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erlei

木虫 (正式写手)

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[求助] 求助有关生物信息学的

本人刚接触生物信息学软件，现在老师让我从线粒体基因组全序列中将所有单个的编码基因析出，一个一个的析出太慢了，时间不够，老师自己对这块不懂，让我自己弄，我没学过，希望有人可以指点帮忙

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1楼2013-04-21 09:51:41

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genomelin

银虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+10, BioEPI+1, 感谢热心的回答 2013-04-24 06:31:58

GO to "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/OrganelleResource.cgi?opt=organelle&taxid=6544"
click "Download"-> "download the list of accessions"-> fileA
GO to "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez"
upload the fileA and got the all GBk webpage
click "send to" to save file with "Genebank full " -> file B

install perl and bioperl package
run "perl GetCds.pl fileB FileYouWanted"

GetCds.pl :

#!/usr/bin/perl
use Bio::SeqFeatureI;
use Bio:

erl;
use Bio::Seq;

my %species;
@seq=read_all_sequences("$ARGV[0]",'genbank');
$flag=1;
foreach $seqobj (@seq) {
@features=$seqobj->get_SeqFeatures();
foreach $feat (@features) {
if($feat->primary_tag eq 'CDS'){
print "$feat\n";
@name=$feat->get_tag_values('gene');
$name=join "",@name;
open OUT,">>$ARGV[1]";
print OUT '>'.$seqobj->desc().$name."\n";
print OUT $feat->seq->seq()."\n";
close OUT;
}
}
}

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4楼2013-04-23 07:06:38

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erlei

木虫 (正式写手)

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现在GB文件已经有了，程序该怎么改，这是其中一个，向这种的文件有将近100个

