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wangyan10铁杆木虫 (正式写手)
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分子对接后小分子配体利用AntechAmber构建力场的问题
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想请教一个问题。现在手中有一个体系，用DS2.5中的Flexible Docking做的分子对接，之后打算用AMBER对这个complex进行分子动力学模拟。小分子配体需要自己利用AntechAmber构建力场。在论坛上面也看到了那个讲构建小分子力场的教程。问题来了，构建力场的小分子是要从我那个对接结果的complex中抽取还是可以直接从小分子数据库中提取？自己也试着从对接结果的complex中抽取小分子来按照教程上顺序去操作，可是总会遇到各种各样的问题。现在想能不能直接down一个我研究的那个小分子配体来直接构建力场？急切盼望高手解答！谢谢各位！ |
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2楼2012-03-14 04:02:52
