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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 【求助】Molekel查看分子时如何获得三维尺寸
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mland

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】Molekel查看分子时如何获得三维尺寸

最近需要知道一个配合物分子的三维尺寸
看到有文章用了Molekel这个软件，将分子框在一个长方体中，
给出了长方体的长、宽、高
自己弄了下，现在把分子导入了软件，可以看，但不知道这三个尺寸如何获得，
还望高人指点，先谢谢了！

附上分子结构和图
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1楼 2010-11-16 17:51:28
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ykwang

金虫 (正式写手)
mland(金币+15):多谢高手，开始找了个4.3打不开，所以去了官网，哪知还这样啊！不知可否发一份给我 2010-11-16 18:58:12
mland(金币+5):再次感谢 2010-11-16 19:11:45
看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Molekel4.3，可用下述方法获得BOX的尺寸：

1.  将分子转到惯性主轴坐标系中。如果不知道怎么转，可用Gaussian03/09随便做个单点计算，输出文件中查找“Standard Orientations”，其下的直角坐标就是惯性主轴坐标系中的分子坐标。
2. 分别在±X、±Y和±Z 六个方向上查找最边上的原子，设其坐标和van der Waals半径如下表第一、二列所示，则BOX的尺度如下表第三列所示：

    坐标   vdW                     BOX的尺度（单位是Angstroms）

     -X1      R1
        X2       R2        ==》   X方向的长度为 Lx = X2+X1+R1+R2+1.0
       -Y1       R3
        Y2       R4       ==》   Y方向的长度为 Ly = Y2+Y1+R3+R4+1.0
        -Z1      R5
         Z2      R6       ==》   Z方向的长度为 Lz = Z2+Z1+R5+R6+1.0

注意，BOX的尺度计算中额外多加了1.0埃（即每边多加0.5埃），这是惯例。Molekel遵守这一惯例。

[ Last edited by ykwang on 2010-11-16 at 18:52 ]
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2楼2010-11-16 18:50:37
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mland

木虫 (著名写手)
立马卸载这个版本
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3楼2010-11-16 18:59:15
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duanya061

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
Molekel5.4版本在Surfaces->Electron Density下可以看Bonding Box的dx、dy和dz。也是可以调的！
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4楼2010-11-16 19:32:18
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ykwang

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mland(金币+3):多谢帮助，请问用什么软件计算分子大小比较可靠 2010-11-16 21:17:59
引用回帖:
Originally posted by duanya061 at 2010-11-16 19:32:18:
Molekel5.4版本在Surfaces->Electron Density下可以看Bonding Box的dx、dy和dz。也是可以调的！

Molekel5.4版本Electron Density下的dx、dy和dz与上面说的不是一回事。如果你只有分子坐标而没有电子密度，这些量都不能调整。
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5楼2010-11-16 20:49:06
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duanya061

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mland(金币+2):多谢讨论，请问平时都用什么软件计算分子大小 2010-11-16 21:19:23
引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-11-16 20:49:06:


Molekel5.4版本Electron Density下的dx、dy和dz与上面说的不是一回事。如果你只有分子坐标而没有电子密度，这些量都不能调整。

哦！没考虑那么多！呵呵~~学习啦！
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6楼2010-11-16 21:12:27
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mland

木虫 (著名写手)
如果分子结构不用Gaussian优化，是不是用Molekel得到的尺寸偏差比较大啊
我只是用Chem3D的MM2 能量最小简单地处理了下

还有，在Chem3D中用键长和键角近似计算分子的尺寸是不是很不靠谱啊？

[ Last edited by mland on 2010-11-16 at 21:26 ]
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7楼2010-11-16 21:22:33
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ykwang

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
heyo_123(金币+5):你的评论太精彩了。 2010-11-26 13:59:28
引用回帖:
Originally posted by mland at 2010-11-16 21:22:33:
如果分子结构不用Gaussian优化，是不是用Molekel得到的尺寸偏差比较大啊
我只是用Chem3D的MM2 能量最小简单地处理了下
还有，在Chem3D中用键长和键角近似计算分子的尺寸是不是很不靠谱啊？
[ Last edited ...

当然，如果有Gaussian03/DFT优化的几何结果会更可靠。不过，催化分析中用到的分子体积等概念是很粗糙的，即使用半经验MO方法优化的分子坐标对此类应用来说也就足够了。同理，MM2的结果虽比不上半经验MO结果，但我认为也是可以接受的。
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8楼2010-11-16 21:54:19
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mland

木虫 (著名写手)
谢谢详细解答
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9楼2010-11-17 10:44:33
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duanya061

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-11-16 18:50:37:
看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Moleke ...