LOCUS    AB055624             16967 bp DNA    linear INV 21-DEC-2012
DEFINITION  Unio japanensis mitochondrial DNA, COIII to CO1 region,
         haplotype:male type.
ACCESSION AB055624
VERSION    AB055624.1  GI:15128581
KEYWORDS .
SOURCE    mitochondrion Unio japanensis
  ORGANISM  Unio japanensis
         Eukaryota; Metazoa; Lophotrochozoa; Mollusca; Bivalvia;
         Palaeoheterodonta; Unionoida; Unionoidea; Unionidae; Unioninae;
         Unio.
REFERENCE 1
  AUTHORS Okazaki,M. and Ueshima,R.
  TITLE    Evolutionary diversity between the gender-associate mitochondrial
         DNA genomes of freshwater mussels
  JOURNAL Unpublished
REFERENCE 2  (bases 1 to 16967)
  AUTHORS Okazaki,M.
  TITLE    Direct Submission
  JOURNAL Submitted (07-FEB-2001) Contact:Masahiro Okazaki University of
         Tokyo, Biological Sciences; hongo 7-3-1, Bunkyo-ku, Tokyo 113-0033,
         Japan
FEATURES          Location/Qualifiers
   source       1..16967
                  /organism="Unio japanensis"
                  /organelle="mitochondrion"
                  /mol_type="genomic DNA"
                  /db_xref="taxon:1260922"
                  /haplotype="male type"
                  /sex="male"
                  /tissue_type="spermatozoon"
                  /note="germ line;
                  synonym: Inversidens japanensis"
   gene          <1..789
                  /gene="COIII"
   CDS          <1..789
                  /gene="COIII"
                  /codon_start=1
                  /transl_table=5
                  /product="cytochrome c oxidase subunit III"
                  /protein_id="BAB62758.1"
                  /db_xref="GI:15128582"
                  /translation="VKLKEIRSPFHLVEMSPWPLFSSVSAVCLVVGFVSWLSGGSLCL
                  LFLGVGLVSAVLFQWWRDIIRESNQGWHTSYVASNVRLGMVLFIVSEVFFFFGFFWAF
                  FSCSLVPGVEVGSVWPPVGIVPLNPFGLPLLNTAVLLGSGVSVTWAHHAVLAGDRKEA
                  MIGLVFTIMMGLYFTFLQACEYVECSFSIADSVYGSLFYVMTGFHGVHVVMGTLILSV
                  GFFRCFGFGFSSERHLGLELGIWYWHFVDVVWICLFLCVYWWGG"
   gene          803..1465
                  /gene="ATP6"
   CDS          803..1465
                  /gene="ATP6"
                  /codon_start=1
                  /transl_table=5
                  /product="ATPase complex subunit 6"
                  /protein_id="BAB62759.1"
                  /db_xref="GI:15128583"
                  /translation="MLTDIFSSLDFYYVNESRSYFISWLSYFGFVVGGLAVYPQKGGF
                  WVGGSWFLRVVHSLMGVVFQIVVDCKGYRFGGFSLGCVGGFWMLVLLNFGGMVPGSAS
                  LTSQLSVGLSLALLWWSWSTLSGCFYSWKSFLGHLLPLGTPVVLCPLMILIESVSVLI
                  RPVTLAVRLVANITMGHLVLSLMGDNLIGGGSVIVGAYGVVWVLCLRFAGLCVYFVGE
                  FV"
   tRNA          complement(1759..1824)
                  /product="tRNA-Asp"
   gene          2189..2497
                  /gene="ND4L"
   CDS          2189..2497
                  /gene="ND4L"
                  /codon_start=1
                  /transl_table=5
                  /product="NADH dehydrogenase complex 4L"
                  /protein_id="BAB62760.1"
                  /db_xref="GI:15128584"
                  /translation="MSVGLGYNQSAVCVVLVVLAISCIMFQRHSLLMVLLGFEVFSLV
                  LFSCFISVFGVMQTPVGLSLVFLCLEVCVMSVCLALMVKLVSCVGSDYVGVASLGSDF
                  "
   gene          2490..3851
                  /gene="ND4"
   CDS          2490..3851
                  /gene="ND4"
                  /codon_start=1
                  /transl_table=5
                  /product="NADH dehydrogenase complex 4"
                  /protein_id="BAB62761.1"
                  /db_xref="GI:15128585"
                  /translation="MFSVVLSIWLALLASWLCGQLSWWVVTWVCQLSVLAIILGGFMG
                  VGVPNCNLGGEFCCDEVSCGFIWLSAFIASLSLVSSGDILASKDSSSVFLVAVVSLCL
                  VLCVCFATDSLFVFYVLFESSLIPTLFIICGWGYQPERLRAGKYLVLYMVSASLPLLG
                  FILYTAFVWGSDSFALLCVVRGVLSSSPGLFLVVTLAFLVKSPMYGVHMWLPKAHVEA
                  PVAGSMFLAGILLKLGGYGLVRFMGVLNLVGVMYSLVVCLCVFGGVVASVVCCVQTDA
                  KSLVAYSSVGHMGLALGGLMSGGYWGLGGGYLLMVAHGLTSCGMFYLVGELYKSYSSR
                  MLFVIRGGVGNLFGINLWLAFMCGFNAAAPPSLSLCSEVILCISLISYSLWFSVLVGA
                  LGFLSCLYSWSFYCNTQTGCYPAWARAFHSTSYSYNQSLVCVSIVFPLVGLSLCCEYG
                  KFF"
   gene          complement(3848..4375)
                  /gene="ND6"
   CDS          complement(3848..4375)
                  /gene="ND6"
                  /codon_start=1
                  /transl_table=5
                  /product="NADH dehydrogenase complex 6"
                  /protein_id="BAB62762.1"
                  /db_xref="GI:15128586"
                  /translation="MTLMIFLSMSITLLCSSVFSAHPLVLTVKVLLLATTISLTLAHI
                  TTWYAYMLYMVMVGGMLVMFTYISSLSPNGIFQLKPQLAHLATTLIPGFLLAHSTSST
                  PSTLNTQDHHNTPENFICFFLENGNEKLLLTSATILLLALLMSMTLLPRTKAPMRPTI
                  FYSSHMMHSNMLCNY"
   tRNA          complement(4377..4443)
                  /product="tRNA-Gly"
   gene          complement(4448..5326)
                  /gene="ND1"
   CDS          complement(4448..5326)
                  /gene="ND1"
                  /codon_start=1
                  /transl_table=5
                  /product="NADH dehydrogenase complex 1"
                  /protein_id="BAB62763.1"
                  /db_xref="GI:15128587"
                  /translation="MAATVVVALVGMAFLTLLERKSLGYMQLRKGPNKLGLTGLPQPL
                  ADAMKLLTKTTSTPTICNPIAMSVAPLLALALSALLWHLYPTTHSVSHKSLGLLLFIC
                  ISATAVYSIMVGGWSTNSKFALLGAMRAMAQTISYEIPMILTLIFYGLISNTLDLSAF
                  CENLSLKFKGLLIIPMTLVWLTIMLAETNRAPFDFAEGESELVSGFNVEYSGTKFAML
