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biowandy

木虫 (正式写手)


[交流] 关于变性条件下his-tag重组融合蛋白不结合镍柱以及部分结合镍柱情况

最近做包涵体比较多,总体还好,但是遇到二个很棘手的问题:
1:有些蛋白就算加了2-ME,在8M尿素中一点都不结合镍柱
2:有些蛋白部分挂镍柱,FT总是很多。

请各位在交流之前先看好下面的条件:
1,我们一次处理12个蛋白,有的是ok的,有的不挂,或者部分挂,因此排除什么pH,buffer,离子强度的问题,因为如果是这个问题,那就是都不挂,或者都部分挂。 当然大家不用说是蛋白需要不同buffer,如果你要 说这个因素,那我请问你,你每次做镍柱亲和会用不同buffer吗,有区别吗? 何况不管invotrogen还是novagen的标准protocol也是一个buffer,没搞得花里胡哨的。这个版里面提这个问题的很多,很多都是更换过buffer,绝对是无效的,我们自己也做过这方面的试验,没结果,因此buffer不是问题,我们是变性纯化。

2,我们具体就是在洗涤包涵体后,用8M尿素溶解,同时加入10mM 2-me,在这里强调下,包涵体洗涤不是大问题,溶解不是大问题,我们基本都能溶解出来,电泳分析的结果。

3,我们binding buffer没有加任何咪唑,没有edta,刚开始加入的b-me在上柱子前我们处理了,不会对镍柱用影像,同时his-tag在N端,因此排除提前终止的可能。

4,我们实验室纯化了快1000个蛋白了,因此低级的错误在我们这里是不会的。我们每次试验时重复的,因此不用怀疑我们手法问题,要不然不会做这么多。

科研有不确定因素,但是不是毫无规律可循,因此请大家结合自身经验来讨论这个问题,而不是东一锄头,西一板斧的瞎提。请看清楚我们做过的努力再交流。谢谢!

[ Last edited by biowandy on 2012-4-16 at 12:48 ]
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biowandy

木虫 (正式写手)


最近实验显示,我们之前怀疑的很多不挂的,有一部分不是不挂,而是挂上了没洗下来,这就很奇怪了,在尿素存在情况下,上柱子,洗脱,为啥还有不下来的,洗脱条件有尿素加上咪唑,也有ph加尿素,但是后者效果不如前者,虽然qiagen的protocol说这样很好。   

有一点,我们用的是国产的介质, 不知道和这个有没有关系?  


另外有部分确实是死活不挂,  对此结合一些文章和我们的试验,  在尿素存在下, 包涵体虽然溶解了,但是结构未必是一样的, 对于那些蛋白经过柱子后,有不挂的,有挂了洗下来的, 也有不下来的,  我想这三者应该结构不同。
12楼2012-05-24 12:48:25
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biowandy

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+5, BioEPI+1, 抛砖引玉 2012-04-17 13:06:45
我自己先提点意见,我们查阅大量资料,国内国外都有,有的认为是个死结。不用去理这个问题 。

但是我想,这是个很奇怪的问题,
第一,对于部分结合的蛋白很不理解,都是变性条件,为啥挂不到,如果是his不暴露,但是为啥有的暴露了?别忘了这是变性条件,没有理由不露出来,而且之前用2-me处理过的,二硫键不是问题。
第二,国外国内有部分认做过实验说不挂但是WB有结果,这说明his还在上面的,这点从部分挂的可以看出来,如果没有his,就不会部分挂了。
第三,我们之前有个蛋白,可溶挂,但是他的包涵体部分挂的不明显。这是很奇怪的事情。
我们认为这个蛋白是有his的,但是不知道什么原因(肯定是自身结构很独特)导致his不完全暴露,那就有一个问题,什么结构能扛得住还原剂和8M尿素。

就当抛砖引玉吧,欢迎大家来拍啊
2楼2012-04-16 12:55:46
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ynkuaile

木虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
biowandy: 金币+1, 谢谢参与,这种情况应该不可能,因为我洗脱的时候有8M尿素加上250mM咪唑,你觉得蛋白能扛得住? 2012-04-17 08:29:31
silicare: 金币+2 2012-04-17 13:07:20
楼主有没有给柱材料检测或跑胶看看,确定柱材料上没有结合蛋白。楼主用什么浓度咪唑洗脱的,个人觉得结合不上可能性小,没洗脱下来可能性大。
3楼2012-04-16 16:18:17
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biowandy

木虫 (正式写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by ynkuaile at 2012-04-16 16:18:17:
楼主有没有给柱材料检测或跑胶看看,确定柱材料上没有结合蛋白。楼主用什么浓度咪唑洗脱的,个人觉得结合不上可能性小,没洗脱下来可能性大。

在变性条件下250mM足够把蛋白洗脱下来,,而且蛋白不可能沉淀在柱子上,因为8M尿素,我之所以判断不挂,是因为流传大量大量的目的蛋白
4楼2012-04-17 08:34:07
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