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pengxin8086

铁杆木虫 (著名写手)


[交流] 【求助】请教生物信息学方面的专家,一个进化树构建的问题?

各位高手,请问我如果知道一组蛋白质序列之间的相似性矩阵,怎么用mega或者phylip软件构建这组蛋白质的进化树?谢谢了!
如下面的这个例子,如果我知道9个不同物质ND5蛋白质序列的相似性矩阵(即距离矩阵),我怎么用MEGA或者PHYLIP软件中(NJ method or UPGMA method)来构建这个进化树。那位专家,如果曾经做过这方面的研究,可以交流一下。我看有好多的文献都用这个方法,但是由于自己没有系统的学习过这方面的知识,都是凭自己看资料或者书籍才慢慢了解的,所以对于这两个软件不是很了解。故在此请教各位高手,先谢谢了!


[ Last edited by pengxin8086 on 2011-4-11 at 22:18 ]
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)


一般不是用相似度文件建树吧,一般是用序列建树的,这些我想要建的话也是建距离树吧,也不太懂……
6楼2011-04-12 10:31:26
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