                  FMAEYLNILFMGLLSSILLLNSTSWAPLFTFFFLLARGTLPRHRYDLMMGMAWESLIP
                  ITLTFLLLASPALLMP"
   tRNA          complement(5360..5423)
                  /product="tRNA-Leu"
   tRNA          5426..5488
                  /product="tRNA-Val"
   tRNA          complement(5494..5559)
                  /product="tRNA-Ile"
   tRNA          complement(5566..5634)
                  /product="tRNA-Cys"
   tRNA          complement(5634..5702)
                  /product="tRNA-Gln"
   gene          6479..8245
                  /gene="ND5"
   CDS          6479..8245
                  /gene="ND5"
                  /codon_start=1
                  /transl_table=5
                  /product="NADH dehydrogenase complex 5"
                  /protein_id="BAB62764.1"
                  /db_xref="GI:15128588"
                  /translation="MKLSGKSASAKSDSCTPLVWASTFLLSCFVLWFIWFGGVISTAV
                  VLEWEFFSACGFSLSVLLLLDFLGALFSFVVCLISGCVFIFSVSYMSGDKFHSLFYSL
                  VAAFVAAMNILILIPNLVFVLLGWDLLGIISFLLVVYYQNSVSVGAGMLTVLMNRIGD
                  VFLVLAIGFSSSAGIWGILEVEQLAGQVVWVGVLLVGAGMTKSAQIPFSVWLPAAMAA
                  PTPVSALVYSSTLVTVGVYFLFRHYHVLMCVNGLLPLLSKVGCLTLLMASLGACLELD
                  IKKLVALSTLSHLGFMVYVLGVGYPVLSVFHLLSHALFKSLLFLCAGHYMHEVGCSQD
                  IRQMSGVGWGSSPLVMACIIIGLNSLCGVPYLSGFYSKDAILEGSMTSFVGALEILCL
                  VVGAGASCLHAMRLLLYSIFGPLGGLPLVGESGVSGFVAFPVLLLALGSICFSYVMQQ
                  AWAEASLSFSLSFLAKVGLFLALNLGVVILATSVLGFGYSGGSLYGGFSSRLMAVKLF
                  LSSMWFFRWWSFAVPGVWFSCGSLTVSAMEMGWMEVIGGRGVGGSFVGLGSKLWVMEG
                  ISVLNMLRLAGGVLLVLGVHYF"
   tRNA          complement(8280..8347)
                  /product="tRNA-Phe"
   gene          complement(8377..9528)
                  /gene="cytb"
   CDS          complement(8377..9528)
                  /gene="cytb"
                  /codon_start=1
                  /transl_table=5
                  /product="cytochrome b"
                  /protein_id="BAB62765.1"
                  /db_xref="GI:15128589"
                  /translation="MQKPTRKSNSMLNIMNSSVYDLPAPMNLSTLWNTGSLLGLCLVI
                  QILSGIFLAIHYTPDTNYAFSSVVHIVRDVNFGWMLRNMHATGASLFFLLAYVHIGRG
                  IYFSSYLFTKMWLSGVVLLFTLMATAFLGYVLPWGQMSYWGAPVITNLLSVIPHFGDL
                  LVTWIWGGFTVANGNTKPILCVPLSPSIHNPSYCMHPPHASTRKRLNNPLGLSSNTSL
                  IPFHPFYTLKDLVGFLVFTASLMAVCMFSPLLISDPENFVPANPLSTPTHIQPEWYFL
                  FAYAILRAIPSKMGGVLALASSILVLLMMPLTHLNTMRGMTFYPASQPLFWALAASFF
                  VLTWLGHMPTEPPLILMSQLVTALYFSLMLSLPASGAPWDKLIFTHLNK"
   tRNA          complement(9529..9592)
                  /product="tRNA-Pro"
   tRNA          complement(9592..9658)
                  /product="tRNA-Asn"
   tRNA          complement(9682..9747)
                  /product="tRNA-Leu"
   rRNA          complement(9748..11081)
                  /product="16S ribosomal RNA"
   tRNA          complement(11082..11144)
                  /product="tRNA-Tyr"
   tRNA          complement(11149..11213)
                  /product="tRNA-Thr"
   tRNA          complement(11216..11283)
                  /product="tRNA-Lys"
   rRNA          complement(11283..12149)
                  /product="12S ribosomal RNA"
   tRNA          12150..12219
                  /product="tRNA-Arg"
   tRNA          complement(12224..12288)
                  /product="tRNA-Trp"
   tRNA          complement(12291..12354)
                  /product="tRNA-Met"
   gene          complement(12340..13335)
                  /gene="ND2"
   CDS          complement(12340..13335)
                  /gene="ND2"
                  /codon_start=1
                  /transl_table=5
                  /product="NADH dehydrogenase complex 2"
                  /protein_id="BAB62766.1"
                  /db_xref="GI:15128590"
                  /translation="MTPLFVLLLLTSTLLTISSTNAMFMWMMLELNMLAFIPLTQTHN
                  STTETEASIKYLIPQSFGSSLFMASVLLMPMTQHSNTLTTTALILKLGGVPLHSWFPA
                  VMQSINPTTALILSTWQKAGPLLLLTIPHLAHTPIIISSSVMSALWGSTAGLNQTNLL
                  KLMAFSSINHLGWLLMASLFNSLIPTIYLLAYSLTALPIFMYMKTPKIKTYVTTLTPP
                  LNNYAQLTMVINMLSLAGMPPLSMFISKIPIIALMTQKLLLPLGLLLVSTAVSLYFYL
                  SLSIMMTLNLNSSLQPTNEKGFQIMPIIAFTASTLFQFFHTTLMIXSICSMGKMS"
   tRNA          complement(13345..13413)
                  /product="tRNA-Glu"
   tRNA          complement(13443..13508)
                  /product="tRNA-Ser"
   tRNA          complement(13515..13580)
                  /product="tRNA-Ser"
   tRNA          complement(13586..13655)
                  /product="tRNA-Ala"
   gene          13747..14106
                  /gene="ND3"
   CDS          13747..14106
                  /gene="ND3"
                  /codon_start=1
                  /transl_table=5
                  /product="NADH dehydrogenase complex 3"
                  /protein_id="BAB62767.1"
                  /db_xref="GI:15128591"
                  /translation="MKMVIACGVFSVLVSVAMMGLGWVLSGRYLWGVRELSSPFECGF
                  DPVGSSRVGFSLRFFGLMILFIVFDFETVLLLPFVFWSGMGLDKGLGVVEFVGFLVIL
                  LVGVVYEMKEGALEWGF"
   gene          14142..14991
                  /gene="CO2"
   CDS          14142..14991
                  /gene="CO2"
                  /note="TAA stop codon is completed by addition of 3' A
                  residues to the mRNA"
                  /codon_start=1
                  /transl_except=(pos:14991,aa:TERM)
                  /transl_table=5
                  /product="cytochrome c oxdase subunit 2"
                  /protein_id="BAB62768.1"
