| 查看: 15763 | 回复: 44 | |||||||||||||||
| 本帖产生 9 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | |||||||||||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||||||||||||
[交流]
分子模拟时间越长越好吗？
|
|||||||||||||||
| 如题，在对蛋白质做分子动力学模拟的时候，我用Gromacs先进行了3ns的MD运算，然后又进行了2ns，对接结果发现后者不如前者，但通过蛋白质评价发现后者的各项指标要好一些，请各位高手讨论一下MD多长时间比较好呢？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子模拟 | 模型 - 模拟 - 统计 - 热力学 | MDs-Gromacs | 计算 |
| gromacs | 蛋白模拟与改造 | 分子模拟 | 精华帖转载 |
| 分子模拟 | PBS作业排队系统 | 计算化学 | 分子动力学模拟 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
ChemiAndy» 猜你喜欢
不自信的我
已经有5人回复
-
磺酰氟产物，毕不了业了！
已经有4人回复
-
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有16人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 对接的分子用于分子动力学模拟的问题
已经有12人回复
- 分子模拟中MSD的问题讨论
已经有25人回复
- 扩散系数的计算及体系平衡的判断
已经有4人回复
- 分子动力学的时间
已经有9人回复
- gromacs结果分析怎样分析氢键能和结合能
已经有12人回复
- LAMMPS中ReaxFF力场是怎么回事？
已经有17人回复
- 蛋白质构象模拟
已经有12人回复
- 关于材料的热力学稳定性 结构稳定性
已经有16人回复
- 金属功函数的测量方法有几种
已经有5人回复
- 什么动力学模拟软件可以模拟化学反应过程
已经有13人回复
- 如何评价误差和变化？
已经有10人回复
- 做离子液体的分子模拟，用哪个分子模拟的软件好呢？
已经有3人回复
- gromacs 中g_msd问题
已经有8人回复
- 有没有人用Amber做过膜蛋白动力学模拟
已经有14人回复
- 生测数据的标准差大于平均值，怎么办？
已经有7人回复
- AMBER中qm/mm的问题
已经有5人回复
- 【讨论】分子模拟还是同源建模
已经有16人回复
- 【求助】msd算法
已经有10人回复
- 【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？
已经有5人回复
- 【求助】关于用分子动力学来做光谱的问题
已经有14人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
上海交通大学医学院王戈林课题组招聘博士后和助理研究员
+1/270
-
16年了，来看看大家
+1/200
-
内蒙古大学能源材料化学研究院招聘2026年博士生
+1/76
-
希望你在这里
+1/64
-
中国科学院深海所 招收2026秋入学博士生1名 申请-考核制
+1/43
-
中国地质大学（北京）王琳课题组招收2026年硕转博/申请-考核博士研究生-1月8日截止
+1/32
-
杨老师招收联合培养硕士、博士生或客座学生
+1/21
-
南京工业大学招收2026年全日制学术博士（供热、供燃气通风与空调）
+1/14
-
博士/硕士招生
+1/10
-
国家“双一流”建设高校-2026南京林业大学中比联合实验室博士招生（申请制）
+1/8
-
【博士后/科研助理招聘-北京理工大学-集成电路与电子学院-国家杰青团队】
+1/6
-
乙酸乙酯如何除丙烯酸甲酯
+1/5
-
华南理工大学王志仁课题组诚招博士后、博士研究生
+1/5
-
中国科学院苏州纳米所院士团队博士后岗位招聘
+1/4
-
长春工业大学机电工程学院韩玲教授招收审核制2026年秋季入学博士生
+1/3
-
华南理工大学王志仁课题组诚招博士后、博士研究生
+1/3
-
中国科学院苏州纳米所院士团队博士后岗位招聘
+1/2
-
上海理工大学 生物医学工程专业 招收2026年全日制博士生一名
+1/1
-
理论计算，可代算，可合作，欢迎交流
+1/1
-
抗体制剂「隐形杀手」：如何用 QCM-D 实时捕捉亚可见颗粒的形成？
+1/1
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
奋斗1s(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+10, 模拟EPI+1): 非常感谢 2011-07-05 12:47:28
奋斗1s(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+10, 模拟EPI+1): 非常感谢 2011-07-05 12:47:28
|
这里我要回答ChemiAndy版友的一个小疑问，并讲另外一个关于模拟时间的问题。 关于傅献彩的物化，我们本科时候学习的是另一本，比较偏向化工，习题很多是学校的老师们在做项目时遇到的问题。虽然公式没怎么详细推导，但是让我们觉得学了物化就能干很多事了。我的毕业后在化工设计院工作的同学们确实也是觉得受益匪浅。后来到了南大和山大考察，发现原来老师们虽然用傅献彩的书，但是并不按照书本教。能否把具体的熵焓等概念讲明白就看老师个人功力了。一般是可以的。这也和两校物化课时特别多有关。 做分子动力学模拟，是否模拟时间越长越好？如果计算的模型能够正确反映真实的体系，我觉得是时间越长越好。毕竟理论上，时间系综经过无穷长时间可以遍历相空间中每一个点。但是实际上我们都知道这是不可能的，而且有时候初条件会严重影响模拟的结果。第二点，比如要模拟binding过程或者steered MD，一条轨迹往往也不够。因为如C版友所言，事件的发生有几率性，而MD由于模拟的时间有限（真实世界中1s是很快的时间，但是全原子分子模拟中这几乎是不可能的任务），一条轨迹未必能在有限时间中观测到体系发生想要的变化。 但是还有一点需要注意，MD模拟两大基本问题一是抽样，另一个是力场。 目前的力场我们一般认为它们是行为很好的，可以反应生物大分子的性质。但是某些情况下，比如带电配体的binding，含金属的生物分子，传统的力场很可能不能很好的模拟。用传统力场模拟的话，短时间内体系跟XRD结构接近，但是长时间之后就会变成非自然的构象。比如上世纪90年代Kollman模拟了一个体系，只做了几百ps，但是后来的研究发现这个体系用AMBER力场来做的话在4ns之后会变成非自然构象。这是因为固有的力场中能量最小点不是天然产物的能量最小点。这方面的工作比如 http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja807374x 揭示了用传统的力场本质上是不能正确模拟的，遑论抽样了。 |
26楼2011-07-05 12:37:12