| 查看: 2653 | 回复: 16 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
[交流]
【求助】Molekel查看分子时如何获得三维尺寸
|
|||||
|
最近需要知道一个配合物分子的三维尺寸 看到有文章用了Molekel这个软件，将分子框在一个长方体中， 给出了长方体的长、宽、高 自己弄了下，现在把分子导入了软件，可以看，但不知道这三个尺寸如何获得， 还望高人指点，先谢谢了！ 附上分子结构和图  |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 收藏 | Gaussian学习 |
» 猜你喜欢
求助火焰封管的时候管子炸了
已经有1人回复
-
已知面上挂了，小学校实验方向无平台，感觉太难了
已经有26人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有79人回复
-
求助各位大佬，球球了，在这科萨头
已经有0人回复
-
请问四氢呋喃溶解的聚合物用甲醇沉淀时，如何使沉淀过程加速？
已经有2人回复
-
Chemical Bonding at Surfaces and Interfaces,最经典的一本表面上化学相互作用教材
已经有0人回复
-
诚邀有志之士加入江苏大学环境学院合成生物学课题组！(长期接收学硕专硕、硕博连读)
已经有16人回复
-
一志愿南大理论与计算化学方向（070300）342分，求调剂
已经有1人回复
-
欢迎化学、化工、物理、材料、或计算机背景的考研咨询
已经有0人回复
-
招生材料与化工、环境科学调剂研究生
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- ChIP难道低级到可以这样做吗？
已经有9人回复
- rt-pcr电泳图，求好心虫友帮助分析一下，跪谢。。。
已经有14人回复
- 测酶活中的缓冲液怎么配制
已经有11人回复
- 清华大学红外光谱
已经有325人回复
- 用PCR扩增后的DNA如何测序？不能直接用PCR就知道是什么菌种之类的吧？
已经有6人回复
- 求助一种高分子材料。。
已经有23人回复
- 分子合成需要掌握哪些实验室技术，以及分析技术
已经有15人回复
- 怎样比较完全地提取土壤中的微生物？
已经有15人回复
- 用Multiwfn、Gaussview、Molekel、VMD观看龙虾、盆景、骨盆、大脑
已经有16人回复
- 求助蛋白质分子三维尺寸
已经有12人回复
- 大家讨论一下生物界中存在的酶（三维空间尺寸）最小的是哪一个
已经有12人回复
- 谈谈Molekel做静电势填色等值面图的方法及误区
已经有50人回复
- 【求助/交流】分光光度计测出的吸光值如何计算CAT,APX,POD？
已经有11人回复
- 【求助】求MOLEKEL 4.3 Windows 版本，谢谢
已经有9人回复
- 【求助】氨基酸序列三维结构的获得
已经有5人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
老虫子的注册小木虫18周年大礼包
+5/150
-
西南科大辐射防护材料课题组接收材料与化学背景硕士研究生
+3/95
-
下一站，钦州
+1/78
-
北京-89175-事业单位-诚征女友
+1/63
-
五邑大学药学与食品工程学院 | 刘宇茸课题组 调剂招生
+5/55
-
合肥工科211水利工程调剂招生
+1/53
-
武汉纺织大学全重实验室国家级人才团队先进纤维与功能器件课题组 接收调剂研究生
+1/49
-
导师招生
+1/41
-
电子信息数一英一336分求调剂
+1/17
-
博士科研人员（化学过程工艺与硬件系统工程）
+1/11
-
中国农业大学资源与环境学院 - 招聘杰出人才（教授-专技四级）、青年研究员、优秀人才
+1/11
-
南京林业大学化工院有机合成方向硕士招调剂
+1/9
-
天津理工大学国家杰青王铁团队招聘学术骨干、博士后
+1/7
-
【博士招生】南京林业大学车辆工程课题组招收26年9月入学“申请-考核制”博士研究生
+1/7
-
☆ ☆ 中山大学附属第七医院肖芷洁课题组诚招分子医学方向硕士生（调剂生） ☆ ☆
+1/5
-
中国地震局地质研究所+地球物理专业+接收调剂
+1/4
-
广东江门 五邑大学柔性传感材料与器件研究开发中心 招收0805、0856调剂硕士
+1/3
-
武汉理工大学船海与能源动力工程学院刘鹏飞院士团队博士后招聘启事
+1/1
-
岭南大学（香港）诚招Research Talent Hub人才（创新及科技基金研究人才库）
+1/1
-
广东唯一石化院校——资源与环境专硕招生
+1/1
|
您好，之前看到您对于在“Molekel查看分子时如何获得三维尺寸”的问题中的详细解答，学到不少东西，我也安装了Molekel4.3，想算一下苯分子和其他的分子的三围尺寸，我把苯分子在MS5.5里面用GGA的BLYP进行了几何优化，并把结果文件输出了pdb格式的，并导入到Molekel4.3中： （1）为啥盒子的颜色是蓝色的，可以只是在外围的几条白线围城的盒子么？ （2）按您说的，我用计算打开的"compute的adjust box“，是不是利用Xmin和Xmax的差值即为a值，Y的差值为b，Z的差值为c？我减了一下和资料上的差别有点大，不知道为什么。 （3）我在MS中优化好了之后，导入进Molekel4.3中，仅只有一个双键了，不知道为何？ 谢谢了~ |
16楼2013-04-30 17:19:00
mland(金币+15):多谢高手，开始找了个4.3打不开，所以去了官网，哪知还这样啊！不知可否发一份给我 2010-11-16 18:58:12
mland(金币+5):再次感谢 2010-11-16 19:11:45
mland(金币+5):再次感谢 2010-11-16 19:11:45
|
看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Molekel4.3，可用下述方法获得BOX的尺寸： 1. 将分子转到惯性主轴坐标系中。如果不知道怎么转，可用Gaussian03/09随便做个单点计算，输出文件中查找“Standard Orientations”，其下的直角坐标就是惯性主轴坐标系中的分子坐标。 2. 分别在±X、±Y和±Z 六个方向上查找最边上的原子，设其坐标和van der Waals半径如下表第一、二列所示，则BOX的尺度如下表第三列所示： 坐标 vdW BOX的尺度（单位是Angstroms） -X1 R1 X2 R2 ==》 X方向的长度为 Lx = X2+X1+R1+R2+1.0 -Y1 R3 Y2 R4 ==》 Y方向的长度为 Ly = Y2+Y1+R3+R4+1.0 -Z1 R5 Z2 R6 ==》 Z方向的长度为 Lz = Z2+Z1+R5+R6+1.0 注意，BOX的尺度计算中额外多加了1.0埃（即每边多加0.5埃），这是惯例。Molekel遵守这一惯例。 [ Last edited by ykwang on 2010-11-16 at 18:52 ] |
2楼2010-11-16 18:50:37
3楼2010-11-16 18:59:15
4楼2010-11-16 19:32:18