                  /db_xref="GI:15128592"
                  /translation="MSRWSQLGLQEGTSVLGVEVHGLYDYSMFIIVLVFSFVAYLMLK
                  SLCHKVTGRVYVDSQWLEVLWTVMPFWLLLALGLPSIKLLYLMDEINLPEATVKVVGH
                  QWYWSYEYSDVRGSSYSYDSYLIPDSAMEEGYRLLEVDNRCVVPTLLTIRGLVTSDDV
                  IHSWAIPSSAIKVDGVPGRINQVSLCFINSGVFYGQCSELCGVNHSFMPICVESVSVE
                  VYSSWIVDNHNNVLKEMGGRPESWTWWGLLVAVVSGIGKGLYWLGSMYGMFLYYLFYY
                  SFYVPGK"
   tRNA          14992..15055
                  /product="tRNA-His"
   gene          15371..>16967
                  /gene="CO1"
   CDS          15371..>16967
                  /gene="CO1"
                  /codon_start=1
                  /transl_table=5
                  /product="cytochrome c oxidase subunit 1"
                  /protein_id="BAB62769.1"
                  /db_xref="GI:15128593"
                  /translation="MYCCLRWLFSTNHKDIGSLYLMSALWWGLVGLSLSVVIRAELGH
                  PGGLMHNDQLYYSVVTAHAFVMIFFVVMPAMMGGIGNWLVPIMLGCPDMAFPRLNNVS
                  FWLLAGAGFLLGWSMFVEGGCGTGWTIYPPLSSSAFHSGVSVDILIFSLHLAGLSSIL
                  GSLNFITTILGMRSDILRAERMTLLVWSVLCTAGLIVASFPVLAGAITMLLTDRNFNT
                  SFFDPSGGGDPILFMHLFWFFGHPEVYIIIIPAFGVVSHVILYFSAKKVVFGQLGMIF
                  AIMGIGAMGFVVWGHHMFTVGLDVDTRAYFTGATMVIAIPTGIKVFSWLSTMIGSAMP
                  FWPAFLWSLGFVFLFTLGGLTGVILSHSSLDVVLHDTYYVTAHFHYVLSMGARVWLVF
                  WVLLLMSGYVWGDSTPRWLKVQFYLLFLGVNLTFFPQHFLGLAGMPRRCSDYAGVYYP
                  WNAVSSWGSILSVVSVFWFLCCVLESLVSCRSVVYGGALSVSIEWCENLFPVAFHSYS
                  QVAMGVSAEACLMESGVCGVGTSE"
ORIGIN
      1 gtgaagttaa aagaaattcg taggccgttt catctggttg agataagtcc gtggccactt
   61 ttttcctctg tgagggctgt ttgtcttgtt gtgggttttg taagttggct gagtggtggt
   121 tctttgtgcc tcttgttttt gggggttggg cttgtttcag cagttttgtt tcaatggtgg
   181 cgtgatatta tccgagagag aaaccaaggt tgacatacta ggtatgttgc tagtaatgtt
   241 cgtttaggga tggttttgtt tattgtgtca gaagttttct ttttttttgg gtttttttgg
   301 gcatttttta ggtgtaggtt ggtcccagga gttgaagtag ggagagtttg gccgcctgtc
   361 ggcattgtcc cgttgaaccc atttgggttg cctttattaa acacagctgt gttgttgggc
   421 tctggggtga gggtcacttg agcccaccat gctgtgttgg ctggggatcg gaaggaagcg
   481 atgattggat tggtttttac tattatgata gggttgtatt tcacattttt gcaggcttgt
   541 gagtatgtgg aatgctcttt ttctatcgcg gatagtgttt atgggtcttt attttatgta
   601 atgactgggt ttcacggggt acatgtagtt atggggaccc tgattttgtc tgtagggttt
   661 tttcgttgtt ttggttttgg gttttctagg gagcgacatt tggggttaga gcttggtatt
   721 tggtactggc actttgtgga tgttgtttgg atttgtttgt ttttgtgcgt gtattggtgg
   781 ggtggataac cctaaaagtt aaatgctgac agatattttt tcctctttgg atttttacta
   841 tgtaaatgaa agtcgtaggt attttatttc ttggttaagg tattttgggt ttgtggttgg
   901 agggctggct gtgtaccccc aaaagggggg gttttgggtg ggggggtctt ggtttttgcg
   961 ggttgttcat tctttaatgg gggtggtttt tcagattgtt gttgattgca agggttatcg
   1021 ttttggtggg tttaggttgg gctgtgttgg ggggttttga atgcttgtac tactaaactt
   1081 tggtggtatg gttcctggga gtgctagttt aactaggcag ctttctgttg gcttgtcgtt
   1141 ggctttattg tggtggtctt ggtctaccct aaggggttgt ttctatagtt gaaaaaggtt
   1201 tttggggcat ttattaccgt taggtacgcc tgttgtgttg tgtcctttaa taatcttaat
   1261 cgaaagggtt agggtattga ttcgtcctgt aactttggct gttcggttag ttgctaatat
   1321 cactatgggg catcttgttt taagcttgat gggggataat ttgattgggg gggggagggt
   1381 gattgtgggg gcttatggtg ttgtttgagt tctttgtttg cggtttgcag gcctatgtgt
   1441 ttactttgtt ggtgagtttg tatagggctg atcaccctag gtgttaaggg gggattaggg
   1501 ctatagctga ggggttaagc tttgaacggt ggaatgaaga ttgttggttc tttgaaaagc
   1561 ttgtgggtac cgctcaaatg cctcaattta gtccaatgtc ttgggttttt attggtttgt
   1621 ttttggtggg tgtactattg gttatttgtg ttggggtttg gtggggtggg tcaaatggtt
   1681 attctgttgt gcgtttgaaa gccggcggta gttgtgctcg tttgtttgtg tggggaaaat
   1741 ctttaggcgg taaagtttgg gaagttagtt tatagaaaaa catggggttg tcaaccccaa
   1801 aaggcttgag ttttgcgctt ccttgatgaa acgtaccctg gacatgtttg ttgaaattgt
   1861 agaagagata tacacggctt ctccgtgcgg tacggttttt gttttttttt tgtttttttt
   1921 gtatatattt gtgacaattt actctttgtg ggttggtcct gaagggcata agaaagttgt
   1981 cgataaaacg aaaaaggtag tgtggggtag tggtaaggca atgaaggagg cgagtgttaa
   2041 ggggaggaag agagttaaaa gtgcaaagaa gaaaaagcag gagggtgccg atgtaggggg
   2101 ggaggggttg ttgtcagatg ctgcggttcc ggtcaaaaag aaaaaggtga ctaagaaact
   2161 taaagagcaa ggaagtaagt aagttgtaat aagcgtcggt ttagggtata atcaaagtgc
   2221 ggtatgcgta gttttggttg tgctggctat ttcgtgtatt atgttccagc gtcataggct
   2281 tctaatagtt ttgttggggt ttgaggtttt taggcttgtt ttgttttctt gttttatcag
   2341 ggtttttggt gttatacaaa cgccagtggg gcttagtttg gtttttttgt gtttggaggt
   2401 ttgcgtaatg tccgtgtgtt tagcattaat ggttaagctt gtgaggtgtg tcgggagtga
   2461 ttacgtgggg gtggcttctc ttgggagtga tttttagtgt ggttcttagg atttgacttg
   2521 ccttattagc tagttgattg tgtgggcaat taaggtggtg ggtagtcact tgagtttgtc
   2581 agttaagtgt gcttgcaatt attcttgggg ggtttatggg ggttggggtt cccaattgta
   2641 atcttggagg tgagttttgt tgtgatgaag tttcttgtgg gtttatctgg ttgtctgcgt
   2701 ttattgctag tctgaggctg gtaagaagtg gggatatctt ggctagaaaa gatagtagca
   2761 gtgtgttttt ggttgctgtt gttagcttat gcttggttct gtgtgtttgt tttgctacgg
   2821 actctttatt tgtgttttat gtcttgttcg agtctaggct aatccctacc ctatttatta
   2881 tttgtggttg ggggtatcag ccagagcgcc tgcgagccgg taaatacttg gtgttgtata
   2941 tggttagggc gtctttaccc ttgctaggtt ttatccttta cacagctttt gtgtggggga
   3001 gtgataggtt tgctttgctt tgtgttgtgc ggggggtatt gtcatctagc cctgggttgt
   3061 ttttggtagt gactttagct tttttggtaa aatcccccat atacggtgta catatatggc
   3121 ttcctaaggc gcatgtagag gctccggttg ctggttctat atttttagct ggtattcttt
   3181 taaagttagg ggggtatggg ctggtgcgtt ttatgggggt cctaaatcta gttggtgtta