想请教一下，为什么用Molekel4.3版本打开dimer时，分子连在一起了呢？不是空间的而是平面的呢？
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10楼2010-11-26 13:51:56
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ykwang

金虫 (正式写手)
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引用回帖:
Originally posted by duanya061 at 2010-11-26 13:51:56:

想请教一下，为什么用Molekel4.3版本打开dimer时，分子连在一起了呢？不是空间的而是平面的呢？

可能是你在打开分子坐标时指定的格式选项不对。如果分子坐标是直角坐标，Molekel4.3的缺省格式选项为%s%f%f%f，即第一列是元素符号，后三列为X,Y,Z坐标。如果你的坐标文件不是这一格式，比如说第一列是原子序数，后三列为X,Y,Z，那么格式选项应该选%d%f%f%f。
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11楼2010-11-26 15:20:01
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duanya061

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-11-26 15:20:01:


可能是你在打开分子坐标时指定的格式选项不对。如果分子坐标是直角坐标，Molekel4.3的缺省格式选项为%s%f%f%f，即第一列是元素符号，后三列为X,Y,Z坐 ...

这样是可以的，但是我想打开的是gaussian log 文件，打开后就是连在一起的了，这是为什么呢啊？
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12楼2010-11-26 18:07:55
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ykwang

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by duanya061 at 2010-11-26 18:07:55:

这样是可以的，但是我想打开的是gaussian log 文件，打开后就是连在一起的了，这是为什么呢啊？

很简单，只需把log文件中以下信息里的
******************************************
Gaussian 03:  EM64T-G03RevD.02  1-Mar-2006
                29-May-2008
******************************************
Gaussian 03改为Gaussian 98即可，因为Molekel是根据这个信息来定位分子坐标的（当时Gaussian03还没出来呢）。

[ Last edited by ykwang on 2010-11-26 at 20:34 ]
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13楼2010-11-26 20:32:28
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duanya061

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-11-26 20:32:28:


很简单，只需把log文件中以下信息里的
******************************************
Gaussian 03:  EM64T-G03RevD.02  1-Mar-2006
                29-May-2008
*************************** ...

哦！原来如此啊！非常感谢！
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14楼2010-11-26 21:04:36
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lingtao

铜虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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2楼: Originally posted by ykwang at 2010-11-16 18:50:37
看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Molekel4 ...

您好，之前看到您对于在“Molekel查看分子时如何获得三维尺寸”的问题中的详细解答，学到不少东西，我也安装了Molekel4.3，想算一下苯分子和其他的分子的三围尺寸，我把苯分子在MS5.5里面用GGA的BLYP进行了几何优化，并把结果文件输出了pdb格式的，并导入到Molekel4.3中：
（1）为啥盒子的颜色是蓝色的，可以只是在外围的几条白线围城的盒子么？
（2）按您说的，我用计算打开的"compute的adjust box“，是不是利用Xmin和Xmax的差值即为a值，Y的差值为b，Z的差值为c？我减了一下和资料上的差别有点大，不知道为什么。
（3）我在MS中优化好了之后，导入进Molekel4.3中，仅只有一个双键了，不知道为何？
谢谢了~
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15楼2013-04-30 17:18:33
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lingtao

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ykwang at 2010-11-16 18:50:37
看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Molekel4 ...

您好，之前看到您对于在“Molekel查看分子时如何获得三维尺寸”的问题中的详细解答，学到不少东西，我也安装了Molekel4.3，想算一下苯分子和其他的分子的三围尺寸，我把苯分子在MS5.5里面用GGA的BLYP进行了几何优化，并把结果文件输出了pdb格式的，并导入到Molekel4.3中：
（1）为啥盒子的颜色是蓝色的，可以只是在外围的几条白线围城的盒子么？
（2）按您说的，我用计算打开的"compute的adjust box“，是不是利用Xmin和Xmax的差值即为a值，Y的差值为b，Z的差值为c？我减了一下和资料上的差别有点大，不知道为什么。
（3）我在MS中优化好了之后，导入进Molekel4.3中，仅只有一个双键了，不知道为何？
谢谢了~
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16楼2013-04-30 17:19:00
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lingtao

铜虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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2楼: Originally posted by ykwang at 2010-11-16 18:50:37
看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Molekel4 ...

您好，之前看到您对于在“Molekel查看分子时如何获得三维尺寸”的问题中的详细解答，学到不少东西，我也安装了Molekel4.3，想算一下苯分子和其他的分子的三围尺寸，我把苯分子在MS5.5里面用GGA的BLYP进行了几何优化，并把结果文件输出了pdb格式的，并导入到Molekel4.3中：
（1）为啥盒子的颜色是蓝色的，可以只是在外围的几条白线围城的盒子么？
（2）按您说的，我用计算打开的"compute的adjust box“，是不是利用Xmin和Xmax的差值即为a值，Y的差值为b，Z的差值为c？我减了一下和资料上的差别有点大，不知道为什么。
（3）我在MS中优化好了之后，导入进Molekel4.3中，仅只有一个双键了，不知道为何？
谢谢了~

QQ截图20130430171021.png



QQ截图20130430172038.png
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17楼2013-04-30 17:21:01
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