应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 【求助】请教生物信息学方面的专家，一个进化树构建的问题？
51/1返回列表
查看: 3195  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

pengxin8086

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】请教生物信息学方面的专家，一个进化树构建的问题？

各位高手，请问我如果知道一组蛋白质序列之间的相似性矩阵，怎么用mega或者phylip软件构建这组蛋白质的进化树？谢谢了！
如下面的这个例子，如果我知道9个不同物质ND5蛋白质序列的相似性矩阵（即距离矩阵），我怎么用MEGA或者PHYLIP软件中（NJ method or UPGMA method）来构建这个进化树。那位专家，如果曾经做过这方面的研究，可以交流一下。我看有好多的文献都用这个方法，但是由于自己没有系统的学习过这方面的知识，都是凭自己看资料或者书籍才慢慢了解的，所以对于这两个软件不是很了解。故在此请教各位高手，先谢谢了！


[ Last edited by pengxin8086 on 2011-4-11 at 22:18 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-04-11 22:16:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
一般不是用相似度文件建树吧，一般是用序列建树的，这些我想要建的话也是建距离树吧，也不太懂……
赞一下 回复此楼
6楼2011-04-12 10:31:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

xujian568

至尊木虫 (著名写手)
pengxin8086(金币+3): 谢谢了！我自己也在看PHYLIP相关的软件说明，但是有些地方一直跨不过去。 2011-04-12 09:36:52
虽然也不是很懂。给你一个网站。你可以参考。有部分介绍。
PHYLIP
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/phylip.html
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/neighbor.html
希望给你一些启示。
ps dnd格式文件貌似是这些数据的存放处，研究对比一下，说不定是有突破口的。算法这些有些复杂。

[ Last edited by xujian568 on 2011-4-12 at 01:16 ]
赞一下 回复此楼
3楼2011-04-12 01:13:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linhengmi

金虫 (小有名气)
pengxin8086(金币+20): 谢谢了！ 2011-04-12 19:24:28
不用客气 相互帮忙是应该的
赞一下 回复此楼
7楼2011-04-12 12:28:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linhengmi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wlwabcd at 2011-10-21 10:28:42:
你好，我最近也想做进化树分析，能不能也给我发一份这两个软件和说明书，邮箱：wlwabcd@163.com。我是个生手，刚接触此类分析。谢谢了！

我给你发过去了
回复此楼
9楼2011-10-22 10:52:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 7/350 2026-09-06 11:40 by eObJPa4gWmp6
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 7/350 2026-09-06 11:20 by eObJPa4gWmp6
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题，而不是去凝练问题 +10 瞬息宇宙 2026-09-01 19/950 2026-09-06 11:15 by jiangxuan2004
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 8/400 2026-09-06 11:09 by eObJPa4gWmp6
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-04 7/350 2026-09-06 11:00 by eObJPa4gWmp6
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-04 8/400 2026-09-06 11:00 by eObJPa4gWmp6
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 8/400 2026-09-06 11:00 by eObJPa4gWmp6
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 4/200 2026-09-06 07:20 by E1iiBLMU2XnD
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 7ZYIEW2YWn72 2026-09-04 9/450 2026-09-06 06:00 by E1iiBLMU2XnD
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +8 CRJ0Aq2FtVH0 2026-09-03 15/750 2026-09-06 05:48 by E1iiBLMU2XnD
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 5/250 2026-09-06 02:39 by E1iiBLMU2XnD
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 5/250 2026-09-06 02:19 by E1iiBLMU2XnD
[基金申请] 面上没中，邀请各位路过的虫友分析一下分数 +12 jackleilei 2026-09-03 13/650 2026-09-05 18:10 by fireguard
[文学芳草园] 两块石头 +6 阿美_Lml888 2026-09-03 8/400 2026-09-05 13:52 by 阿美_Lml888
[文学芳草园] 初秋的晨风 +4 阿美_Lml888 2026-09-04 6/300 2026-09-05 13:51 by 阿美_Lml888
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗？ +6 瞬息宇宙 2026-08-31 9/450 2026-09-05 13:11 by haizai99
[博后之家] 广西大学-广州大学招聘博士后 欢迎广大优秀人才！！！ +4 SCSIOyxguo 2026-09-03 7/350 2026-09-05 10:39 by Honglianlian
[硕博家园] Ei源刊怎么投 +4 Fengshun9711 2026-09-04 4/200 2026-09-04 19:30 by 研途知予
[硕博家园] 哈尔滨工业大学韩晓军教授课题组招收2027年硕士推免生及博士研究生 +3 灯灯灯灯DDDD 2026-09-03 3/150 2026-09-03 21:22 by 科研皮皮猪
[基金申请] 要骂人了，新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西，结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