   3241 tgtatagact tgtggtttgc ttatgcgttt ttggtggtgt tgtggcaagt gtggtttgtt
   3301 gtgttcagac tgatgctaag agtttggtgg cttattcttc tgtggggcat atgggcttgg
   3361 cgttaggggg gttgatgtct ggtggctatt gggggttggg cggtggctat cttttaatag
   3421 ttgctcatgg cttgacttcg tgtggtatgt tttatctagt gggggaatta tacaagagct
   3481 atagttctcg catgttgttt gttattcgag ggggagttgg taatttgttt ggaattaatc
   3541 tgtggttggc ttttatgtgc ggatttaatg ctgctgctcc accgtctttg aggttgtgca
   3601 gggaggtaat tttgtgtatc tccttgatta gctactcttt gtggttttct gttttggtgg
   3661 gggctttagg gtttttatcg tgcttgtatt cgtggtcttt ttactgtaac acccagactg
   3721 ggtgttaccc tgcatgggca cgtgcatttc atagcaccag gtactcatac aaccaaaggt
   3781 tggtgtgtgt gtctattgtt tttcctttag tggggttgag tttatgctgc gagtatggta
   3841 aatttttcta gtaattacat agtatattcc tgtgtattat gtgggatgaa tagaaaatgg
   3901 ttggtcgtat tggggctttt gttcggggga gtaaagttat tgatataagt aaggctaata
   3961 aaagaattgt tgcggacgtt agtaagagtt tttcatttcc attctctaaa aagaagcaga
   4021 taaagttctc tggggtattg tggtgatctt gggtgttaag ggtgcttgga gttgagctgg
   4081 ttgagtgagc cagtaaaaag cctgggatta gggtcgtggc tagatgagct agttgtggtt
   4141 ttaattgaaa aattccgttg ggggatagcg acgagatata ggtaaatatc actagtattc
   4201 cccccactat gactatgtat agtatgtagg cgtatcatgt ggtgatatgg gcgagggtta
   4261 aggaaatagt agtagctaat agtagaactt tgacggttaa tactagtggg tgggcagaaa
   4321 agacactgct gcagagtaaa gtgatcctta tggacaaaaa aattattagt gttatgtata
   4381 ctgaccttca taggtctttc tgcttggaag gcagctgtac aggagtaggg atactatcag
   4441 tatcggttta gggtatcaag agggctgggc tagcaagtaa aaggaatgtc agagtgattg
   4501 ggataaggct ttctcaagct atgcccatta ttaggtcata tcggtggcgt gggagtgtgc
   4561 ctcgtgccag caaaaaaaag aaggtgaaga ggggtgctca gcttgttgag ttaagaagca
   4621 ggatacttga gagaagtcct ataaaaagaa tgtttaagta ctctgccatg aagagtatgg
   4681 caaattttgt accagagtac tccacattga acccagacac cagttctgac tccccttctg
   4741 cgaagtcaaa tggtgcgcgg tttgtttctg ctagtatgat tgttaatcaa accagggtta
   4801 ttgggatgat gagcagccct ttgaatttta gtcttaagtt ttcacaaaag gctcttaggt
   4861 ctaacgtatt tctgatgagt ccgtagaaga ttagggttag aattatcgga atttcataag
   4921 aaattgtctg ggctattgct cgtatagccc ctagaagtgc gaattttgaa ttggttcttc
   4981 atcccccgac tataatagag taaactgccg ttgctgagat gcagataaac aatagtaggc
   5041 ctaatctttt gtgtgacaca gagtgcgtag ttgggtatag gtgtcagagt aaagcggata
   5101 aggcgagggc tagtaatggt gctactgaca ttgcaattgg gttgcagatt gttggtgttg
   5161 atgtagtttt ggttagcagt tttatagcgt ctgctagagg ttgagggagg ccagtcaaac
   5221 caagtttatt ggggcctttt cgaagttgta tgtagccgag tgatttgcgc tctagcaagg
   5281 ttaagaacgc tattccgacc agtgctacaa ctacagtagc tgctattttg ggttgtggtg
   5341 tggggtcatt gtgacatgtg gagggagagt taagcctcat tgttaggtct taggcctaaa
   5401 gcattgtatt tctgccatcc ctcatgttag ggggccaaag ccagtttttt ggtgtaagca
   5461 agatatatta tgtgtatatt accctaatca ggtaagtgtc agaggaacta cctcatgttt
   5521 aacctcatca aagtaatccg ttcgtgccgg cgtgacactg aggggaggtc ctggccagaa
   5581 tggcttcggt aaagttgcag tttactatat tatgttactt tatactacag gacttgtggg
   5641 cggagctgtt gacttcctct ttgtaactca aatttacatg tgcgtagtaa cactagctca
   5701 cagtgcatga tcttctgacc aagtctagta agttagttta caaatatttg tgtaatcttt
   5761 aggaatttaa acctttacag taaggtgagg aatcaggggg gggggttaaa aggggggtta
   5821 aggttaagat tagtagaggt ataggagtta aggagagttc ctttggtaag gtagtttaaa
   5881 gaataaagag aagacagtag gttaaggtta gttgagttcc taggattagg catctttcat
   5941 tagaggtata ggagttaagg agagttcctt tggtaaggta gtttaaagaa taaagagaag
   6001 acagtaggtt aaggttagtt gagttcctag gattaggcat ctttcattag aggtatagga
   6061 gttaaggaga gttcctttgg taaggtagtt taaagaataa agagaagaca gtaggttaag
   6121 gttagttgag ttcctaggat taggcatctt tcattagagg tataggagtt aaggagagtt
   6181 cctttggtaa ggtagtttaa agaataaaga gaagacagta ggttaaggtt agttgagttc
   6241 ctaggattag gcatctttca ttagaggtat aggagttaag gagagttcct ttggtaaggt
   6301 agtttaaaga ataaagagaa gacagtaggt taaggttagt tgagttccta ggattaggga
   6361 tctttcatta gaggtatagg agttaaggag agttcctttg gtaaggtagt ttaaagaata
   6421 aagagaagac agtaggttgt ggtccttcag ttgtacccgc aggttccctt gctaggtgat
   6481 aaagttgagt ggaaaaagtg cttcagcaaa aagtgatagc tgtactccgt tggtgtgggc
   6541 tagcacgttc cttttgagtt gttttgtttt atggtttatt tggtttggtg gggttatctc
   6601 tactgctgtt gtcttagagt gggagttttt tagtgcttgt gggttttctt taagggtttt
   6661 gcttttgtta gattttttag gggctttgtt ttcttttgtg gtttgtctga tcagtggttg
   6721 tgtttttatc tttagggtta gatatatgag aggggataag ttccacaggc ttttttactc
   6781 tttggttgct gcttttgtag cggctataaa cattttaatc cttatcccga atttggtgtt
   6841 cgttttacta gggtgggatc ttttaggtat tatttctttc ttgttggttg tttattacca
   6901 gaatagtgta tcggtggggg cagggatatt gactgtgctg ataaatcgta ttggggatgt
   6961 ttttttagtg ttagctattg ggtttagctc tagggctggt atttggggga ttttggaggt
   7021 tgagcagctt gctgggcaag ttgtttgggt gggggttttg ttggttggtg ccgggataac
   7081 caagagggct caaattccct tttcggtgtg gttgccggct gctatggcag ccccgacacc
   7141 tgtttctgcg ttagtgtact cttctacctt ggttactgtg ggggtttact ttttgttccg
   7201 gcattatcat gttttgatgt gtgtgaatgg cttgcttcct ttattgagaa aggttgggtg
   7261 tttaactttg ttaatagcta gtttgggggc ttgtcttgag ctggacatta aaaagttagt
   7321 ggctttgtct actttaaggc atttggggtt tatggtctat gttttagggg ttgggtatcc
   7381 ggttcttagg gtttttcact tacttaggca tgccctgttt aagtccttgc tgtttctttg
   7441 tgcggggcat tatatgcatg aggttggttg ctcgcaagat attcgtcaaa tatctggtgt
   7501 tgggtggggc aggtcacccc tagtgatagc ttgcattatt atcgggctta attccctttg
   7561 cggggtacct tatctgagtg ggttttactc aaaggatgct attcttgaag ggtctatgac
   7621 ttcttttgtt ggtgctttag agattctttg tttggttgta ggtgctgggg ctaggtgtct
   7681 gcatgcaata cggctcttgt tgtatagaat tttcggacca cttggggggc tgccgttagt
