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奋斗1s

金虫 (正式写手)

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虫号: 980571

[交流] 分子模拟时间越长越好吗？

如题，在对蛋白质做分子动力学模拟的时候，我用Gromacs先进行了3ns的MD运算，然后又进行了2ns，对接结果发现后者不如前者，但通过蛋白质评价发现后者的各项指标要好一些，请各位高手讨论一下MD多长时间比较好呢？

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分子模拟	模型 - 模拟 - 统计 - 热力学	MDs-Gromacs	计算
gromacs	蛋白模拟与改造	分子模拟	精华帖转载
分子模拟	PBS作业排队系统	计算化学	分子动力学模拟

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ChemiAndy

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1楼2011-06-30 16:00:04

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magicmonk

至尊木虫 (著名写手)

应助: 172 (高中生)
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帖子: 1124
在线: 3108.8小时
虫号: 1191315

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引用回帖:

8楼: Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-01 02:24:58
平衡态模拟的时间长度取决于所感兴趣的性质的弛豫周期。获得感兴趣性质的的统计平均值，需要在不同的弛豫周期采样3-10次。比如，键的振动，振动一次10fs算一个周期，你需要采样至少50fs。分子扩散的数量级在ns，中等 ...

请问第三种方法有无软件或代码可以实现？

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