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[求助]
求助有关生物信息学的
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| 本人刚接触生物信息学软件，现在老师让我从线粒体基因组全序列中将所有单个的编码基因析出，一个一个的析出太慢了，时间不够，老师自己对这块不懂，让我自己弄，我没学过，希望有人可以指点帮忙 |
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【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
erlei: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-24 07:59:48
erlei: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-04-24 07:59:48
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将 tag “gene” 改为 “product” 因为你的文件中有些不是统一的mito GBK格式 推荐只用 NC 类的，其它的有可能有错误 另外NC 类也是有注释错误的，需要你做个简单clustaw，看是不是有的注释到了相反链上 |
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2013-04-23 17:09:25, 1.69 M
9楼2013-04-23 17:12:49
2楼2013-04-22 09:37:32
3楼2013-04-22 10:24:48
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+10, BioEPI+1, 感谢热心的回答 2013-04-24 06:31:58
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+10, BioEPI+1, 感谢热心的回答 2013-04-24 06:31:58
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GO to "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/OrganelleResource.cgi?opt=organelle&taxid=6544" click "Download"-> "download the list of accessions"-> fileA GO to "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez" upload the fileA and got the all GBk webpage click "send to" to save file with "Genebank full " -> file B install perl and bioperl package run "perl GetCds.pl fileB FileYouWanted" GetCds.pl : #!/usr/bin/perl use Bio::SeqFeatureI; use Bio:  erl;use Bio::Seq; my %species; @seq=read_all_sequences("$ARGV[0]",'genbank'); $flag=1; foreach $seqobj (@seq) { @features=$seqobj->get_SeqFeatures(); foreach $feat (@features) { if($feat->primary_tag eq 'CDS'){ print "$feat\n"; @name=$feat->get_tag_values('gene'); $name=join "",@name; open OUT,">>$ARGV[1]"; print OUT '>'.$seqobj->desc().$name."\n"; print OUT $feat->seq->seq()."\n"; close OUT; } } } |
4楼2013-04-23 07:06:38
