| 查看: 1944 | 回复: 13 | ||
| 本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
求助有关生物信息学的
|
||
| 本人刚接触生物信息学软件，现在老师让我从线粒体基因组全序列中将所有单个的编码基因析出，一个一个的析出太慢了，时间不够，老师自己对这块不懂，让我自己弄，我没学过，希望有人可以指点帮忙 |
回复此楼» 猜你喜欢
化工学硕 285求调剂
已经有29人回复
-
327求调剂
已经有3人回复
-
279学硕食品专业求调剂院校
已经有20人回复
-
材料考研调剂
已经有31人回复
-
271求调剂
已经有28人回复
-
302求调剂
已经有9人回复
-
有没有学校材料专业收跨调(一志愿085410)
已经有14人回复
-
297求调剂
已经有20人回复
-
考研求调剂
已经有8人回复
-
288求调剂，一志愿华南理工大学071005
已经有19人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助 生物信息学考研学校选择
已经有12人回复
- 求助分析蛋白的生物信息学分析方法
已经有8人回复
- [生物信息学] 求助 生物信息学 导师推荐
已经有3人回复
- Perl 生物信息学编程求助，运行出现问题，烦请帮忙查找一下错误，谢谢！
已经有3人回复
- 求助文献！关于基因与酶活性中心关系以及酶活性中心测定文献
已经有5人回复
- 【求助】请教生物信息学方面的专家，一个进化树构建的问题？
已经有10人回复
- 【求助】微生物基因克隆方面的文章能发哪个SCI杂志
已经有23人回复
- 【求助】生物信息学的计算基因组方向怎么样？
已经有3人回复
- 【求助/交流】生物信息学 相关期刊
已经有6人回复
- 【求助/交流】蛋白质与蛋白质的关系研究
已经有12人回复
- 【求助/交流】用MEGA4.0做进化树的问题
已经有14人回复
- 【求助】生物信息学 考博
已经有5人回复
- 【求助/交流】有关MEGA构建进化树
已经有9人回复
- 【求助/交流】生物信息学的文章
已经有5人回复
- 【求助/交流】关于基因克隆写文章的问题
已经有9人回复
- 【求助/交流】求助，生物信息学发展如何
已经有17人回复
- 【求助/交流】请教当前生物信息学的研究前沿？
已经有12人回复
5楼2013-04-23 08:47:53
2楼2013-04-22 09:37:32
3楼2013-04-22 10:24:48
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+10, BioEPI+1, 感谢热心的回答 2013-04-24 06:31:58
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+10, BioEPI+1, 感谢热心的回答 2013-04-24 06:31:58
|
GO to "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/OrganelleResource.cgi?opt=organelle&taxid=6544" click "Download"-> "download the list of accessions"-> fileA GO to "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez" upload the fileA and got the all GBk webpage click "send to" to save file with "Genebank full " -> file B install perl and bioperl package run "perl GetCds.pl fileB FileYouWanted" GetCds.pl : #!/usr/bin/perl use Bio::SeqFeatureI; use Bio:  erl;use Bio::Seq; my %species; @seq=read_all_sequences("$ARGV[0]",'genbank'); $flag=1; foreach $seqobj (@seq) { @features=$seqobj->get_SeqFeatures(); foreach $feat (@features) { if($feat->primary_tag eq 'CDS'){ print "$feat\n"; @name=$feat->get_tag_values('gene'); $name=join "",@name; open OUT,">>$ARGV[1]"; print OUT '>'.$seqobj->desc().$name."\n"; print OUT $feat->seq->seq()."\n"; close OUT; } } } |
4楼2013-04-23 07:06:38
