应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 【求助】Molekel查看分子时如何获得三维尺寸
51/1返回列表
查看: 2440  |  回复: 16
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

mland

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】Molekel查看分子时如何获得三维尺寸

最近需要知道一个配合物分子的三维尺寸
看到有文章用了Molekel这个软件，将分子框在一个长方体中，
给出了长方体的长、宽、高
自己弄了下，现在把分子导入了软件，可以看，但不知道这三个尺寸如何获得，
还望高人指点，先谢谢了！

附上分子结构和图
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

收藏 Gaussian学习

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼2010-11-16 17:51:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ykwang

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by duanya061 at 2010-11-26 13:51:56:

想请教一下，为什么用Molekel4.3版本打开dimer时，分子连在一起了呢？不是空间的而是平面的呢？

可能是你在打开分子坐标时指定的格式选项不对。如果分子坐标是直角坐标，Molekel4.3的缺省格式选项为%s%f%f%f，即第一列是元素符号，后三列为X,Y,Z坐标。如果你的坐标文件不是这一格式，比如说第一列是原子序数，后三列为X,Y,Z，那么格式选项应该选%d%f%f%f。
赞一下(1人) 回复此楼
11楼2010-11-26 15:20:01
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答

ykwang

金虫 (正式写手)
mland(金币+15):多谢高手，开始找了个4.3打不开，所以去了官网，哪知还这样啊！不知可否发一份给我 2010-11-16 18:58:12
mland(金币+5):再次感谢 2010-11-16 19:11:45
看来你用的是Molekel5.4（这个版本很不好），所以无法显示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可点鼠标右键，在弹出菜单中选Compute→Adjust Box，就会显示BOX的尺度了（在必要时还允许调整）。如果没有Molekel4.3，可用下述方法获得BOX的尺寸：

1.  将分子转到惯性主轴坐标系中。如果不知道怎么转，可用Gaussian03/09随便做个单点计算，输出文件中查找“Standard Orientations”，其下的直角坐标就是惯性主轴坐标系中的分子坐标。
2. 分别在±X、±Y和±Z 六个方向上查找最边上的原子，设其坐标和van der Waals半径如下表第一、二列所示，则BOX的尺度如下表第三列所示：

    坐标   vdW                     BOX的尺度（单位是Angstroms）

     -X1      R1
        X2       R2        ==》   X方向的长度为 Lx = X2+X1+R1+R2+1.0
       -Y1       R3
        Y2       R4       ==》   Y方向的长度为 Ly = Y2+Y1+R3+R4+1.0
        -Z1      R5
         Z2      R6       ==》   Z方向的长度为 Lz = Z2+Z1+R5+R6+1.0

注意，BOX的尺度计算中额外多加了1.0埃（即每边多加0.5埃），这是惯例。Molekel遵守这一惯例。

[ Last edited by ykwang on 2010-11-16 at 18:52 ]
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-11-16 18:50:37
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mland

木虫 (著名写手)
立马卸载这个版本
赞一下 回复此楼
3楼2010-11-16 18:59:15
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duanya061

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
Molekel5.4版本在Surfaces->Electron Density下可以看Bonding Box的dx、dy和dz。也是可以调的！
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-11-16 19:32:18
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