应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 【求助】Molekel查看分子时如何获得三维尺寸
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
171/1返回列表
查看: 2652  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

mland

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】Molekel查看分子时如何获得三维尺寸

最近需要知道一个配合物分子的三维尺寸
看到有文章用了Molekel这个软件，将分子框在一个长方体中，
给出了长方体的长、宽、高
自己弄了下，现在把分子导入了软件，可以看，但不知道这三个尺寸如何获得，
还望高人指点，先谢谢了！

附上分子结构和图
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

收藏 Gaussian学习

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-11-16 17:51:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ykwang

金虫 (正式写手)
mland(金币+15):多谢高手，开始找了个4.3打不开，所以去了官网，哪知还这样啊！不知可否发一份给我 2010-11-16 18:58:12
mland(金币+5):再次感谢 2010-11-16 19:11:45
看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Molekel4.3，可用下述方法获得BOX的尺寸：

1.  将分子转到惯性主轴坐标系中。如果不知道怎么转，可用Gaussian03/09随便做个单点计算，输出文件中查找“Standard Orientations”，其下的直角坐标就是惯性主轴坐标系中的分子坐标。
2. 分别在±X、±Y和±Z 六个方向上查找最边上的原子，设其坐标和van der Waals半径如下表第一、二列所示，则BOX的尺度如下表第三列所示：

    坐标   vdW                     BOX的尺度（单位是Angstroms）

     -X1      R1
        X2       R2        ==》   X方向的长度为 Lx = X2+X1+R1+R2+1.0
       -Y1       R3
        Y2       R4       ==》   Y方向的长度为 Ly = Y2+Y1+R3+R4+1.0
        -Z1      R5
         Z2      R6       ==》   Z方向的长度为 Lz = Z2+Z1+R5+R6+1.0

注意，BOX的尺度计算中额外多加了1.0埃（即每边多加0.5埃），这是惯例。Molekel遵守这一惯例。

[ Last edited by ykwang on 2010-11-16 at 18:52 ]
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-11-16 18:50:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

mland

木虫 (著名写手)
立马卸载这个版本
赞一下 回复此楼
3楼2010-11-16 18:59:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duanya061

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
Molekel5.4版本在Surfaces->Electron Density下可以看Bonding Box的dx、dy和dz。也是可以调的！
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-11-16 19:32:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ykwang

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mland(金币+3):多谢帮助，请问用什么软件计算分子大小比较可靠 2010-11-16 21:17:59
引用回帖:
Originally posted by duanya061 at 2010-11-16 19:32:18:
Molekel5.4版本在Surfaces->Electron Density下可以看Bonding Box的dx、dy和dz。也是可以调的！

Molekel5.4版本Electron Density下的dx、dy和dz与上面说的不是一回事。如果你只有分子坐标而没有电子密度，这些量都不能调整。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-11-16 20:49:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duanya061

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mland(金币+2):多谢讨论，请问平时都用什么软件计算分子大小 2010-11-16 21:19:23
引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-11-16 20:49:06:


Molekel5.4版本Electron Density下的dx、dy和dz与上面说的不是一回事。如果你只有分子坐标而没有电子密度，这些量都不能调整。

哦！没考虑那么多！呵呵~~学习啦！
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-11-16 21:12:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mland

木虫 (著名写手)
如果分子结构不用Gaussian优化，是不是用Molekel得到的尺寸偏差比较大啊
我只是用Chem3D的MM2 能量最小简单地处理了下

还有，在Chem3D中用键长和键角近似计算分子的尺寸是不是很不靠谱啊？

[ Last edited by mland on 2010-11-16 at 21:26 ]
赞一下 回复此楼
7楼2010-11-16 21:22:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ykwang

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
heyo_123(金币+5):你的评论太精彩了。 2010-11-26 13:59:28
引用回帖:
Originally posted by mland at 2010-11-16 21:22:33:
如果分子结构不用Gaussian优化，是不是用Molekel得到的尺寸偏差比较大啊
我只是用Chem3D的MM2 能量最小简单地处理了下
还有，在Chem3D中用键长和键角近似计算分子的尺寸是不是很不靠谱啊？
[ Last edited ...

