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oceanworld

木虫 (小有名气)

[求助] BAC文库连接转化

请问一下,做BAC文库构建时,为什么大片段超过100K的总是连不上去呢,转化后经NotI酶切检测,片段大小都在30k左右,按照说明书上的步骤进行的连接,可是为什么大片段总是连不上呢?求各位帮忙!!!!谢谢
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

oceanworld(金币+2): 2011-11-04 10:34:21
不知你的目的片段是否大小差不多,要是混在一起连接肯定小片段占优势,另外可以尝试连接时间延长,中间补加几次连接酶
人生百态原为海,看破红尘方为岸!
2楼2011-11-03 11:55:05
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献

【答案】应助回帖

oceanworld(金币+2): 2011-11-04 10:34:17
你的片段怎么制备的?为何30kb-100kb差这么多?可以试试用PCR仪不同温度交替这样连接。可以查查 赵茂林 的文章,他们课题组做过几个类似的项目,也发表了一些方法学文章,希望对你有帮助。
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
3楼2011-11-03 13:36:58
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oceanworld

木虫 (小有名气)

我割胶的时候割的是100-150kb的片段,可是连上去的却是30kb左右,连接过夜也不行啊?不知道是哪一步出问题了?
4楼2011-11-04 10:34:08
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

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【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by oceanworld at 2011-11-04 10:34:08:
我割胶的时候割的是100-150kb的片段,可是连上去的却是30kb左右,连接过夜也不行啊?不知道是哪一步出问题了?

你用胶回收的办法获取的100kb的片段? 不知道你是用试剂盒回收的还是类似脉冲场电泳透析袋方法回收的,还是用凝胶酶酶解凝胶后回收的。。。

你在回帖的时候可以引用我的回帖,这样便于我看到后跟进。
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
5楼2011-11-04 11:26:37
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oceanworld

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by brightfuture01 at 2011-11-04 11:26:37:
你用胶回收的办法获取的100kb的片段? 不知道你是用试剂盒回收的还是类似脉冲场电泳透析袋方法回收的,还是用凝胶酶酶解凝胶后回收的。。。

你在回帖的时候可以引用我的回帖,这样便于我看到后跟进。

我是利用普通电泳透析袋的方法回收的!回收后检测过浓度,约3ng/ul!
6楼2011-11-05 08:50:32
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

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【答案】应助回帖

oceanworld(金币+2): 2011-11-05 17:15:08
看样子你是在普通凝胶电泳上分离的30-150kb的DNA了,不知道你看过些什么文献是这样做的。普通的凝胶电泳分不开的,所以你回收的DNA里面含有大量的小片段,这些小片段在连接的时候需要的能量少,能优先连接上,所以你连进去的全是小片段。
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
7楼2011-11-05 12:30:14
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oceanworld

木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by brightfuture01 at 2011-11-05 12:30:14:
看样子你是在普通凝胶电泳上分离的30-150kb的DNA了,不知道你看过些什么文献是这样做的。普通的凝胶电泳分不开的,所以你回收的DNA里面含有大量的小片段,这些小片段在连接的时候需要的能量少,能优先连接 ...

您好,非常感谢您的解答!您的意思是在电洗脱回收DNA的过程中应该用脉冲电泳回收而不是在普通凝胶电泳上回收是吗?可是我看到的文献上这样写的“将透析袋浸泡于装有0.5 × TBE缓冲液的水平电泳槽中,用载玻片压住透析袋夹防止透析过程中透析袋的移动,同时使胶块的长度方向和电极平行,使电流透过透析袋,用4.5v/cm的电场强度于4℃洗脱3h;”请问这样做真的不行吗?
8楼2011-11-05 17:26:26
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

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【答案】应助回帖

oceanworld(金币+2): 2011-11-05 22:25:20
不是回收的问题,是分离的问题。平常的凝胶电泳区分不开30-150kb的片段,而脉冲场凝胶电泳可以分开。电洗脱回收最好也能在低温下进行,脉冲场电泳有制冷系统,可以让buffer保持在一个恒定的低温。
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
9楼2011-11-05 20:56:02
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liuzhan2705

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by brightfuture01 at 2011-11-05 20:56:02:
不是回收的问题,是分离的问题。平常的凝胶电泳区分不开30-150kb的片段,而脉冲场凝胶电泳可以分开。电洗脱回收最好也能在低温下进行,脉冲场电泳有制冷系统,可以让buffer保持在一个恒定的低温。

您好!想向您请教一下脉冲场电泳的问题,我现在在做脉冲场电泳,可是自己做的胶块每次都切不开?条带要么在孔里,要么整个通道都是拖尾现象~请问这是怎么回事?在制作过程中有什么特别注意事项吗、?不胜感激~
10楼2011-12-19 20:05:37
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