版块导航: 正在加载中...

客户端APP下载

论文辅导

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

本帖产生 9 个模拟EPI ，点击这里进行查看

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

奋斗1s

金虫 (正式写手)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 1256.1
帖子: 415
在线: 106.7小时
虫号: 980571

[交流] 分子模拟时间越长越好吗？

如题，在对蛋白质做分子动力学模拟的时候，我用Gromacs先进行了3ns的MD运算，然后又进行了2ns，对接结果发现后者不如前者，但通过蛋白质评价发现后者的各项指标要好一些，请各位高手讨论一下MD多长时间比较好呢？

回复此楼

» 收录本帖的淘贴专辑推荐

分子模拟	模型 - 模拟 - 统计 - 热力学	MDs-Gromacs	计算
gromacs	蛋白模拟与改造	分子模拟	精华帖转载
分子模拟	PBS作业排队系统	计算化学	分子动力学模拟

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

ChemiAndy

» 猜你喜欢

F03青年基金函评结果已经有3人回复
刚刚收到科研之友邮件已经有11人回复
药学硕士找不到工作，打算去做科研助理了已经有22人回复
这个博士要读吗已经有23人回复
2025年博士申请，可先做科研助理已经有6人回复
工材口青年基金上会可能性已经有7人回复
豫北虫友互识已经有11人回复
有机化学迷茫学生已经有5人回复
累并快乐着已经有20人回复
高校两个offer选择已经有14人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

对接的分子用于分子动力学模拟的问题已经有12人回复
分子模拟中MSD的问题讨论已经有25人回复
扩散系数的计算及体系平衡的判断已经有4人回复
分子动力学的时间已经有9人回复
怎样看gromacs模拟后的小分子和蛋白质之间的相互作用的残基和氢键？已经有14人回复
gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能已经有12人回复
LAMMPS中ReaxFF力场是怎么回事？已经有17人回复
蛋白质构象模拟已经有12人回复
关于材料的热力学稳定性结构稳定性已经有16人回复
金属功函数的测量方法有几种已经有5人回复
什么动力学模拟软件可以模拟化学反应过程已经有13人回复
如何评价误差和变化？已经有10人回复
做离子液体的分子模拟，用哪个分子模拟的软件好呢？已经有3人回复
gromacs 中g_msd问题已经有8人回复
有没有人用Amber做过膜蛋白动力学模拟已经有14人回复
生测数据的标准差大于平均值，怎么办？已经有7人回复
AMBER中qm/mm的问题已经有5人回复
【讨论】分子模拟还是同源建模已经有16人回复
【求助】msd算法已经有10人回复
【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？已经有5人回复
【求助】关于用分子动力学来做光谱的问题已经有14人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:
查看全部散金贴

1楼2011-06-30 16:00:04

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

★
奋斗1s(金币+1):谢谢参与
奋斗1s(金币+5): 2011-07-01 08:07:24

引用回帖:

Originally posted by 奋斗1s at 2011-06-30 16:00:04:
如题，在对蛋白质做分子动力学模拟的时候，我用Gromacs先进行了3ns的MD运算，然后又进行了2ns，对接结果发现后者不如前者，但通过蛋白质评价发现后者的各项指标要好一些，请各位高手讨论一下MD多长时间比较好呢？

“对接结果发现后者不如前者”

如何判断结果的好与坏呢？难道模拟的结果是我们主观预期的就是好的，否则就不是好的？

比如说你从两个不同的初始构象出发，运行相同时间的MD，一个观测到对接，而另一个没有对接。那么，你的结论是第一个模拟比第二个结果要好？

赞一下(1人)