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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

[交流] BL21(DE3)表达脂肪酶重组质粒,将菌体颜色偏白是是怎么回事已有4人参与

最近构建了两个脂肪酶重组质粒,分别转入BL21(DE3)中表达,诱导前菌体颜色一样,加入终浓度0.1mM IPTG 15℃诱导24h后,离心菌体,其中一个的菌体颜色为正常的大肠杆菌色(颜色略偏淡黄些),而另一个菌体就偏白色了,破碎后不是那种呈澄清状,而是有点呈乳白色,离心后沉淀比另一个多。这个质粒已经这样摇过好几次了,结果都是一样,这次是重新连接后再转了一次新买的BL21。两只里同源性很高,跑过蛋白电泳,可溶性蛋白量差不多的。另外也排除染菌的可能了。请各位高手分析下什么原因。谢谢
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人生百态原为海,看破红尘方为岸!
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by original900 at 2011-07-21 15:16:02:
请问楼主构建的两个脂肪酶重组质粒,这两个质粒中的脂肪酶基因是从什么菌株中获取的,有什么特殊性质吗?我也在构建脂肪酶基因工程菌,所以有此一问!

我的脂肪酶基因都是来自环境土壤宏基因组中的,现在它的酶学性质快表征完了,有一些独特的性质。
人生百态原为海,看破红尘方为岸!
5楼2011-07-21 15:28:13
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
看天(金币+3): 鼓励一下 求助反而应助 2011-12-21 12:42:53
引用回帖:
7楼: Originally posted by bmby at 2011-11-04 17:49:34:
从环境土壤宏基因组中克隆的话,是先建文库筛选吗?
你是怎样设计克隆引物的?
最近也在做这个,希望能向你学习下。

我是先建Fosmid文库,然后直接功能筛选获得阳性克隆,这样直接获得全长基因。
不知你所说的设计克隆引物是指什么?,是获得全长基因后设计全长基因两端的引物还是根据全长基因设计中间部分片段的引物?
人生百态原为海,看破红尘方为岸!
8楼2011-11-04 21:49:38
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by bmby at 2011-11-05 09:14:33:
是说设计全长基因两端的引物。
你应该是先测序,再根据序列设计引物吗?

是的,先测序后再设计全长引物,在引物两端加上酶切位点,扩增出我的目的基因后,然后去连接其他载体进行表达
人生百态原为海,看破红尘方为岸!
10楼2011-11-05 09:59:45
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
看天(金币+5, BioEPI+1): 鼓励交流 2011-12-21 12:43:24
引用回帖:
11楼: Originally posted by bmby at 2011-11-05 12:36:39:
扩增的基因如果和你测序序列不一样,需要突变回去吗?
你用的什么载体?可溶性蛋白量大吗?酶活呢?
大肠杆菌表达会形成难溶的蛋白或者无活性的包涵体,怎样避免这种问题?
是将脂肪酶基因突变改造一下吗,还 ...

你扩增基因的时候用高保真性好的酶几乎是不会突变的。我用PET21a表达的,BL21DE3,蛋白可溶性很大,还可以胞外分泌,酶活也很高的。其实与酶的本身性质关系比较大,有的很好表达,有的就很难表达,我有很多条与我这条已表达的同源性在60%以下,表达就全是包涵体,换酵母以及采用分子伴侣等方法也试过,几乎可溶性都很低的,我觉得突变的话也可以,前段时间做过易错PCR,但觉得效果不太明显
人生百态原为海,看破红尘方为岸!
12楼2011-11-05 13:48:53
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

祝实验顺利
人生百态原为海,看破红尘方为岸!
14楼2011-11-07 10:42:27
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

引用回帖:
15楼: Originally posted by bmby at 2011-12-19 10:16:11:
楼主在吗?
克隆出来的基因,怎样认定它是一个新型脂肪酶基因?
NCBI中无序列、没相关文章发表的可以肯定是新的,但是比对有80%左右的相似性可以认为是新的吗?或者说有没有具体的数值指标?

一般来说序列比对(蛋白)同源性低于90%的是被认为是新基因的,但也有其他的情况,你的酶同源性有点高或者之类的,但其它的酶学性质与现报道的具有就很大的不同或比他们都强很多,你也可以认为是个新酶,置于具体的数值指标好像是没有的吧
人生百态原为海,看破红尘方为岸!
16楼2011-12-19 14:31:46
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

引用回帖:
17楼: Originally posted by bmby at 2011-12-31 12:28:52:
楼主,我的实验又出状况了

我设计的引物以宏基因组DNA为模板扩增时得不到想要的序列。。
有其他较短的序列可以扩出,而且量很大,试过退火温度梯度,但是我的目的序列一直未出现。

紧急求助!!
我已经 ...

在这里扩增你的引物设计很重要的,你的引物是不是简并引物,兼并度要低些,而且要在靠近3端简并。应该来说稍微优化下PCR条件有可能扩出来的。我们我们一般60个宏基因组样品一次做,能有三分之一以上的p出来。可能你所要的目的基因在这里面占的量极低的话也比较难扩出来的,你可以试试提取之前将土壤富集下再提,或者把你的DNA浓缩下再试试吧。
人生百态原为海,看破红尘方为岸!
18楼2011-12-31 22:21:16
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