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pengxin8086

铁杆木虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】请教生物信息学方面的专家，一个进化树构建的问题？

各位高手，请问我如果知道一组蛋白质序列之间的相似性矩阵，怎么用mega或者phylip软件构建这组蛋白质的进化树？谢谢了！
如下面的这个例子，如果我知道9个不同物质ND5蛋白质序列的相似性矩阵（即距离矩阵），我怎么用MEGA或者PHYLIP软件中（NJ method or UPGMA method）来构建这个进化树。那位专家，如果曾经做过这方面的研究，可以交流一下。我看有好多的文献都用这个方法，但是由于自己没有系统的学习过这方面的知识，都是凭自己看资料或者书籍才慢慢了解的，所以对于这两个软件不是很了解。故在此请教各位高手，先谢谢了！

[ Last edited by pengxin8086 on 2011-4-11 at 22:18 ]

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1楼 2011-04-11 22:16:57

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xujian568

至尊木虫 (著名写手)

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pengxin8086(金币+3): 谢谢了！我自己也在看PHYLIP相关的软件说明，但是有些地方一直跨不过去。 2011-04-12 09:36:52

虽然也不是很懂。给你一个网站。你可以参考。有部分介绍。
PHYLIP
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/phylip.html
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/neighbor.html
希望给你一些启示。
ps dnd格式文件貌似是这些数据的存放处，研究对比一下，说不定是有突破口的。算法这些有些复杂。

[ Last edited by xujian568 on 2011-4-12 at 01:16 ]