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bmby

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
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10楼: Originally posted by jinpeng_6118 at 2011-11-05 09:59:45:
是的,先测序后再设计全长引物,在引物两端加上酶切位点,扩增出我的目的基因后,然后去连接其他载体进行表达

扩增的基因如果和你测序序列不一样,需要突变回去吗?
你用的什么载体?可溶性蛋白量大吗?酶活呢?
大肠杆菌表达会形成难溶的蛋白或者无活性的包涵体,怎样避免这种问题?
是将脂肪酶基因突变改造一下吗,还是去除一些序列或加上一些辅助表达因子?
还有是不是来源于细菌的脂肪酶在大肠杆菌里比较容易分泌出来,而真核微生物脂肪酶在大肠杆菌里表达就特别容易形成包涵体?

我问题很多。。。
11楼2011-11-05 12:36:39
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
看天(金币+5, BioEPI+1): 鼓励交流 2011-12-21 12:43:24
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11楼: Originally posted by bmby at 2011-11-05 12:36:39:
扩增的基因如果和你测序序列不一样,需要突变回去吗?
你用的什么载体?可溶性蛋白量大吗?酶活呢?
大肠杆菌表达会形成难溶的蛋白或者无活性的包涵体,怎样避免这种问题?
是将脂肪酶基因突变改造一下吗,还 ...

你扩增基因的时候用高保真性好的酶几乎是不会突变的。我用PET21a表达的,BL21DE3,蛋白可溶性很大,还可以胞外分泌,酶活也很高的。其实与酶的本身性质关系比较大,有的很好表达,有的就很难表达,我有很多条与我这条已表达的同源性在60%以下,表达就全是包涵体,换酵母以及采用分子伴侣等方法也试过,几乎可溶性都很低的,我觉得突变的话也可以,前段时间做过易错PCR,但觉得效果不太明显
人生百态原为海,看破红尘方为岸!
12楼2011-11-05 13:48:53
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bmby

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
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12楼: Originally posted by jinpeng_6118 at 2011-11-05 13:48:53:
你扩增基因的时候用高保真性好的酶几乎是不会突变的。我用PET21a表达的,BL21DE3,蛋白可溶性很大,还可以胞外分泌,酶活也很高的。其实与酶的本身性质关系比较大,有的很好表达,有的就很难表达,我有很多条与我 ...

所以说在设计时可以尽量选择最佳方法,但到底可溶不可溶最终还是要看具体表达情况啊。
谢谢楼主!
以后有问题了再来讨教!
13楼2011-11-07 10:14:55
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

祝实验顺利
人生百态原为海,看破红尘方为岸!
14楼2011-11-07 10:42:27
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bmby

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
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14楼: Originally posted by jinpeng_6118 at 2011-11-07 10:42:27:
祝实验顺利

楼主在吗?
克隆出来的基因,怎样认定它是一个新型脂肪酶基因?
NCBI中无序列、没相关文章发表的可以肯定是新的,但是比对有80%左右的相似性可以认为是新的吗?或者说有没有具体的数值指标?
15楼2011-12-19 10:16:11
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

引用回帖:
15楼: Originally posted by bmby at 2011-12-19 10:16:11:
楼主在吗?
克隆出来的基因,怎样认定它是一个新型脂肪酶基因?
NCBI中无序列、没相关文章发表的可以肯定是新的,但是比对有80%左右的相似性可以认为是新的吗?或者说有没有具体的数值指标?

一般来说序列比对(蛋白)同源性低于90%的是被认为是新基因的,但也有其他的情况,你的酶同源性有点高或者之类的,但其它的酶学性质与现报道的具有就很大的不同或比他们都强很多,你也可以认为是个新酶,置于具体的数值指标好像是没有的吧
人生百态原为海,看破红尘方为岸!
16楼2011-12-19 14:31:46
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bmby

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
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10楼: Originally posted by jinpeng_6118 at 2011-11-05 09:59:45:
是的,先测序后再设计全长引物,在引物两端加上酶切位点,扩增出我的目的基因后,然后去连接其他载体进行表达

楼主,我的实验又出状况了

我设计的引物以宏基因组DNA为模板扩增时得不到想要的序列。。
有其他较短的序列可以扩出,而且量很大,试过退火温度梯度,但是我的目的序列一直未出现。

紧急求助!!
我已经被卡两个星期了!
17楼2011-12-31 12:28:52
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

引用回帖:
17楼: Originally posted by bmby at 2011-12-31 12:28:52:
楼主,我的实验又出状况了

我设计的引物以宏基因组DNA为模板扩增时得不到想要的序列。。
有其他较短的序列可以扩出,而且量很大,试过退火温度梯度,但是我的目的序列一直未出现。

紧急求助!!
我已经 ...

在这里扩增你的引物设计很重要的,你的引物是不是简并引物,兼并度要低些,而且要在靠近3端简并。应该来说稍微优化下PCR条件有可能扩出来的。我们我们一般60个宏基因组样品一次做,能有三分之一以上的p出来。可能你所要的目的基因在这里面占的量极低的话也比较难扩出来的,你可以试试提取之前将土壤富集下再提,或者把你的DNA浓缩下再试试吧。
人生百态原为海,看破红尘方为岸!
18楼2011-12-31 22:21:16
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