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emma立夏

铁虫 (初入文坛)

[求助] 双酶切连TA后切不开

各位大侠,这里看~~~
一、我的目的片段已经与pMD-18Tsimple vector连接上之后,挑菌落pcr有目的条带呈阳性。
二、然后提质粒之后做双酶切。可是却切不开。用的是EcoR l 和Sal l两种酶,我做的是20ul体系,反应3h,37°c,水浴。
三、电泳结果,与未酶切的质粒条带做对比,条带跑到后面,EcoR l 单酶切了,但是Sal l与没有酶切组相同。
我考虑的问题:
因为我的pcr引物自加上了这两种酶切位点,但是当时没有考虑到保护碱基的特异性,都只是在酶切位点后加了一个A。是不是这个引物设计的时候出现问题了?
PS:酶活应该是没有问题的,因为用来切过实验室的其他载体,能切开的。
现在想要扩增这个片段,然后插入表达载体,但是一直切不开,很痛苦,做了一个多月了。大家请帮帮忙,八仙过海各显神通~~~本人不胜感激~!
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huguangdong

至尊木虫 (职业作家)

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你这个问题和保护碱基没关系,连接到T载体酶切效果比加保护碱基要好很多。PCR用的是TAQ酶吧?如果是,就直接做TA克隆,用的是哪个公司的酶?酶切效率也是问题,再就是看看水浴锅温度,用温度计测一下。还有你说你挑的菌落是阳性,用PCR来做验证是不可靠的,最可靠的是测序,别浪费时间和精力了。

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8楼2012-05-03 09:50:41
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普通回帖

nemo88

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★
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看天: 金币+3, 鼓励回答 2012-05-01 12:10:40
本帖内容被屏蔽

2楼2012-05-01 11:43:53
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emma立夏

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by nemo88 at 2012-05-01 11:43:53:
虽然不是太懂不过我想说下我的想法…
一是我觉着保护碱基在克隆到t载体后作用还会明显么…我一直理解保护碱基是直接酶切pcr产物时才需要考虑的,而且酶切效率跟网上提供的数据有出入,并没有那么绝对…
二是…你测 ...

你好,十分感谢你的回帖,酶确认是没有失效的,因为做过其他的质粒相同位点,可以切开的。没有测序,考虑到要是测序了。但是依旧切不开岂不是浪费了测序的钱~
3楼2012-05-01 14:01:12
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nemo88

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

4楼2012-05-01 15:22:26
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世外清风

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

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先测序看看吧,这样无谓的重复,不仅是对金钱的浪费,也浪费了最宝贵的时间和意志!PCR的假阳性率很高,不要太相信PCR,关键还是酶切,你可以用T载体上的酶切位点切切看,看是不是连入东西了!祝好运!

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5楼2012-05-02 08:23:32
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mhmtf

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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还有一种可能是酶切位点甲基化吧~~测序吧 测序结果拿回来一看就知道什么情况了~~
gdfh
6楼2012-05-02 10:40:58
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post_ngao

木虫 (正式写手)

科研宅

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这种情况必须果断测序,否则一直盲做更加费钱,还费时费力。时间才是最宝贵的,一切能够用钱解决的问题都不是问题。

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天命所归,各安其位
7楼2012-05-02 20:14:59
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duowan17

金虫 (正式写手)

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还是测序吧,看你所需的酶切位点是不是有碱基突变,导致其不可识别。salI有可能甲基化哦,也会导致你酶切切不开的!
9楼2012-05-03 12:33:27
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qianyr2008

铁虫 (初入文坛)

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以前也有遇到这样的问题,如果不是序列问题,可以试试抽提步骤做的更干净些,质粒的浓度也可以适当降低。只能说你试试看。
10楼2012-05-03 13:11:34
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