| 查看: 2123 | 回复: 7 | ||||
[交流]
【求助】分子对接请教
|
||||
| 我是一个分子模拟新手，现在主要是药物分子设计方向。在对接这块，不是太熟悉，我想了解对接的整个步骤和每一个步骤所需要的各个文件~请高手指点~~ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子对接问题锦集 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
» 猜你喜欢
磺酰氟产物，毕不了业了！
已经有8人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有10人回复
-
26申博（荧光探针方向，有机合成）
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有3人回复
-
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有26人回复
-
2026年机械制造与材料应用国际会议 （ICMMMA 2026）
已经有4人回复
-
Cas 72-43-5需要30g，定制合成，能接单的留言
已经有8人回复
-
北京211副教授，35岁，想重新出发，去国外做博后，怎么样？
已经有8人回复
-
自荐读博
已经有3人回复
-
不自信的我
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 初学者求助-分子对接 问题
已经有15人回复
- AutoDock大分子问题
已经有11人回复
- Amber 分子动力学 求助！！！！
已经有10人回复
- AUTODOCK 分子对接 gpf对接参数问题
已经有10人回复
- 分子对接时配体跟受体分开很远，配体不在受体活性口袋
已经有7人回复
- 请教各位有关分子对接的问题
已经有5人回复
- sybyl做分子对接，画的小分子对接不成功
已经有16人回复
- 用Autodock做药物与BSA的对接，有点问题请教
已经有8人回复
- 同源建模需要准备哪些资料
已经有5人回复
- surflex-dock对接问题
已经有3人回复
- 分子对接及打分函数
已经有12人回复
- 分子对接的免费软件？
已经有10人回复
- 分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做
已经有14人回复
- 做分子对接前选择配体和受体时有什么要求吗？
已经有5人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- 【求助】从同源建模开始，一个完整的分子对接实验需要多久？
已经有7人回复
- 【求助】分子对接软件到底哪个好？
已经有13人回复
- 【讨论】分子对接的基本问题
已经有8人回复
- 【求助】如何实现两个小分子之间的对接？！
已经有15人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
散金
+5/810
-
北京理工大学郑长松教授课题组诚招2026年秋季博士/硕士研究生
+3/362
-
双一流南京医科大学招计算机、AI、统计、生物信息等方向26年9月入学博士
+1/177
-
北京-89175-事业单位-诚征女友
+1/85
-
科瑞赛生物内皮细胞培养基试用装限时大放送，助力你的实验高效进阶！
+1/84
-
DNA甲基化位点定量试剂盒（qPCR版）-适合特定基因位点5mC定量检测
+1/84
-
上海师范大学生物医用材料方向招收2026级博士研究生
+1/84
-
南京理工大学曾海波/李伟金 招聘博士后（电磁响应：介电调控等方向）
+1/79
-
上海大学昝鹏教授、军事医学研究院伯晓晨研究员/倪铭副研究员 课题组招聘博士生
+1/77
-
坐标济南，山东农科院招 有机合成 or 药物化学 联培硕士研究生
+1/37
-
依旧想念
+4/36
-
SCI，计算机相关可以写
+1/22
-
征女友 @长安
+1/21
-
香港科技大学 Abhishek Kumar Srivastava 教授课题组 招收博士生
+2/6
-
2026 博士自荐-机器人机构学方向
+1/6
-
液晶拓扑光子学博士招生（电子科技大学）
+1/6
-
上海理工顾敏院士/李蔚团队招收2026级博士研究生 （集成光学、量子信息方向）
+1/6
-
求博导收留
+1/5
-
中科院动物所招收2026年博士生（优先少干专项计划、化学或生命科学背景）
+1/3
-
海南大学化学院—功能分子器件团队博士后招聘
+1/2
2楼2011-03-24 09:06:50
★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+6): 谢谢 2011-03-27 09:20:43
ghcacj(金币+6): 谢谢 2011-03-27 09:20:43
|
分子对接，和构效关系一样，在每个实际案例中，都是能适应比较小的范畴，而不应推广到较大的范畴。这有点像分析化学的标准曲线，不同的成分，在吸光度方面的变化呈线性（兰博-比尔定律），只能是在一个有限的浓度范围内。 对受体、配体进行结构优化是有必要的，但没必要过度优化。 因为分子对接的本意，是： （1）比较一系列结构非常近似的配体，与同一受体的相互作用，或者 （2）同一配体自身，若干“合理”构象，与同一受体的相互作用 从中找出比较“好”的对接姿态和能量。 就能量计算的绝对性来说，分子对接（软件）过程本身，就是一个相当粗略的步骤（分子力学，非量子化学），因此，它的长处是比较相对性，而不是绝对性。 如果哪个配体有个另类的取代基（与其它配体相同位置的取代基差别很大），或者弄个出类拔萃、德艺双馨的构象，分子对接的结果只能是个悲剧。 对接打分函数本身，就是一个统计性的结果而已。可以发明自己的打分函数，比如特别适合含卤素的配体，但请你还是把氟给排除在外吧。 |
3楼2011-03-25 17:16:25
5楼2011-09-05 18:58:34
7楼2013-03-23 14:32:34
8楼2016-07-09 23:13:00
简单回复
wwb1684楼
2011-08-07 10:45
回复
送鲜花一朵
wwb1686楼
2012-04-27 11:06
回复
送鲜花一朵