   7741 gggggagtct ggtgttaggg ggtttgttgc gttccctgtt ttattgttgg ctcttgggag
   7801 gatttgcttt aggtacgtga tgcagcaagc ttgggctgaa gcttctttaa ggttcagttt
   7861 gaggtttttg gccaaggttg gattgttttt ggccttgaat ttgggggtgg ttattttggc
   7921 tacaagagtg ctaggttttg ggtacagcgg gggtaggctg tatgggggtt tctccagacg
   7981 acttatggct gttaagttgt ttttgaggag aatgtgattc tttcgttggt ggagttttgc
   8041 tgttcccggg gtttggttta ggtgcgggtc tcttaccgtg agggctatag aaatggggtg
   8101 gatggaggtg attgggggtc gtggggttgg tggcaggttt gtggggttgg ggtcaaaact
   8161 ctgggttata gaggggatta gtgttttaaa catattgcga cttgccggtg gggttttatt
   8221 agtattgggt gtgcattatt tttaaagttt aattgctggt ggtttagggg atggtcggat
   8281 gggagcgagt ttgttctatc ttaacatttt cagtgttgtg ctttagtggg gtttaagcta
   8341 cacccccgcg cccctttttt gttaaggtta attgggttat ttatttagat gggtgaaaat
   8401 aagtttgtct catggggcgc ccctggcggg gaggcttagc attagagaaa aatatagggc
   8461 agttacaagc tgccttataa ggataagggg cggttcagtc ggtatgtggc cgagtcatgt
   8521 taacacaaag aaggatgctg ctaaggctca aaataatggt tggcttgctg ggtaaaaggt
   8581 catgccacgt attgtgttta gatgtgtaag tggtattatt agaaggacta ggattgaaga
   8641 tgccaaggca agcactccgc ccatttttct tgggatggca cgtagaatgg cgtaggcaaa
   8701 cagaaagtat cactcaggtt gaatgtgtgt tggtgtggat aggggattgg ctgggacgaa
   8761 gttttctggg tcagagatta atagggggga gaatatacat accgctatga gactagcggt
   8821 gaaaactagg aatccgacga ggtcttttag ggtgtagaat gggtgaaacg ggataagaga
   8881 tgtgttgctg gatagcccta gggggttgtt gagccgtttt cgtgtagaag catgaggtgg
   8941 atgcatacaa tagctaggat tgtgaatgga aggagaaagt ggaacacaaa gaatcggttt
   9001 agtgttgccg ttggcaacag taaatcctcc tcagattcat gttactagaa ggtcgccgaa
   9061 atgcgggatg acagacaaaa ggttggtgat tactggtgct ccccaataag atatttgccc
   9121 ccacggaaga acgtagccga ggaaggctgt ggccattaag gtaaagagga gtactacacc
   9181 tgatagccat attttggtaa acaagtaaga agagaagtag attcctcggc caatgtgcac
   9241 gtaggcaagt agaaaaaata aggaggcccc tgtggcatgt atatttcgca gcattcagcc
   9301 aaagtttacg tcacgaacga tgtggactac ggagctaaag gcgtaatttg tatcgggtgt
   9361 gtaatggatt gccaaaaaaa tcccagaaag gatttggatt actaagcata gccccaagag
   9421 tgagcccgtg tttcatagag tggataggtt tattggggct ggtaggtcgt aaaccgatct
   9481 gttcatgata tttagtattg agtttgattt acgggttggt ttttgcactc agaaagttaa
   9541 cttgttaaat ctaaagctcc caaagctttt attttttata aactactctc tgaaagtaaa
   9601 tgaaattttg gttcatagcc tgctagttaa cagctagctg cttgagagct tttactttag
   9661 ttttggcgag taaatcgagg tgttgcaagt agatttaagg tctttttttt aagcctaaat
   9721 taaaggtatt gagtatacta acctgcagac tagtaaatta gcggttagcg atgtggactt
   9781 tgtcatgttt gtgttacttg aagagattta gtagagcact tgtgcaagtg tgcctctttg
   9841 ggtcctttcg tacaataaag agtgtggttg tgagggaaaa gatagaatcc aacctagctc
   9901 tcgccggtct taactcagct cgtgtagggg gtttgcagtc gaacagactg gcagatgttc
   9961 ttagtggctg cgccaagttg ctttccctaa gccaacatcg aggtcgcaaa cccagctttc
10021 aatgcgtact cttaagctgg attacgctgt tatccccggg gtaactgcgg tatgtgcctt
10081 agcaagtttt ttattggttt tagtgatccg ttgtggaggt tttatctact ccaaggttgc
10141 cccaaccaac ctcattcctt agcaacttgt gttggtaggc ttaaagttat gaggggagtt
10201 ccgcggggtc tttttgtctt tttccttcat ctaagtcttt tcacttagag gaaaagttat
10261 ctttccgtgg gtgatacagt tcttccctgt tttgcctttc actggctcct aattagagag
10321 ctgtttatta cgctacctta gcacgctcac gctaacgcgg ccatttaata gttaaatcat
10381 ggggcaggca gtatctctta tgggtggggg tcaagagacg atgtttttgg taaacaggca
10441 gggtaggatt ttgccgagtt cattactcac ggtggttact ctgggatgta gtttgatgag
10501 tataacatgc agggtgctct gggagctgat ttatgatact aatagtttgc cgtttcgttg
10561 aagcatttat tgcgctgcag ggttccttgg tgggtagagt tgagggtgaa ttttggtggg
10621 aaagttcatt tcctgtaacg gattttgtgg gctgttttta ggcctattcg cgaaggtttg
10681 gttatgtgta cttctaaact ctagcgagct tgtccccgct agattttctc caccaaaggg
10741 tttcttttat gcttctggtg gggggcactt atatgccttt gaggaacaac cagctatcag
10801 gcgattcgtc aggtattttg cttctattac cagctgtact ttaagtaatg acacactaat
10861 ggttattgct ggtaatagct cctcgctttt cgggggacaa cataagggtt ggtggggttg
10921 ttgcaactac ctgatgcaaa aggtagggga attaagccat tcttgtgaat agaggggata
10981 ggcccttgcg gttgtgtggg attttaagtt gtgtgggttt gtacttatgt atgcgtgggt
11041 ttactttaag gacagtcgtg ttcgagctta ctcgggttct gtgcaatggg cttttggggc
11101 cattgaaaga tttacagtct tttgcctaag tcggccactt ttgcgtaagc cttagggctt
11161 aagccttctg tgatttacaa gaccactgct tggtaagtat aagcttcatt agggcatcca
11221 tgaagtttgt gtaactgttt ttaagttaaa agcttaatgc ctgatagtct cggccatcat
11281 gggtttagtc taggggcaac ttccgatacc cctactgtgt tacgacttat cccgatttaa
11341 gtatcgggag tgacgggcga tttgtgcgca ttctagttct tgttcaggct gtagtagtgt
11401 tgtaacctta cttttaagtc ctcctttata gcagaaattt cattctcttt tggatgcttg
11461 ataggcattt gtatcccatg agctgctttg tgttggctat atgtcacctg tgttagcaag
11521 atgtagtctt gggtgtctcc ttttattttg ttggtgtgca gacttaaaac ggccatacat
11581 aagctgttaa ctaacaaagc ttcggtgttc gtgggttatc gaattaagcc acaggatccc
11641 ctaataaggt gtagaatacc gccacgcttt ttaagtttgg aactttcgtt tttagagttt
11701 ggagtgttgg gccacgcgat aggcgggtat ctaatccgcg tcttgtaggt gtggtttgtt
11761 agggtacgtt ttggggtgat gacttgtttg ggtatactta ttttgttaca aatttcactt
11821 ttgggttgta agattgaagt cagaggtggg tttggtacct ttatgtcaac gtgtgaatta
11881 attccgagtt ggggtctaac cgcgactgct ggcacccctt tggtcactat aagtttacca
11941 ttcttgcggc ctagtttcct agcttaggca atatagctca ttggtgttgc gggcaagtgc
12001 ctttggcggt agttttgtcc aatgttcgaa tgtgtattac tatgtgttta acagcgttac
12061 tacacagggg tacgattcgc aagccactta gattaccata tgaagtttga cggcaataat
12121 taatctgaca tcagagcgaa gtgttctaga gcaaagggaa ctcgatgaga agttcgtagt
12181 atgggccgaa accatagtgc tgttgtagct tcctttgggc tctaagggct ggtttaggga
12241 ttaccaatta aaactttgaa ggcttttagt tttattagct taagcccttg tggcgagaga
12301 gtgtgatcat ttttgggtta tgggcccact agcttagagt tagcttatct tacctataga
