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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子对接请教
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ww5945

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子对接请教

我是一个分子模拟新手，现在主要是药物分子设计方向。在对接这块，不是太熟悉，我想了解对接的整个步骤和每一个步骤所需要的各个文件~请高手指点~~
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1楼2011-03-23 19:54:05
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happyqilu

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
提供一下软件入门：
同源建模：modeller，swiss-model（在线）
分子对接：autodock，DOCK，DS等，ZDOCK和HEX（蛋白和蛋白对接）
分子动力学：Gromacs，NAMD，AMBER等
以上软件融会贯通即可，如若加上实验，如虎添翼。。。。。。。。。
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7楼2013-03-23 14:32:34
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leirongjian

铁杆木虫 (正式写手)

关于对接的几点建议

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-24 13:00:23
做分子对接主要涉及以下几方面：
1、PDB蛋白复合物的下载及处理
2、目标分子三维结构的准备
3、采用SYBYL或DS等将目标分子与PDB蛋白复合物进行docking
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2楼2011-03-24 09:06:50
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+6): 谢谢 2011-03-27 09:20:43
分子对接，和构效关系一样，在每个实际案例中，都是能适应比较小的范畴，而不应推广到较大的范畴。这有点像分析化学的标准曲线，不同的成分，在吸光度方面的变化呈线性（兰博-比尔定律），只能是在一个有限的浓度范围内。

对受体、配体进行结构优化是有必要的，但没必要过度优化。
因为分子对接的本意，是：
（1）比较一系列结构非常近似的配体，与同一受体的相互作用，或者
（2）同一配体自身，若干“合理”构象，与同一受体的相互作用
从中找出比较“好”的对接姿态和能量。

就能量计算的绝对性来说，分子对接（软件）过程本身，就是一个相当粗略的步骤（分子力学，非量子化学），因此，它的长处是比较相对性，而不是绝对性。

如果哪个配体有个另类的取代基（与其它配体相同位置的取代基差别很大），或者弄个出类拔萃、德艺双馨的构象，分子对接的结果只能是个悲剧。

对接打分函数本身，就是一个统计性的结果而已。可以发明自己的打分函数，比如特别适合含卤素的配体，但请你还是把氟给排除在外吧。
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3楼2011-03-25 17:16:25
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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5楼2011-09-05 18:58:34
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wwb1684楼
2011-08-07 10:45   回复  
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