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pengxin8086

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】请教生物信息学方面的专家，一个进化树构建的问题？

各位高手，请问我如果知道一组蛋白质序列之间的相似性矩阵，怎么用mega或者phylip软件构建这组蛋白质的进化树？谢谢了！
如下面的这个例子，如果我知道9个不同物质ND5蛋白质序列的相似性矩阵（即距离矩阵），我怎么用MEGA或者PHYLIP软件中（NJ method or UPGMA method）来构建这个进化树。那位专家，如果曾经做过这方面的研究，可以交流一下。我看有好多的文献都用这个方法，但是由于自己没有系统的学习过这方面的知识，都是凭自己看资料或者书籍才慢慢了解的，所以对于这两个软件不是很了解。故在此请教各位高手，先谢谢了！


[ Last edited by pengxin8086 on 2011-4-11 at 22:18 ]
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1楼 2011-04-11 22:16:57
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linhengmi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wlwabcd at 2011-10-21 10:28:42:
你好，我最近也想做进化树分析，能不能也给我发一份这两个软件和说明书，邮箱：wlwabcd@163.com。我是个生手，刚接触此类分析。谢谢了！

我给你发过去了
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9楼2011-10-22 10:52:15
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xujian568

至尊木虫 (著名写手)
pengxin8086(金币+3): 谢谢了！我自己也在看PHYLIP相关的软件说明，但是有些地方一直跨不过去。 2011-04-12 09:36:52
虽然也不是很懂。给你一个网站。你可以参考。有部分介绍。
PHYLIP
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/phylip.html
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/neighbor.html
希望给你一些启示。
ps dnd格式文件貌似是这些数据的存放处，研究对比一下，说不定是有突破口的。算法这些有些复杂。

[ Last edited by xujian568 on 2011-4-12 at 01:16 ]
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3楼2011-04-12 01:13:00
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
一般不是用相似度文件建树吧，一般是用序列建树的，这些我想要建的话也是建距离树吧，也不太懂……
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6楼2011-04-12 10:31:26
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linhengmi

金虫 (小有名气)
pengxin8086(金币+20): 谢谢了！ 2011-04-12 19:24:28
不用客气 相互帮忙是应该的
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7楼2011-04-12 12:28:54
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