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【求助】分子对接请教
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| 我是一个分子模拟新手，现在主要是药物分子设计方向。在对接这块，不是太熟悉，我想了解对接的整个步骤和每一个步骤所需要的各个文件~请高手指点~~ |
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ghcacj(金币+6): 谢谢 2011-03-27 09:20:43
ghcacj(金币+6): 谢谢 2011-03-27 09:20:43
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分子对接，和构效关系一样，在每个实际案例中，都是能适应比较小的范畴，而不应推广到较大的范畴。这有点像分析化学的标准曲线，不同的成分，在吸光度方面的变化呈线性（兰博-比尔定律），只能是在一个有限的浓度范围内。 对受体、配体进行结构优化是有必要的，但没必要过度优化。 因为分子对接的本意，是： （1）比较一系列结构非常近似的配体，与同一受体的相互作用，或者 （2）同一配体自身，若干“合理”构象，与同一受体的相互作用 从中找出比较“好”的对接姿态和能量。 就能量计算的绝对性来说，分子对接（软件）过程本身，就是一个相当粗略的步骤（分子力学，非量子化学），因此，它的长处是比较相对性，而不是绝对性。 如果哪个配体有个另类的取代基（与其它配体相同位置的取代基差别很大），或者弄个出类拔萃、德艺双馨的构象，分子对接的结果只能是个悲剧。 对接打分函数本身，就是一个统计性的结果而已。可以发明自己的打分函数，比如特别适合含卤素的配体，但请你还是把氟给排除在外吧。 |
3楼2011-03-25 17:16:25
7楼2013-03-23 14:32:34
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wwb1684楼
2011-08-07 10:45
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