12361 acagatgctg ntaatcataa gggtagtgtg aaagaattgg aaaagtgtag atgctgtgaa
12421 ggcgatgatg ggcatgattt ggaagccttt ctcgtttgtg ggttgtagag atgagttgag
12481 gttaagggtt attataatag atagagaaag gtagaaatac agactgactg cggtgctaac
12541 gaggagtagt cctagtggta ataggagctt ttgtgttatt aaggcaataa tcgggatttt
12601 gctgataaac atagatagtg gtggcattcc cgctagggaa agtatattga taaccatggt
12661 taattgtgca taattgttaa gaggtggggt tagggttgtg acgtaggttt tgatttttgg
12721 ggtttttatg tacataaaaa ttgggagtgc tgttagtcta taggctagca ggtagatggt
12781 tgggattagt gagttaaaca gtgaggctat gagtagtcat cccaggtgat tgatagatga
12841 gaaggctatt agtttaagaa gatttgtttg gtttaagcca gctgtacttc ctcatagtgc
12901 tcttataact cttgaggaaa taataatggg tgtgtgtgcc aggtgaggga ttgtgaggag
12961 aaggagtggt cctgcttttt gtcatgtgct taggataaga gcagttgttg ggttaataga
13021 ttgtatgaca gctggaaatc agctgtgtag cggaactccg cctagtttta ggatgagggc
13081 tgtggtagtt agggtattcg agtgttgggt tattggtata agtaggacgg aggctatgaa
13141 tagccttgag ccgaaggatt gtgggatgag atacttgatg gacgcttctg tctctgttgt
13201 ggagttgtgg gtttgggtaa gcgggatgaa ggccagcata tttaattcta gcattattca
13261 cataaatata gcgtttgttg atgaaattgt aagcagggtt cttgttagga gtaaaagtac
13321 aaagagaggg gttatggtct tcgtaagtta gctactgtta gtcagcattt tcggcttgaa
13381 agtccgacgt gttggggttt ataccaagct aatgtataaa gagcctaggt tggttagaga
13441 agagaagcaa aaggagttaa acctcttttt ctttggttag aagcctaaga ttgattatcg
13501 atcgcttctc tggaagaaga tggacgagtc gaacgtcctt cgttctggtt tcaagtcaga
13561 gtgttaaaag ccttatcttc tgtttggggt tgaggggcac gtttgagccc tattgttagg
13621 tgcaagttaa ctcttttagg ttaaagtact caaccgtaag taaacgcttt atggttgttt
13681 atttattggt gtggtgagaa gaataaataa agagttagtt agtaggagga ggaggttggt
13741 ggaggaatga aaatggtgat tgcttgcggt gttttttctg ttttggtaag ggtggcgatg
13801 atgggcttag ggtgagttct tagtggtcgg tacttgtggg gtgtgcgtga gctaagaagt
13861 ccgtttgagt gtgggtttga tccagttggg tcttctcggg ttgggttttc tttgcggttt
13921 tttgggttaa taattttgtt cattgtcttt gactttgaga cagtgttgtt gttgcctttt
13981 gtgttttgat ccggtatggg gttggataag gggcttgggg tagttgagtt cgtggggttt
14041 ttggtgattc ttttggttgg ggttgtctat gagatgaaag agggtgcttt agagtggggg
14101 ttttaggggt taatgccccg gccgcgtgtt ggtttagcaa aatgagccgt tgaagtcagc
14161 ttgggttgca ggaaggtact agtgttttag gtgtagaggt tcatgggcta tacgattata
14221 gcatgtttat tattgttttg gtttttaggt ttgtagcgta tcttatgcta aagagtttgt
14281 gccacaaggt aaccggtcgg gtttatgtgg ataggcagtg gttggaagtc ttgtgaaccg
14341 ttataccatt ttggcttttg ttagccttag gcttacctag gattaagctg ctttatttga
14401 tggatgagat caaccttcct gaagccactg ttaaagtggt ggggcatcag tggtattgaa
14461 ggtatgagta ttctgatgtt cgcggtagta ggtacaggta tgactcctac ttgattccag
14521 attcagcaat agaggagggt tatcggcttc tggaggttga taatcggtgt gttgttccga
14581 ctttgttgac tattcgaggg ttagttacgt ctgatgatgt aattcactcg tgggccattc
14641 cttctagggc tattaaagtg gatggggttc ctgggcgtat taatcaggtt agtttgtgtt
14701 tcattaattc tggtgttttt tatgggcaat gtagtgaact gtgcggggtt aaccactctt
14761 ttatacctat ttgtgttgag tctgtttcgg tagaagttta taggagctga attgttgata
14821 accataataa tgtgttgaaa gagatggggg gacgacctga aaggtgaact tggtggggtc
14881 tgttggttgc tgtagtaagg gggattggga aaggattgta ttggcttggg aggatatacg
14941 gtatgtttct ttattattta ttttactata ggttttatgt tccgggtaag tttgttgttg
15001 ttgggagttg aggatttgtg tggtgagtca ttaggagttc cgtgattgtt gtaaagtggt
15061 tggtgtggtt tgggaattct cctatggagg ctgttaggta tgctgttggg tgtttggttg
15121 ctaatatttg gagtgttgtt gtgttttttg tgactagtcc tgtagtggct gtttggtggc
15181 ttgttaaggg gttttgtggg gttgtggttg gttttgtttg gttttctctc tatgcttttg
15241 aggctgtttt gaatagttta tctaggttta ctggggatgg gtttcaggaa tttgttgtgg
15301 ataatgtgag gtggaatact aagaagtttc tttgaattct gtcaaatcga tataagggtg
15361 ggtagcggtg atttattgct gtttgcgttg actgttttcc actaaccata aggatattgg
15421 aagtttatat ttgatatcag ctttgtgatg gggtttggtg ggtttgtctt taagggttgt
15481 gattcgggcg gagcttggtc atcctggcgg attaatacat aatgatcagt tatactactc
15541 tgtagttacg gctcatgctt ttgtaataat tttttttgtt gttataccgg ctataatggg
15601 gggtattggg aattggcttg ttccgattat gttggggtgt ccagatatag cctttcctcg
15661 tttgaacaat gtgaggtttt ggttattggc aggtgctggg tttttgttgg ggtgatctat
15721 gtttgtggag ggtgggtgtg gtactgggtg aactatttac ccgcctttgt cgagtagtgc
15781 ttttcactca ggggtttctg tggacattct tatcttttct ttacatctgg ctggtctttc
15841 ctctatttta gggtcactaa attttattac gactatttta gggatgcgaa gggatatctt
15901 acgggcagag cgtatgactt tactcgtttg gtctgtgcta tgcactgcgg gtttgattgt
15961 ggcatctttt ccggtattag caggggccat caccatgttg ctaacagatc gtaattttaa
16021 tacctctttc tttgatcctt cggggggggg agatccaatc ctttttatgc atttgttttg
16081 gttttttggg catccggagg tttatatcat tattatccct gcttttgggg ttgtttcgca
16141 tgtgattttg tacttttctg ctaaaaaggt tgtttttggt caattaggta tgatttttgc
16201 aattataggt attggggcga tggggtttgt tgtttggggg catcatatgt ttactgtggg
16261 gttggatgta gatactcggg cttactttac tggggctacg atggtaattg ctatccccac
16321 tgggattaag gtttttaggt gacttagaac aatgattggt tctgctatgc cgttttgacc
16381 tgcgtttttg tggtctttgg ggtttgtttt cttattcact ttaggtggtc ttactggggt
16441 gattttgtcc cactcttctt tggatgttgt tctgcacgac acttactatg ttactgcaca
16501 ctttcattat gtcctaagaa tgggggcccg tgtttggctt gttttctggg ttttgttatt
16561 gatatccggt tatgtttggg gtgactctac accccgttgg cttaaagtgc agttttattt
16621 actttttttg ggggttaatc ttactttttt ccctcagcat tttttggggc ttgctggtat
16681 accccgtcga tgttctgatt atgctggtgt ttattatccg tgaaatgctg tttcttcttg
16741 gggatcgatt ttgtctgtgg tgtctgtgtt ttgattcttg tgttgtgtgt tggagtcgct
16801 tgtttcttgt cgtagcgtgg tttatggcgg ggcattaagt gtgtctattg agtggtgtga
16861 gaatttgttc cctgtggctt ttcactcgta taggcaggtt gctatgggcg ttagagcaga
16921 ggcatgtttg atggaaaggg gggtttgtgg ggtgggtacg agagaag
//

