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ww5945

铁杆木虫 (正式写手)


[交流] 【求助】分子对接请教

我是一个分子模拟新手,现在主要是药物分子设计方向。在对接这块,不是太熟悉,我想了解对接的整个步骤和每一个步骤所需要的各个文件~请高手指点~~
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chemozhang

木虫 (正式写手)


帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集
5楼2011-09-05 18:58:34
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leirongjian

铁杆木虫 (正式写手)


关于对接的几点建议

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-24 13:00:23
做分子对接主要涉及以下几方面:
1、PDB蛋白复合物的下载及处理
2、目标分子三维结构的准备
3、采用SYBYL或DS等将目标分子与PDB蛋白复合物进行docking
2楼2011-03-24 09:06:50
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★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+6): 谢谢 2011-03-27 09:20:43
分子对接,和构效关系一样,在每个实际案例中,都是能适应比较小的范畴,而不应推广到较大的范畴。这有点像分析化学的标准曲线,不同的成分,在吸光度方面的变化呈线性(兰博-比尔定律),只能是在一个有限的浓度范围内。

对受体、配体进行结构优化是有必要的,但没必要过度优化。
因为分子对接的本意,是:
(1)比较一系列结构非常近似的配体,与同一受体的相互作用,或者
(2)同一配体自身,若干“合理”构象,与同一受体的相互作用
从中找出比较“好”的对接姿态和能量。

就能量计算的绝对性来说,分子对接(软件)过程本身,就是一个相当粗略的步骤(分子力学,非量子化学),因此,它的长处是比较相对性,而不是绝对性。

如果哪个配体有个另类的取代基(与其它配体相同位置的取代基差别很大),或者弄个出类拔萃、德艺双馨的构象,分子对接的结果只能是个悲剧。

对接打分函数本身,就是一个统计性的结果而已。可以发明自己的打分函数,比如特别适合含卤素的配体,但请你还是把氟给排除在外吧。
3楼2011-03-25 17:16:25
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happyqilu

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
提供一下软件入门:
同源建模:modeller,swiss-model(在线)
分子对接:autodock,DOCK,DS等,ZDOCK和HEX(蛋白和蛋白对接)
分子动力学:Gromacs,NAMD,AMBER等
以上软件融会贯通即可,如若加上实验,如虎添翼。。。。。。。。。
7楼2013-03-23 14:32:34
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简单回复
wwb1684楼
2011-08-07 10:45   回复  
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