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genomelin

银虫 (小有名气)

BioEPI: 2
应助: 6 (幼儿园)
金币: 397.3
红花: 3
帖子: 212
在线: 75.8小时
虫号: 301910
注册: 2006-12-02
性别: GG
专业: 基因表达调控与表观遗传学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+10, BioEPI+1, 感谢热心的回答 2013-04-24 06:31:58

GO to "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/OrganelleResource.cgi?opt=organelle&taxid=6544"
click "Download"-> "download the list of accessions"-> fileA
GO to "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez"
upload the fileA and got the all GBk webpage
click "send to" to save file with "Genebank full " -> file B

install perl and bioperl package
run "perl GetCds.pl fileB FileYouWanted"

GetCds.pl :

#!/usr/bin/perl
use Bio::SeqFeatureI;
use Bio:

erl;
use Bio::Seq;

my %species;
@seq=read_all_sequences("$ARGV[0]",'genbank');
$flag=1;
foreach $seqobj (@seq) {
@features=$seqobj->get_SeqFeatures();
foreach $feat (@features) {
if($feat->primary_tag eq 'CDS'){
print "$feat\n";
@name=$feat->get_tag_values('gene');
$name=join "",@name;
open OUT,">>$ARGV[1]";
print OUT '>'.$seqobj->desc().$name."\n";
print OUT $feat->seq->seq()."\n";
close OUT;
}
}
}

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4楼2013-04-23 07:06:38

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