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6楼2013-04-23 09:19:13

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erlei

木虫 (正式写手)

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引用回帖:

4楼: Originally posted by genomelin at 2013-04-23 07:06:38
GO to "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/OrganelleResource.cgi?opt=organelle&taxid=6544"
click "Download"-> "download the list of accessions"-> fileA
GO to ...

附件是上传的99个线粒体基因组的GB文件

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7楼2013-04-23 10:03:13

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137167741

至尊木虫 (著名写手)

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★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 应助指数-1, 谢谢参与，不过回帖更倾向于交流，而不是应助 2013-04-23 07:05:01

第一、什么物种
第二、什么叫“析出”

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总有一天我要修改用户名。

2楼2013-04-22 09:37:32

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erlei

木虫 (正式写手)

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2楼: Originally posted by 137167741 at 2013-04-22 09:37:32
第一、什么物种
第二、什么叫“析出”

双壳纲
析出是就是将十二个编码基因从线粒体全基因组序列中截取下来

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3楼2013-04-22 10:24:48

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erlei

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谢谢！

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5楼2013-04-23 08:47:53

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erlei

木虫 (正式写手)

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wizardfan: 编辑内容 2013-04-24 06:36

引用回帖:

5楼: Originally posted by erlei at 2013-04-23 08:47:53
谢谢！...

Atp6，ATP8，COX1，COX2，COX3，ND1，ND2，ND3，ND4，ND4L，ND5，ND6，16sRNA,12sRNA等基因，各位高手有谁帮忙将这些编码基因截取下来，附件是全基因组GB文件，希望有人可以帮忙做一下！

不好意思，前面电脑卡了，没传上去，这次传上去了

[ Last edited by wizardfan on 2013-4-24 at 06:36 ]

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2013-04-23 10:05:57, 1.21 M

8楼2013-04-23 10:06:25

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genomelin

银虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
erlei: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-24 07:59:48

引用回帖:

8楼: Originally posted by erlei at 2013-04-23 05:06:25
不好意思，前面电脑卡了，没传上去，这次传上去了...

将 tag “gene” 改为 “product”
因为你的文件中有些不是统一的mito GBK格式
推荐只用 NC 类的，其它的有可能有错误
另外NC 类也是有注释错误的，需要你做个简单clustaw，看是不是有的注释到了相反链上

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2013-04-23 17:09:25, 1.69 M

9楼2013-04-23 17:12:49

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erlei

木虫 (正式写手)

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wizardfan: 小木虫的目的是互相提高水平，而不是单纯找人帮忙 2013-04-27 08:26:20

引用回帖:

9楼: Originally posted by genomelin at 2013-04-23 17:12:49
将 tag “gene” 改为 “product”
因为你的文件中有些不是统一的mito GBK格式
推荐只用 NC 类的，其它的有可能有错误
另外NC 类也是有注释错误的，需要你做个简单clustaw，看是不是有的注释到了相反链上...

在麻烦您一下，能不能帮我把这些和上面的一样，也做一下，谢谢

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2013-04-26 10:43:23, 550.56 K

10楼2013-04-26 10:43:07

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