当然，如果有Gaussian03/DFT优化的几何结果会更可靠。不过，催化分析中用到的分子体积等概念是很粗糙的，即使用半经验MO方法优化的分子坐标对此类应用来说也就足够了。同理，MM2的结果虽比不上半经验MO结果，但我认为也是可以接受的。
赞一下(3人) 回复此楼
8楼2010-11-16 21:54:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mland

木虫 (著名写手)
谢谢详细解答
回复此楼
9楼2010-11-17 10:44:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duanya061

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-11-16 18:50:37:
看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Moleke ...

想请教一下，为什么用Molekel4.3版本打开dimer时，分子连在一起了呢？不是空间的而是平面的呢？
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2010-11-26 13:51:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ykwang

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by duanya061 at 2010-11-26 13:51:56:

想请教一下，为什么用Molekel4.3版本打开dimer时，分子连在一起了呢？不是空间的而是平面的呢？

可能是你在打开分子坐标时指定的格式选项不对。如果分子坐标是直角坐标，Molekel4.3的缺省格式选项为%s%f%f%f，即第一列是元素符号，后三列为X,Y,Z坐标。如果你的坐标文件不是这一格式，比如说第一列是原子序数，后三列为X,Y,Z，那么格式选项应该选%d%f%f%f。
赞一下(1人) 回复此楼
11楼2010-11-26 15:20:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duanya061

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-11-26 15:20:01:


可能是你在打开分子坐标时指定的格式选项不对。如果分子坐标是直角坐标，Molekel4.3的缺省格式选项为%s%f%f%f，即第一列是元素符号，后三列为X,Y,Z坐 ...

这样是可以的，但是我想打开的是gaussian log 文件，打开后就是连在一起的了，这是为什么呢啊？
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2010-11-26 18:07:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ykwang

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by duanya061 at 2010-11-26 18:07:55:

这样是可以的，但是我想打开的是gaussian log 文件，打开后就是连在一起的了，这是为什么呢啊？

很简单，只需把log文件中以下信息里的
******************************************
Gaussian 03:  EM64T-G03RevD.02  1-Mar-2006
                29-May-2008
******************************************
Gaussian 03改为Gaussian 98即可，因为Molekel是根据这个信息来定位分子坐标的（当时Gaussian03还没出来呢）。

[ Last edited by ykwang on 2010-11-26 at 20:34 ]
赞一下(1人) 回复此楼
13楼2010-11-26 20:32:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duanya061

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-11-26 20:32:28:


很简单，只需把log文件中以下信息里的
******************************************
Gaussian 03:  EM64T-G03RevD.02  1-Mar-2006
                29-May-2008
*************************** ...

哦！原来如此啊！非常感谢！
赞一下(1人) 回复此楼
14楼2010-11-26 21:04:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingtao

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by ykwang at 2010-11-16 18:50:37
看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Molekel4 ...

您好，之前看到您对于在“Molekel查看分子时如何获得三维尺寸”的问题中的详细解答，学到不少东西，我也安装了Molekel4.3，想算一下苯分子和其他的分子的三围尺寸，我把苯分子在MS5.5里面用GGA的BLYP进行了几何优化，并把结果文件输出了pdb格式的，并导入到Molekel4.3中：
（1）为啥盒子的颜色是蓝色的，可以只是在外围的几条白线围城的盒子么？
（2）按您说的，我用计算打开的"compute的adjust box“，是不是利用Xmin和Xmax的差值即为a值，Y的差值为b，Z的差值为c？我减了一下和资料上的差别有点大，不知道为什么。
（3）我在MS中优化好了之后，导入进Molekel4.3中，仅只有一个双键了，不知道为何？
谢谢了~
赞一下 回复此楼
15楼2013-04-30 17:18:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingtao

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ykwang at 2010-11-16 18:50:37
看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Molekel4 ...

您好，之前看到您对于在“Molekel查看分子时如何获得三维尺寸”的问题中的详细解答，学到不少东西，我也安装了Molekel4.3，想算一下苯分子和其他的分子的三围尺寸，我把苯分子在MS5.5里面用GGA的BLYP进行了几何优化，并把结果文件输出了pdb格式的，并导入到Molekel4.3中：
（1）为啥盒子的颜色是蓝色的，可以只是在外围的几条白线围城的盒子么？
（2）按您说的，我用计算打开的"compute的adjust box“，是不是利用Xmin和Xmax的差值即为a值，Y的差值为b，Z的差值为c？我减了一下和资料上的差别有点大，不知道为什么。
（3）我在MS中优化好了之后，导入进Molekel4.3中，仅只有一个双键了，不知道为何？
谢谢了~
赞一下 回复此楼
16楼2013-04-30 17:19:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingtao

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by ykwang at 2010-11-16 18:50:37
看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Molekel4 ...

