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[交流]
【求助】Molekel查看分子时如何获得三维尺寸
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最近需要知道一个配合物分子的三维尺寸 看到有文章用了Molekel这个软件，将分子框在一个长方体中， 给出了长方体的长、宽、高 自己弄了下，现在把分子导入了软件，可以看，但不知道这三个尺寸如何获得， 还望高人指点，先谢谢了！ 附上分子结构和图  |
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mland(金币+15):多谢高手，开始找了个4.3打不开，所以去了官网，哪知还这样啊！不知可否发一份给我 2010-11-16 18:58:12
mland(金币+5):再次感谢 2010-11-16 19:11:45
mland(金币+5):再次感谢 2010-11-16 19:11:45
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看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Molekel4.3，可用下述方法获得BOX的尺寸： 1. 将分子转到惯性主轴坐标系中。如果不知道怎么转，可用Gaussian03/09随便做个单点计算，输出文件中查找“Standard Orientations”，其下的直角坐标就是惯性主轴坐标系中的分子坐标。 2. 分别在±X、±Y和±Z 六个方向上查找最边上的原子，设其坐标和van der Waals半径如下表第一、二列所示，则BOX的尺度如下表第三列所示： 坐标 vdW BOX的尺度（单位是Angstroms） -X1 R1 X2 R2 ==》 X方向的长度为 Lx = X2+X1+R1+R2+1.0 -Y1 R3 Y2 R4 ==》 Y方向的长度为 Ly = Y2+Y1+R3+R4+1.0 -Z1 R5 Z2 R6 ==》 Z方向的长度为 Lz = Z2+Z1+R5+R6+1.0 注意，BOX的尺度计算中额外多加了1.0埃（即每边多加0.5埃），这是惯例。Molekel遵守这一惯例。 [ Last edited by ykwang on 2010-11-16 at 18:52 ] |
2楼2010-11-16 18:50:37
3楼2010-11-16 18:59:15
4楼2010-11-16 19:32:18
5楼2010-11-16 20:49:06
6楼2010-11-16 21:12:27
7楼2010-11-16 21:22:33
8楼2010-11-16 21:54:19
9楼2010-11-17 10:44:33
10楼2010-11-26 13:51:56
11楼2010-11-26 15:20:01
12楼2010-11-26 18:07:55
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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很简单，只需把log文件中以下信息里的 ****************************************** Gaussian 03: EM64T-G03RevD.02 1-Mar-2006 29-May-2008 ****************************************** Gaussian 03改为Gaussian 98即可，因为Molekel是根据这个信息来定位分子坐标的（当时Gaussian03还没出来呢）。 [ Last edited by ykwang on 2010-11-26 at 20:34 ] |
13楼2010-11-26 20:32:28
14楼2010-11-26 21:04:36
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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您好，之前看到您对于在“Molekel查看分子时如何获得三维尺寸”的问题中的详细解答，学到不少东西，我也安装了Molekel4.3，想算一下苯分子和其他的分子的三围尺寸，我把苯分子在MS5.5里面用GGA的BLYP进行了几何优化，并把结果文件输出了pdb格式的，并导入到Molekel4.3中： （1）为啥盒子的颜色是蓝色的，可以只是在外围的几条白线围城的盒子么？ （2）按您说的，我用计算打开的"compute的adjust box“，是不是利用Xmin和Xmax的差值即为a值，Y的差值为b，Z的差值为c？我减了一下和资料上的差别有点大，不知道为什么。 （3）我在MS中优化好了之后，导入进Molekel4.3中，仅只有一个双键了，不知道为何？ 谢谢了~ |
15楼2013-04-30 17:18:33
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您好，之前看到您对于在“Molekel查看分子时如何获得三维尺寸”的问题中的详细解答，学到不少东西，我也安装了Molekel4.3，想算一下苯分子和其他的分子的三围尺寸，我把苯分子在MS5.5里面用GGA的BLYP进行了几何优化，并把结果文件输出了pdb格式的，并导入到Molekel4.3中： （1）为啥盒子的颜色是蓝色的，可以只是在外围的几条白线围城的盒子么？ （2）按您说的，我用计算打开的"compute的adjust box“，是不是利用Xmin和Xmax的差值即为a值，Y的差值为b，Z的差值为c？我减了一下和资料上的差别有点大，不知道为什么。 （3）我在MS中优化好了之后，导入进Molekel4.3中，仅只有一个双键了，不知道为何？ 谢谢了~ |
16楼2013-04-30 17:19:00
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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您好，之前看到您对于在“Molekel查看分子时如何获得三维尺寸”的问题中的详细解答，学到不少东西，我也安装了Molekel4.3，想算一下苯分子和其他的分子的三围尺寸，我把苯分子在MS5.5里面用GGA的BLYP进行了几何优化，并把结果文件输出了pdb格式的，并导入到Molekel4.3中： （1）为啥盒子的颜色是蓝色的，可以只是在外围的几条白线围城的盒子么？ （2）按您说的，我用计算打开的"compute的adjust box“，是不是利用Xmin和Xmax的差值即为a值，Y的差值为b，Z的差值为c？我减了一下和资料上的差别有点大，不知道为什么。 （3）我在MS中优化好了之后，导入进Molekel4.3中，仅只有一个双键了，不知道为何？ 谢谢了~  QQ截图20130430171021.png  QQ截图20130430172038.png |
17楼2013-04-30 17:21:01
