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【求助】分子对接请教
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| 我是一个分子模拟新手,现在主要是药物分子设计方向。在对接这块,不是太熟悉,我想了解对接的整个步骤和每一个步骤所需要的各个文件~请高手指点~~ |
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ghcacj(金币+6): 谢谢 2011-03-27 09:20:43
ghcacj(金币+6): 谢谢 2011-03-27 09:20:43
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分子对接,和构效关系一样,在每个实际案例中,都是能适应比较小的范畴,而不应推广到较大的范畴。这有点像分析化学的标准曲线,不同的成分,在吸光度方面的变化呈线性(兰博-比尔定律),只能是在一个有限的浓度范围内。 对受体、配体进行结构优化是有必要的,但没必要过度优化。 因为分子对接的本意,是: (1)比较一系列结构非常近似的配体,与同一受体的相互作用,或者 (2)同一配体自身,若干“合理”构象,与同一受体的相互作用 从中找出比较“好”的对接姿态和能量。 就能量计算的绝对性来说,分子对接(软件)过程本身,就是一个相当粗略的步骤(分子力学,非量子化学),因此,它的长处是比较相对性,而不是绝对性。 如果哪个配体有个另类的取代基(与其它配体相同位置的取代基差别很大),或者弄个出类拔萃、德艺双馨的构象,分子对接的结果只能是个悲剧。 对接打分函数本身,就是一个统计性的结果而已。可以发明自己的打分函数,比如特别适合含卤素的配体,但请你还是把氟给排除在外吧。 |
3楼2011-03-25 17:16:25
2楼2011-03-24 09:06:50
5楼2011-09-05 18:58:34
7楼2013-03-23 14:32:34
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wwb1684楼
2011-08-07 10:45
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