| 查看: 2038 | 回复: 7 | ||||
[交流]
【求助】分子对接请教
|
||||
| 我是一个分子模拟新手，现在主要是药物分子设计方向。在对接这块，不是太熟悉，我想了解对接的整个步骤和每一个步骤所需要的各个文件~请高手指点~~ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子对接问题锦集 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
» 猜你喜欢
博士读完未来一定会好吗
已经有23人回复
-
导师想让我从独立一作变成了共一第一
已经有7人回复
-
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗
已经有11人回复
-
读博
已经有4人回复
-
JMPT 期刊投稿流程
已经有4人回复
-
心脉受损
已经有5人回复
-
Springer期刊投稿求助
已经有4人回复
-
小论文投稿
已经有3人回复
-
申请2026年博士
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
初学者求助-分子对接 问题
已经有15人回复- AutoDock大分子问题
已经有11人回复
- Amber 分子动力学 求助！！！！
已经有10人回复
- AUTODOCK 分子对接 gpf对接参数问题
已经有10人回复
- 分子对接时配体跟受体分开很远，配体不在受体活性口袋
已经有7人回复
- 请教各位有关分子对接的问题
已经有5人回复
- sybyl做分子对接，画的小分子对接不成功
已经有16人回复
- 用Autodock做药物与BSA的对接，有点问题请教
已经有8人回复
- 同源建模需要准备哪些资料
已经有5人回复
- surflex-dock对接问题
已经有3人回复
- 分子对接及打分函数
已经有12人回复
- 分子对接的免费软件？
已经有10人回复
- 分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做
已经有14人回复
- 做分子对接前选择配体和受体时有什么要求吗？
已经有5人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- 【求助】从同源建模开始，一个完整的分子对接实验需要多久？
已经有7人回复
- 【求助】分子对接软件到底哪个好？
已经有13人回复
- 【讨论】分子对接的基本问题
已经有8人回复
- 【求助】如何实现两个小分子之间的对接？！
已经有15人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
Ei期刊青年编委招募（工程设计方向）
+1/372
-
哈工深国家级青年人才王龙龙教授团队—诚招新能源电池方向博士和硕士研究生
+1/180
-
鲁东大学硕士研究生招生
+1/126
-
桂林理工大学材料科学与工程学院诚聘青年教师
+1/119
-
转录组数据求助
+1/83
-
PhD position in microbiology and plant-pathogen interaction
+1/78
-
广州，征女友
+1/76
-
双一流大学-湘潭大学“电化学能源储存与转换”湖南省重点实验室招生电池方向博士生
+1/69
-
西交利物浦大学黄彪院士招收26年全奖博士生1名（工业智能方向）
+1/34
-
郑州大学农业与生物制造学院博士后招聘
+1/31
-
校长团队招博士生和博士后
+1/31
-
论文即将投出，求发表，求祝福，传递好运
+1/31
-
浙江农林大学森林食物资源挖掘与利用全国重点实验室2026年博士生招生
+1/29
-
天津医科大学基础医学院张恒课题组博士后招聘
+1/21
-
东江实验室招聘~本科及以上可报~急聘！
+1/5
-
招收26年秋季入学博士生（北科大高精尖学院 力学超材料/机器学习/增材制造相关方向）
+1/4
-
天津大学建工学院课题组诚招2026级博士研究生
+1/4
-
海南大学化学院 招聘 材料与电化学方向——研究助理，博士（2026年入学）
+1/1
-
上海大学长江学者钟云波教授团队招收外场冶金或材料加工方向2026年博士研究生
+1/1
-
北理工柔性电子国家杰青团队招【博士后】【科研助理（读博意向）】
+1/1
2楼2011-03-24 09:06:50
★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+6): 谢谢 2011-03-27 09:20:43
ghcacj(金币+6): 谢谢 2011-03-27 09:20:43
|
分子对接，和构效关系一样，在每个实际案例中，都是能适应比较小的范畴，而不应推广到较大的范畴。这有点像分析化学的标准曲线，不同的成分，在吸光度方面的变化呈线性（兰博-比尔定律），只能是在一个有限的浓度范围内。 对受体、配体进行结构优化是有必要的，但没必要过度优化。 因为分子对接的本意，是： （1）比较一系列结构非常近似的配体，与同一受体的相互作用，或者 （2）同一配体自身，若干“合理”构象，与同一受体的相互作用 从中找出比较“好”的对接姿态和能量。 就能量计算的绝对性来说，分子对接（软件）过程本身，就是一个相当粗略的步骤（分子力学，非量子化学），因此，它的长处是比较相对性，而不是绝对性。 如果哪个配体有个另类的取代基（与其它配体相同位置的取代基差别很大），或者弄个出类拔萃、德艺双馨的构象，分子对接的结果只能是个悲剧。 对接打分函数本身，就是一个统计性的结果而已。可以发明自己的打分函数，比如特别适合含卤素的配体，但请你还是把氟给排除在外吧。 |
3楼2011-03-25 17:16:25
5楼2011-09-05 18:58:34
7楼2013-03-23 14:32:34
8楼2016-07-09 23:13:00
简单回复
wwb1684楼
2011-08-07 10:45
回复
送鲜花一朵
wwb1686楼
2012-04-27 11:06
回复
送鲜花一朵