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【求助】Molekel查看分子时如何获得三维尺寸
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最近需要知道一个配合物分子的三维尺寸 看到有文章用了Molekel这个软件,将分子框在一个长方体中, 给出了长方体的长、宽、高 自己弄了下,现在把分子导入了软件,可以看,但不知道这三个尺寸如何获得, 还望高人指点,先谢谢了! 附上分子结构和图 |
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5楼2010-11-16 20:49:06
mland(金币+15):多谢高手,开始找了个4.3打不开,所以去了官网,哪知还这样啊!不知可否发一份给我 2010-11-16 18:58:12
mland(金币+5):再次感谢 2010-11-16 19:11:45
mland(金币+5):再次感谢 2010-11-16 19:11:45
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看来你用的是Molekel5.4(这个版本很不好),所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3,可点鼠标右键,在弹出菜单中选Compute→Adjust Box,就会显示BOX的尺度了(在必要时还允许调整)。如果没有Molekel4.3,可用下述方法获得BOX的尺寸: 1. 将分子转到惯性主轴坐标系中。如果不知道怎么转,可用Gaussian03/09随便做个单点计算,输出文件中查找“Standard Orientations”,其下的直角坐标就是惯性主轴坐标系中的分子坐标。 2. 分别在±X、±Y和±Z 六个方向上查找最边上的原子,设其坐标和van der Waals半径如下表第一、二列所示,则BOX的尺度如下表第三列所示: 坐标 vdW BOX的尺度(单位是Angstroms) -X1 R1 X2 R2 ==》 X方向的长度为 Lx = X2+X1+R1+R2+1.0 -Y1 R3 Y2 R4 ==》 Y方向的长度为 Ly = Y2+Y1+R3+R4+1.0 -Z1 R5 Z2 R6 ==》 Z方向的长度为 Lz = Z2+Z1+R5+R6+1.0 注意,BOX的尺度计算中额外多加了1.0埃(即每边多加0.5埃),这是惯例。Molekel遵守这一惯例。 [ Last edited by ykwang on 2010-11-16 at 18:52 ] |
2楼2010-11-16 18:50:37
3楼2010-11-16 18:59:15
4楼2010-11-16 19:32:18














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