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mland

木虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】Molekel查看分子时如何获得三维尺寸

最近需要知道一个配合物分子的三维尺寸
看到有文章用了Molekel这个软件，将分子框在一个长方体中，
给出了长方体的长、宽、高
自己弄了下，现在把分子导入了软件，可以看，但不知道这三个尺寸如何获得，
还望高人指点，先谢谢了！

附上分子结构和图

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1楼 2010-11-16 17:51:28

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duanya061

铁杆木虫 (正式写手)

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★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

引用回帖:

Originally posted by ykwang at 2010-11-16 18:50:37:
看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Moleke ...

想请教一下，为什么用Molekel4.3版本打开dimer时，分子连在一起了呢？不是空间的而是平面的呢？

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10楼2010-11-26 13:51:56

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ykwang

金虫 (正式写手)

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mland(金币+15):多谢高手，开始找了个4.3打不开，所以去了官网，哪知还这样啊！不知可否发一份给我 2010-11-16 18:58:12
mland(金币+5):再次感谢 2010-11-16 19:11:45

看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Molekel4.3，可用下述方法获得BOX的尺寸：

1.  将分子转到惯性主轴坐标系中。如果不知道怎么转，可用Gaussian03/09随便做个单点计算，输出文件中查找“Standard Orientations”，其下的直角坐标就是惯性主轴坐标系中的分子坐标。
2. 分别在±X、±Y和±Z 六个方向上查找最边上的原子，设其坐标和van der Waals半径如下表第一、二列所示，则BOX的尺度如下表第三列所示：

坐标 vdW                   BOX的尺度（单位是Angstroms）

   -X1    R1
      X2    R2       ==》 X方向的长度为 Lx = X2+X1+R1+R2+1.0
   -Y1    R3
      Y2    R4    ==》 Y方向的长度为 Ly = Y2+Y1+R3+R4+1.0
      -Z1    R5
      Z2    R6    ==》 Z方向的长度为 Lz = Z2+Z1+R5+R6+1.0

注意，BOX的尺度计算中额外多加了1.0埃（即每边多加0.5埃），这是惯例。Molekel遵守这一惯例。

[ Last edited by ykwang on 2010-11-16 at 18:52 ]

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2楼2010-11-16 18:50:37

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