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苏拉的世界

金虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木(金币+3, MolEPI+1): 很有用 2012-03-14 11:14:24

"我有引物的合成单，还有一段模板序列，但是不知道这个引物是不是以那个模板设计出来的，有没有什么办法可以检测下我的引物和模板能不能配对上啊，primer5.0可以吗？还望各位告知！"关于楼主的这个问题你可以使用DNAMAN来解决自己找一下就是了，关于PCR扩增不出来你可以设置温度梯度从42到55不等，另外你也可以在前面加一个37度循环，另外呢，你可以用DNAMAN看一下你的引物，配对多吗，看一下是不是特别容易形成二聚体，根据这个你再做调整

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关关雎鸠，在河之洲

3楼2012-03-14 09:10:15

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xuzhu598(金币+20): ★★★★★最佳答案 2012-03-14 20:28:50
西瓜(金币+3, MolEPI+1): 很热心哈 2012-03-14 22:19:24

不要急，我慢慢回答你的问题：
1.模板长度为：751bp
2.S1-4 GGCTCCCGCAAGTTAT 位于模板正链100-115bp区段(16bp)；tm47℃
A1 CCACCCACCCATACACT位于模板互补链320-336区段（17bp）49.7℃
A2 CCACGCTTCACCCTACC位于模板互补链582-598区段(17bp) tm51.7℃
A3 ACTGTCTGCCCACTCAC位于模板互补链562-578(17bp)50℃
A4 GAGCACCGTTCCATACC位于模板互补链729-745(17bp)49.4℃
就是说S1为正向引物F,其余为反向引物R.都能配对上。
3.以S1-4与A1为例，其TM值为47.6与49.7，有cross dimer但是能值很低，因该无影响，建议你降低退火温度至42-45度左右PCR。
4.引物较短，不知道是不是实验设计的特殊要求。
5.以上数据来源于primer 6，vectorNTI 10分析，这些软件就能解决你的问题，要毕业时实验还很忙一定要淡定，认真分析原因。
6.祝实验顺利，早日毕业。

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xuzhu598

4楼2012-03-14 12:16:30

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