您好，之前看到您对于在“Molekel查看分子时如何获得三维尺寸”的问题中的详细解答，学到不少东西，我也安装了Molekel4.3，想算一下苯分子和其他的分子的三围尺寸，我把苯分子在MS5.5里面用GGA的BLYP进行了几何优化，并把结果文件输出了pdb格式的，并导入到Molekel4.3中：
（1）为啥盒子的颜色是蓝色的，可以只是在外围的几条白线围城的盒子么？
（2）按您说的，我用计算打开的"compute的adjust box“，是不是利用Xmin和Xmax的差值即为a值，Y的差值为b，Z的差值为c？我减了一下和资料上的差别有点大，不知道为什么。
（3）我在MS中优化好了之后，导入进Molekel4.3中，仅只有一个双键了，不知道为何？
谢谢了~

QQ截图20130430171021.png



QQ截图20130430172038.png
赞一下 回复此楼
17楼2013-04-30 17:21:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mland 的主题更新
171/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂，一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +6 @taotao 2026-03-26 7/350 2026-03-30 10:43 by 我是小康
[考研] 311求调剂 +10 lin0039 2026-03-26 10/500 2026-03-30 10:26 by herarysara
[考研] 0856求调剂 +8 楒桉 2026-03-28 8/400 2026-03-30 10:00 by wzy-lxz
[考研] 295求调剂 +5 wei-5 2026-03-26 5/250 2026-03-30 08:34 by 探123
[考研] 317分 一志愿南理工材料工程 本科湖工大 求调剂 +10 芋泥小铃铛 2026-03-28 10/500 2026-03-29 20:51 by 无际的草原
[考研] 329求调剂，一志愿西北工业大学，材料工程（085601） +4 小小机灵虫 2026-03-29 10/500 2026-03-29 18:20 by 无际的草原
[考研] 一志愿南昌大学324求调剂 +5 hanamiko 2026-03-29 5/250 2026-03-29 16:46 by 学员8dgXkO
[考研] 316求调剂 +7 江辞666 2026-03-26 7/350 2026-03-28 21:28 by sanrepian
[考研] 343求调剂 +5 爱羁绊 2026-03-28 5/250 2026-03-28 20:53 by 唐沐儿
[考研] 312，生物学求调剂 +3 小译同学abc 2026-03-28 3/150 2026-03-28 15:32 by 落睿可思
[考研] 药学105500求调剂 +3 Ssun。。 2026-03-28 3/150 2026-03-28 11:24 by lxf170613
[材料工程] 一志愿C9材料与化工专业总分300求调剂 +8 曼111 2026-03-24 9/450 2026-03-28 07:58 by YYYYX1234
[考研] 291求调剂 +6 HanBeiNingZC 2026-03-24 6/300 2026-03-28 07:55 by baoball
[考研] 295求调剂 +5 1428151015 2026-03-27 6/300 2026-03-28 04:04 by fmesaito
[考研] 085600材料与化工调剂 +10 A-哆啦Z梦 2026-03-23 16/800 2026-03-27 15:13 by caszguilin
[考研] 调剂 +3 李嘉图·S·路 2026-03-27 3/150 2026-03-27 11:19 by wangjy2002
[考研] 085602 289分求调剂 +8 WWW西西弗斯 2026-03-24 8/400 2026-03-26 16:33 by 不吃魚的貓
[考研] 26考研-291分-厦门大学（085601）-柔性电子学院材料工程专业求调剂 +3 min3 2026-03-24 4/200 2026-03-25 18:22 by xcjcqu
[考研] 材料专硕331求调剂 +4 鲜当牛 2026-03-24 4/200 2026-03-24 15:58 by JourneyLucky
[考研] 求老师收我 +3 zzh16938784 2026-03-23 3/150 2026-03-23 12:56 by ztnimte
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