很重要。
Thank-you,so-blue.
3楼2012-05-03 11:07:13
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查看全部 10 个回答

hyacinth326

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-03 13:50:11
593318518: 金币+10 2012-05-08 09:21:14
为什么是电转啊?电转的话,线性的也能进入细胞啊,而这些感受态细胞都是经过改造的,可能会修复一些质粒,这样长菌落很正常啊,而且线性条带应该比超螺旋的慢才对啊
2楼2012-05-03 09:17:43
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593318518

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hyacinth326 at 2012-05-03 09:17:43:
为什么是电转啊?电转的话,线性的也能进入细胞啊,而这些感受态细胞都是经过改造的,可能会修复一些质粒,这样长菌落很正常啊,而且线性条带应该比超螺旋的慢才对啊

电转比较快,不需要等吗,呵呵
4楼2012-05-03 21:57:56
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593318518

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by susizheng at 2012-05-03 11:07:13:
单酶切载体回收后转化感受态验证是否酶切完全,意义不大,细胞都有修复功能,转化后可以重新环化的。个人认为载体想要酶切完全,可以每个酶切体系少加载体量(ug级以下),酶切时间长点更好。
另外不知道你去磷酸 ...

按照他的酶的质量标准1U1h可以完全切割1ugDNA了,我的都几百U了。去磷酸化使用CIP的时候是跟酶切一道的,1ul。用antarctic phosphatase是酶切完加了它的buffer后再加1ul酶。T4连接是在RT下1h,够长吧。16度过夜也试过。而且我的T4是高浓度的,全都是新的...
5楼2012-05-03 22:03:09
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