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emma立夏

铁虫 (初入文坛)

[求助] 双酶切连TA后切不开

各位大侠,这里看~~~
一、我的目的片段已经与pMD-18Tsimple vector连接上之后,挑菌落pcr有目的条带呈阳性。
二、然后提质粒之后做双酶切。可是却切不开。用的是EcoR l 和Sal l两种酶,我做的是20ul体系,反应3h,37°c,水浴。
三、电泳结果,与未酶切的质粒条带做对比,条带跑到后面,EcoR l 单酶切了,但是Sal l与没有酶切组相同。
我考虑的问题:
因为我的pcr引物自加上了这两种酶切位点,但是当时没有考虑到保护碱基的特异性,都只是在酶切位点后加了一个A。是不是这个引物设计的时候出现问题了?
PS:酶活应该是没有问题的,因为用来切过实验室的其他载体,能切开的。
现在想要扩增这个片段,然后插入表达载体,但是一直切不开,很痛苦,做了一个多月了。大家请帮帮忙,八仙过海各显神通~~~本人不胜感激~!
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huguangdong

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你这个问题和保护碱基没关系,连接到T载体酶切效果比加保护碱基要好很多。PCR用的是TAQ酶吧?如果是,就直接做TA克隆,用的是哪个公司的酶?酶切效率也是问题,再就是看看水浴锅温度,用温度计测一下。还有你说你挑的菌落是阳性,用PCR来做验证是不可靠的,最可靠的是测序,别浪费时间和精力了。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

8楼2012-05-03 09:50:41
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nemo88

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
看天: 金币+3, 鼓励回答 2012-05-01 12:10:40
本帖内容被屏蔽

2楼2012-05-01 11:43:53
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emma立夏

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by nemo88 at 2012-05-01 11:43:53:
虽然不是太懂不过我想说下我的想法…
一是我觉着保护碱基在克隆到t载体后作用还会明显么…我一直理解保护碱基是直接酶切pcr产物时才需要考虑的,而且酶切效率跟网上提供的数据有出入,并没有那么绝对…
二是…你测 ...

你好,十分感谢你的回帖,酶确认是没有失效的,因为做过其他的质粒相同位点,可以切开的。没有测序,考虑到要是测序了。但是依旧切不开岂不是浪费了测序的钱~
3楼2012-05-01 14:01:12
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nemo88

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

4楼2012-05-01 15:22:26
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